RNA–Protein interactions for RNA: YKR001C

VPS1, Transcript of Dynamin-like GTPase required for vacuolar sorting, yeast

Gene VPS1, Length 2,115 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VPS1	YKR001C	HAP3	P13434	144 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	DAL82	P21705	255 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	DCG1	P32460	244 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	REC104	P33323	182 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	ROT2	P38138	954 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YBR032W	P38223	100 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	DOG1	P38774	246 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YER188W	P40103	239 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	HST3	P53687	447 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	ASI3	P53983	676 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	TRM12	Q04235	462 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YLR012C	Q07927	99 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RAD28	Q12021	506 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PST1	Q12355	444 aa		4.93	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YLR462W	O13556	202 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	ADK1	P07170	222 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	CAP2	P13517	287 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SCO1	P23833	295 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YKL151C	P36059	337 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MTC4	P38335	694 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SHU2	P38957	223 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PHO90	P39535	881 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	TAX4	P47030	604 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MPA43	P53583	542 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	IZH1	Q03419	316 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	TSA2	Q04120	196 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YDL199C	Q12407	687 aa		4.92	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SGA1	P08019	549 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	TIR1	P10863	254 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	EPT1	P22140	391 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YIH1	P25637	258 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	EMP70	P32802	667 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PRE6	P40303	254 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YIL024C	P40543	189 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YNL092W	P53934	400 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YML018C	Q03730	393 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	ENT4	Q07872	247 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	GEP3	Q08622	556 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YPL278C	Q08990	100 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YCT1	Q12235	531 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SPE4	Q12455	300 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	UBA3	Q99344	299 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RPB10	P22139	70 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PAD1	P33751	242 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.91	□□□□□ -1.62	not detected
VPS1	YKR001C	KRE29	P40026	464 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YER076C	P40049	302 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	AZF1	P41696	914 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SSY5	P47002	699 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YIP1	P53039	248 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YIP4	P53093	235 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	FRE4	P53746	719 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	IBD2	P53892	351 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	CRZ1	P53968	678 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	TY1A-DR2	Q03964	440 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	AIM39	Q08223	395 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	AFT2	Q08957	416 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YOR342C	Q12182	319 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PRR2	Q12310	699 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	ATG5	Q12380	294 aa		4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	AHA1	Q12449	350 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RPL13A	Q12690	199 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YER190C-B	P0CX94	160 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YEL077W-A	P0CX95	160 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YGR296C-B	P0CX96	160 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YPL283W-B	P0CX97	160 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YPR204C-A	P0CX98	160 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	LSB5	P25369	354 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PUT3	P25502	979 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SNC1	P31109	117 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PDC2	P32896	925 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YET1	P35723	206 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PAN3	P36102	679 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YBL029W	P38201	376 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YHK8	P38776	514 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YEL075C	P39972	122 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	MIT1	P40002	666 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	BUL1	P48524	976 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	SNO2	P53823	222 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	RHO4	Q00246	291 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	PIR1	Q03178	341 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	FMN1	Q03778	218 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	YLR224W	Q05947	369 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	LDS2	Q08218	356 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	GPB1	Q08886	897 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	Q0182	Q9ZZW1	134 aa		4.9	□□□□□ -1.62
VPS1	YKR001C	UBR1	P19812	1950 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	ALG7	P07286	448 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YER039C-A	P0CD97	72 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	RPB5	P20434	215 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	INO2	P26798	304 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	PPZ2	P33329	710 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	KTI12	P34253	313 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YHR130C	P38834	111 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	ARO9	P38840	513 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	CHS7	P38843	316 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	SKN7	P38889	622 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	HPA3	P39979	161 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	BMT5	P40493	336 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	HAC1	P41546	238 aa		4.9	□□□□□ -1.63
VPS1	YKR001C	YJR124C	P47159	448 aa		4.9	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 66.2 ms