RNA–Protein interactions for RNA: YMR309C

NIP1, Transcript of eIF3c subunit of the eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3), yeast

Gene NIP1, Length 2,439 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NIP1	YMR309C	YML018C	Q03730	393 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	TAF9	Q05027	157 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	TAZ1	Q06510	381 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	POM33	Q12164	279 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SGA1	P08019	549 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MSS116	P15424	664 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	AEP1	P32493	518 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SUA5	P32579	426 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YKL063C	P35725	167 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SIF2	P38262	535 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YDR089W	P38966	869 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YHB1	P39676	399 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	COX16	P47081	118 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	KEL2	P50090	882 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PDR16	P53860	351 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YMR111C	Q04461	462 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ASR1	Q06834	288 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	APC9	Q12107	265 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SAS5	Q99314	248 aa		0.18	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ILV1	P00927	576 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	DSE2	P38844	325 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	LIN1	P38852	340 aa	Predicted RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	TIF34	P40217	347 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	GDS1	P41913	522 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YPT32	P51996	222 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	VPS60	Q03390	229 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PEX12	Q04370	399 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YLR297W	Q05899	129 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YOR114W	Q12219	294 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CDC37	P06101	506 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CAR2	P07991	424 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	FBA1	P14540	359 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	TOM40	P23644	387 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RPL5	P26321	297 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SCM4	P32564	187 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CSG2	P35206	410 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SKI2	P35207	1287 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.17	□□□□□ -2.38	not detected
NIP1	YMR309C	RPC37	P36121	282 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SWC5	P38326	303 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	TEM1	P38987	245 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PRM10	P42946	383 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ERG25	P53045	309 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	FMP41	P53889	259 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YPL077C	Q02831	240 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	STE23	Q06010	1027 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	BOP2	Q06150	570 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SIA1	Q12212	622 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	GEP5	Q12393	293 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YBL112C	Q3E7Y4	105 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SPT7	P35177	1332 aa		0.17	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ATG15	P25641	520 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	POT1	P27796	417 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.16	□□□□□ -2.38	not detected
NIP1	YMR309C	CWP1	P28319	239 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SWI3	P32591	825 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	DRE2	P36152	348 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	NPT1	P39683	429 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	AIM20	P40451	204 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YJL028W	P47062	111 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	GTO1	P48239	356 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SLX9	P53251	210 aa	Predicted RBP	0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CAB4	P53332	305 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	YNR062C	P53748	327 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	DAD3	P69850	94 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	NUP49	Q02199	472 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	GPN3	Q06543	272 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PSY3	Q12318	242 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ATO3	Q12359	275 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	NOT5	Q12514	560 aa	Predicted RBP	0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CDC7	P06243	507 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PET494	P07390	489 aa	Predicted RBP	0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SAR1	P20606	190 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MDH2	P22133	377 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CSM1	P25651	190 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	HMT1	P38074	348 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	APE4	P38821	490 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	SHQ1	P40486	507 aa	Predicted RBP	0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CIS3	P47001	227 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MPP10	P47083	593 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	NUP57	P48837	541 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	MDM34	P53083	459 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PEX31	P53203	462 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	VOA1	P53262	265 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ERV29	P53337	310 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	ARP5	P53946	755 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PEX10	Q05568	337 aa		0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	PAA1	Q12447	191 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	CYR1	P08678	2026 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
NIP1	YMR309C	RPS3	P05750	240 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	FPR1	P20081	114 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	PEX4	P29340	183 aa		0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	GDH2	P33327	1092 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	SSH1	P38353	490 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	BMT5	P40493	336 aa		0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	AGX1	P43567	385 aa		0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	LOH1	P47055	219 aa		0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	TIM21	P53220	239 aa		0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	CPD1	P53314	239 aa		0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	CYT2	Q00873	224 aa		0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	MZM1	Q03429	123 aa	Predicted RBP	0.15	□□□□□ -2.39
NIP1	YMR309C	BER1	Q06688	274 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39

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