RNA–Protein interactions for RNA: YML046W

PRP39, Transcript of U1 snRNP protein involved in splicing, yeast

Gene PRP39, Length 1,890 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP39	YML046W	LSG1	P53145	640 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	EGD1	Q02642	157 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	PEX10	Q05568	337 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SAM4	Q08985	325 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	AKR2	Q12013	749 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	FLO9	P39712	1322 aa		0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	TDH1	P00360	332 aa	Known RBP	0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	CDC36	P06100	191 aa	Predicted RBP	0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	BCY1	P07278	416 aa	Known RBP	0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RPO26	P20435	155 aa		0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	MNL1	P38888	796 aa		0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YJR141W	P47172	347 aa	Predicted RBP	0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	MPS2	P53159	387 aa		0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SDS23	P53172	527 aa		0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SVL3	Q03088	825 aa	Known RBP	0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	DCR2	Q05924	578 aa		0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	TRM10	Q12400	293 aa		0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	DET1	Q99288	334 aa	Known RBP	0.13	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	REP1	P03871	373 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RPL26A	P05743	127 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YOL162W	P0CF19	215 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	MSS116	P15424	664 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SCL1	P21243	252 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	ERV1	P27882	189 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RME1	P32338	300 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	AUA1	P32450	94 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	DSE1	P40077	573 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YIL001W	P40560	513 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YFH7	P43591	353 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RPL26B	P53221	127 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RSM27	P53305	110 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YLR030W	Q07967	263 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	DAP2	P18962	818 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	MSK1	P32048	576 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	CDC13	P32797	924 aa	Known RBP	0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YKL187C	P34231	750 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YFR035C	P43608	114 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YJL027C	P47063	138 aa	Predicted RBP	0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SOL1	P50278	321 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	BIO4	P53630	237 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	PRR2	Q12310	699 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	BOL1	Q3E793	110 aa		0.12	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	CBP2	P03874	630 aa	Predicted RBP	0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	COQ1	P18900	473 aa		0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	PRE7	P23724	241 aa	Known RBP	0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	EFB1	P32471	206 aa	Known RBP	0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	MRPL15	P36523	253 aa		0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	FCY21	P40039	528 aa		0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	LYS12	P40495	371 aa	Known RBP	0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	ALG9	P53868	555 aa	Known RBP	0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YDR209C	Q03480	137 aa		0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	TAF11	Q04226	346 aa		0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	UIP4	Q08926	304 aa		0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	TAF10	Q12030	206 aa		0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	TPO4	Q12256	659 aa		0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YDR262W	Q12331	272 aa		0.11	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	ARF2	P19146	181 aa	Known RBP	0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RPC53	P25441	422 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	URA7	P28274	579 aa	Known RBP	0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	PHO88	P38264	188 aa	Predicted RBP	0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	GRE3	P38715	327 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.1	□□□□□ -2.39	not detected
PRP39	YML046W	YHR045W	P38775	560 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	PES4	P39684	611 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	HMF1	P40037	129 aa	Known RBP	0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	PIR5	P46999	287 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RAD17	P48581	401 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YGR111W	P53265	400 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SLM2	P53955	656 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	GRH1	Q04410	372 aa	Known RBP	0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RIM9	Q04734	239 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YLR287C	Q05881	355 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	TSR2	Q06672	205 aa	Known RBP	0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	NOP6	Q07623	225 aa	Known RBP	0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	DCI1	Q08558	271 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RRI2	Q12348	645 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	EMC6	Q12431	108 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	CMC4	Q3E7A9	73 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	CDC42	P19073	191 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	MRPS5	P33759	307 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	KTI12	P34253	313 aa	Known RBP	0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	RPC37	P36121	282 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SPP381	P38282	291 aa	Predicted RBP	0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SNX4	P47057	423 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YJR146W	P47174	117 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SWC4	P53201	476 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	CIK1	Q01649	594 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	ISA2	Q12425	185 aa		0.1	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	HIS3	P06633	220 aa		0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	PPH21	P23594	369 aa		0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	RPS5	P26783	225 aa	Known RBP	0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	VAM7	P32912	316 aa		0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	SRP72	P38688	640 aa	Known RBP	0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	APE4	P38821	490 aa		0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	DSE2	P38844	325 aa		0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	AYR1	P40471	297 aa		0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	RPL10	P41805	221 aa	Known RBP	0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	EPL1	P43572	832 aa		0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	GLG2	P47011	380 aa		0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	TRM9	P49957	279 aa		0.09	□□□□□ -2.4
PRP39	YML046W	SBH2	P52871	88 aa		0.09	□□□□□ -2.4

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