RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	SGA1	P08019	549 aa		0.72	□□□□□ -2.29
VAR1	Q0140	VAB2	P40003	282 aa		0.72	□□□□□ -2.29
VAR1	Q0140	PEP8	P40335	379 aa		0.72	□□□□□ -2.29
VAR1	Q0140	YFL040W	P43562	540 aa		0.72	□□□□□ -2.29
VAR1	Q0140	RPE1	P46969	238 aa		0.72	□□□□□ -2.29
VAR1	Q0140	STE23	Q06010	1027 aa		0.72	□□□□□ -2.29
VAR1	Q0140	YOL019W	Q08157	551 aa		0.72	□□□□□ -2.29
VAR1	Q0140	UTP23	Q12339	254 aa	Known RBP	0.72	□□□□□ -2.29
VAR1	Q0140	YEL009C-A	A0A023PZF2	135 aa		0.71	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	KRE6	P32486	720 aa		0.71	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	COG7	P53195	279 aa		0.71	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	IRC4	Q03036	179 aa		0.71	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	CAT2	P32796	670 aa	Known RBP	0.7	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	SKI2	P35207	1287 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.7	□□□□□ -2.3	not detected
VAR1	Q0140	MCH2	P36032	473 aa		0.7	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	CAJ1	P39101	391 aa		0.7	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	YNL143C	P53908	130 aa		0.7	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	NUP49	Q02199	472 aa		0.7	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	NOT5	Q12514	560 aa	Predicted RBP	0.7	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	SPO24	Q3E752	67 aa		0.7	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	TIF34	P40217	347 aa	Known RBP	0.69	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	GON7	P46984	123 aa		0.69	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	RAD7	P06779	565 aa		0.68	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	PUT1	P09368	476 aa		0.68	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	YKR045C	P36138	183 aa		0.68	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	YHR035W	P38769	630 aa		0.68	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	CAB5	Q03941	241 aa		0.68	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	YMR114C	Q04471	368 aa	Known RBP	0.68	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	STE3	P06783	470 aa		0.67	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	BMH1	P29311	267 aa	Known RBP	0.67	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	SFC1	P33303	322 aa		0.67	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	YGL114W	P53134	725 aa		0.67	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	YBL112C	Q3E7Y4	105 aa		0.67	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	SCM4	P32564	187 aa		0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	IMP3	P32899	183 aa	Predicted RBP	0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	SWE1	P32944	819 aa		0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	PHO89	P38361	574 aa		0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	LRP1	P38801	184 aa	Known RBP	0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	SPT8	P38915	602 aa		0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	AVT7	P40501	490 aa		0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	MZM1	Q03429	123 aa	Predicted RBP	0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	ECM18	Q04623	453 aa		0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	BUR2	Q05949	395 aa		0.66	□□□□□ -2.3
VAR1	Q0140	VPH1	P32563	840 aa	Known RBP	0.65	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	YNL146W	P53906	100 aa		0.65	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	DAD3	P69850	94 aa		0.65	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	YPL039W	Q03080	316 aa		0.65	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	ZRT1	P32804	376 aa		0.64	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	YPC1	P38298	316 aa		0.64	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	SEC28	P40509	296 aa	Known RBP	0.64	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	UBC13	P52490	153 aa		0.64	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	ERG2	P32352	222 aa		0.63	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	COT1	P32798	439 aa		0.63	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	YDR262W	Q12331	272 aa		0.63	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	DAD2	P36162	133 aa		0.62	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	POP8	P38208	133 aa		0.62	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	SEN34	P39707	275 aa		0.62	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	SHQ1	P40486	507 aa	Predicted RBP	0.62	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	CIS3	P47001	227 aa		0.62	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	YGR168C	P53293	376 aa		0.62	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	AEP1	P32493	518 aa		0.61	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	GLE2	P40066	365 aa		0.61	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	YPT32	P51996	222 aa	Known RBP	0.61	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	PEX12	Q04370	399 aa		0.61	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	NBL1	Q3E7Y6	73 aa		0.61	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	SNX4	P47057	423 aa		0.6	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	SWC4	P53201	476 aa		0.6	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	RAS2	P01120	322 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	ADH5	P38113	351 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	OKP1	P53298	406 aa		0.59	□□□□□ -2.31
VAR1	Q0140	YGL010W	P25338	174 aa		0.58	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	YHI9	P38765	294 aa		0.58	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	INA22	P40576	216 aa		0.58	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	SKS1	Q12505	502 aa		0.58	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	DPB2	P24482	689 aa	Predicted RBP	0.57	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	CSG2	P35206	410 aa		0.57	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	DRE2	P36152	348 aa		0.57	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	YHB1	P39676	399 aa	Known RBP	0.57	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	TAD2	P47058	250 aa		0.57	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	DCN1	Q12395	269 aa		0.57	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	GDH2	P33327	1092 aa	Known RBP	0.56	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	YBR220C	P38318	560 aa		0.55	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	ARN2	P38724	620 aa		0.55	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	AAH1	P53909	347 aa		0.55	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	TRM44	Q02648	567 aa	Known RBP	0.55	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	RRP42	Q12277	265 aa	Predicted RBP	0.55	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	SMT3	Q12306	101 aa	Known RBP	0.55	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	MHT1	Q12525	324 aa		0.55	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	IZH4	Q99393	312 aa		0.55	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	FBA1	P14540	359 aa	Known RBP	0.54	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	FPR1	P20081	114 aa	Known RBP	0.54	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	EOS1	P53938	366 aa		0.54	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	PRM15	Q03262	622 aa		0.54	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	YML018C	Q03730	393 aa		0.54	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	TAZ1	Q06510	381 aa		0.54	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	YPR064W	Q12492	139 aa		0.54	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	RPL31A	P0C2H8	113 aa	Known RBP	0.53	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	RPL18A	P0CX49	186 aa	Known RBP	0.53	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	RPL18B	P0CX50	186 aa	Known RBP	0.53	□□□□□ -2.32
VAR1	Q0140	POX1	P13711	748 aa		0.53	□□□□□ -2.32

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