RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000620466.4

ALMS1-208, Transcript of ALMS1, centrosome and basal body associated protein, human

TSL 2

Gene ALMS1, Length 6,720 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ALMS1-208	ENST00000620466	DNTTIP2	Q5QJE6	756 aa	Known RBP	10.59	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	KIF3B	O15066	747 aa		10.58	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	HFM1	A2PYH4	1435 aa		10.58	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	10.58	□□□□□ -0.72	2e-9	■■■□□ 14.9
ALMS1-208	ENST00000620466	MLEC	Q14165	292 aa		10.58	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	CENPQ	Q7L2Z9	268 aa	Predicted RBP	10.58	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	10.57	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	GOLGA6L6	A8MZA4	724 aa		10.57	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	CLSTN1	O94985	981 aa		10.57	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	FGD1	P98174	961 aa		10.57	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	10.57	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	10.56	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	HECW1	Q76N89	1606 aa		10.56	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		10.56	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	SOX12	O15370	315 aa		10.56	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	KCNJ4	P48050	445 aa		10.55	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	10.55	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	PRKCSH	P14314	528 aa	Predicted RBP	10.55	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	SLC4A3	P48751	1232 aa		10.55	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	FAM161A	Q3B820	660 aa		10.55	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		10.55	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		10.55	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	TOPBP1	Q92547	1522 aa		10.54	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		10.54	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	10.54	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	NES	P48681	1621 aa		10.54	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	PLCB2	Q00722	1185 aa		10.54	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	MIA2	Q96PC5	1412 aa		10.54	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	GZF1	Q9H116	711 aa	Predicted RBP	10.54	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	10.54	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		10.53	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	10.53	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	PTPRG	P23470	1445 aa		10.53	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	10.53	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		10.53	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	10.52	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		10.52	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	USP35	Q9P2H5	1018 aa		10.52	□□□□□ -0.72
ALMS1-208	ENST00000620466	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	10.52	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466		E9PSI1	815 aa		10.52	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		10.52	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	10.51	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		10.51	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	10.51	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	APBB1	O00213	710 aa		10.51	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		10.51	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	AKNA	Q7Z591	1439 aa		10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	GBP4	Q96PP9	640 aa		10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	MAP3K1	Q13233	1512 aa		10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	GRIN2B	Q13224	1484 aa		10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	CFAP44	Q96MT7	982 aa		10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC184	Q52MB2	194 aa		10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	DAPK1	P53355	1430 aa		10.5	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		10.49	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	NAIP	Q13075	1403 aa		10.49	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	GOLGA6L3	A6NEY3	463 aa		10.49	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	APAF1	O14727	1248 aa		10.49	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	MCC	P23508	829 aa		10.49	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	PTMS	P20962	102 aa		10.49	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	10.49	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		10.48	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		10.48	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	CUL7	Q14999	1698 aa		10.48	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	MSN	P26038	577 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		10.48	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	COG6	Q9Y2V7	657 aa		10.48	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	GSE1	Q14687	1217 aa		10.47	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	10.47	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		10.47	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		10.46	□□□□□ -0.73
ALMS1-208	ENST00000620466	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		10.46	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		10.46	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	GNL2	Q13823	731 aa	Known RBP	10.45	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		10.45	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		10.45	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		10.45	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	10.45	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		10.44	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	MAPKBP1	O60336	1514 aa		10.44	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	10.44	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	10.44	□□□□□ -0.74	5e-6	■■■■□ 20.8
ALMS1-208	ENST00000620466	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		10.44	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		10.44	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		10.44	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	DRC7	Q8IY82	874 aa		10.43	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	10.43	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		10.42	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	EVC2	Q86UK5	1308 aa		10.42	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	NRDC	O43847	1150 aa		10.42	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	10.42	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	10.42	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	10.41	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		10.41	□□□□□ -0.74

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