RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000254667.7

PTPRE-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type E, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRE, Length 5,331 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRE-201ENST00000254667 STAC3Q96MF2 364 aa23.81■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 TULP1O00294 542 aaPredicted RBP23.81■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 GBP4Q96PP9 640 aa23.8■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP23.8■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 GNL2Q13823 731 aaKnown RBP23.79■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 USP47Q96K76 1375 aa23.79■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa23.78■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 COG3Q96JB2 828 aa23.78■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 GORABQ5T7V8 394 aa23.78■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 HTATSF1O43719 755 aaKnown RBP23.77■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP23.77■■□□□ 1.4
PTPRE-201ENST00000254667 CYB5RLQ6IPT4 315 aa23.76■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 TAF7LQ5H9L4 462 aa23.75■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP23.75■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 FGD6Q6ZV73 1430 aa23.75■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 SPRYD3Q8NCJ5 442 aa23.74■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 SLC4A10Q6U841 1118 aa23.73■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 NGEFQ8N5V2 710 aa23.72■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 LTV1Q96GA3 475 aaPredicted RBP23.72■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 PRKRIP1Q9H875 184 aaPredicted RBP23.72■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 ISY1Q9ULR0 285 aaKnown RBP23.72■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 CLUAP1Q96AJ1 413 aa23.71■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 CHMP3Q9Y3E7 222 aa23.71■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 NUTM2FA1L443 756 aa23.71■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 E9PSI1 815 aa23.7■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 CHAF1AQ13111 956 aaPredicted RBP23.7■■□□□ 1.39
PTPRE-201ENST00000254667 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP23.7■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 NAP1L5Q96NT1 182 aaPredicted RBP23.69■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 TRIM6-TRIM34B2RNG4 842 aa23.69■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 MFAP1P55081 439 aaKnown RBP23.66■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 MSNP26038 577 aaKnown RBP23.66■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 SYAP1Q96A49 352 aaPredicted RBP23.66■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa23.66■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 GRIN2BQ13224 1484 aa23.65■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 FYCO1Q9BQS8 1478 aa23.65■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP23.64■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 C1orf141Q5JVX7 400 aa23.64■■□□□ 1.38
PTPRE-201ENST00000254667 DRC7Q8IY82 874 aa23.64■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa23.63■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.63■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 RRP7AQ9Y3A4 280 aaKnown RBP23.63■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 ZBED9Q6R2W3 1325 aa23.62■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 KIF21BO75037 1637 aa23.62■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 ZKSCAN2Q63HK3 967 aa23.62■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC34Q96HJ3 373 aa23.61■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 CENPQQ7L2Z9 268 aaPredicted RBP23.6■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa23.6■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 CSPP1Q1MSJ5 1256 aa23.59■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 SLKQ9H2G2 1235 aaPredicted RBP23.59■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 DIAPH1O60610 1272 aaKnown RBP23.58■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 FAM69CQ0P6D2 419 aa23.58■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 TEFQ10587 303 aa23.58■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 ERICH3Q5RHP9 1530 aa23.58■■□□□ 1.37
PTPRE-201ENST00000254667 MIA2Q96PC5 1412 aa23.57■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 HSP90B1P14625 803 aaKnown RBP23.56■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 ST18O60284 1047 aa23.56■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 NCOA2Q15596 1464 aa23.56■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 GTF2E1P29083 439 aaPredicted RBP23.55■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 IPO9Q96P70 1041 aaKnown RBP23.55■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 KIF3AQ9Y496 699 aa23.55■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP23.54■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 CFTRP13569 1480 aa23.54■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 PRDM2Q13029 1718 aa23.54■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 RRP1P56182 461 aaKnown RBP23.52■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 SYNJ2O15056 1496 aa23.52■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 TPM4P67936 248 aa23.52■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 CHMP4CQ96CF2 233 aa23.52■■□□□ 1.36
PTPRE-201ENST00000254667 EVA1CP58658 441 aa23.52■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 G3V3G9 751 aa23.51■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 APAF1O14727 1248 aa23.51■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 DCAF8Q5TAQ9 597 aa23.51■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 CLSTN1O94985 981 aa23.5■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 NEXNQ0ZGT2 675 aa23.5■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 TTC5Q8N0Z6 440 aa23.5■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 ELL2O00472 640 aaPredicted RBP23.5■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 KIAA2012Q0VF49 1180 aa23.5■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 DEKP35659 375 aaKnown RBP23.49■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 API5Q9BZZ5 524 aaKnown RBP23.49■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 KIF16BQ96L93 1317 aa23.48■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC7Q96M83 1385 aa23.47■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 PSME1Q06323 249 aa23.47■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 DDX19BQ9UMR2 479 aa23.47■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 ARHGAP5Q13017 1502 aa23.47■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 FRAT2O75474 233 aaPredicted RBP23.47■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 RUNDC1Q96C34 613 aa23.46■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 MRC2Q9UBG0 1479 aa23.46■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 EFCAB5A4FU69 1503 aa23.46■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 LRRFIP1Q32MZ4 808 aaKnown RBP23.46■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 BCL2L13Q9BXK5 485 aa23.46■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 ROCK1Q13464 1354 aa23.45■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 IFT140Q96RY7 1462 aa23.45■■□□□ 1.35
PTPRE-201ENST00000254667 FAM161AQ3B820 660 aa23.45■■□□□ 1.34
PTPRE-201ENST00000254667 ANKRD45Q5TZF3 282 aa23.45■■□□□ 1.34
PTPRE-201ENST00000254667 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP23.45■■□□□ 1.34
PTPRE-201ENST00000254667 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP23.45■■□□□ 1.34
PTPRE-201ENST00000254667 RIPK4P57078 832 aa23.45■■□□□ 1.34
PTPRE-201ENST00000254667 KIF7Q2M1P5 1343 aa23.43■■□□□ 1.34
PTPRE-201ENST00000254667 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa23.42■■□□□ 1.34
PTPRE-201ENST00000254667 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP23.42■■□□□ 1.34
PTPRE-201ENST00000254667 DDX58O95786 925 aaKnown RBP23.42■■□□□ 1.34
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