RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000251722.10

USP40-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC

Gene USP40, Length 5,692 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-201ENST00000251722 HSP90AB1P08238 724 aaKnown RBP16.04■□□□□ 0.16
USP40-201ENST00000251722 KIF15Q9NS87 1388 aa16.04■□□□□ 0.16
USP40-201ENST00000251722 PTMAP06454 111 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
USP40-201ENST00000251722 NLRP13Q86W25 1043 aa16.03■□□□□ 0.16
USP40-201ENST00000251722 FAM69CQ0P6D2 419 aa16.03■□□□□ 0.16
USP40-201ENST00000251722 CFTRP13569 1480 aa16.03■□□□□ 0.16
USP40-201ENST00000251722 HSCBQ8IWL3 235 aa16.02■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 PMFBP1Q8TBY8 1022 aa16.02■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 CGNL1Q0VF96 1302 aa16.02■□□□□ 0.15
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USP40-201ENST00000251722 FYCO1Q9BQS8 1478 aa16.01■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 ERICH3Q5RHP9 1530 aa16■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 CHAF1AQ13111 956 aaPredicted RBP16■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 EFCAB5A4FU69 1503 aa16■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 GOLGA6L4A6NEF3 574 aa16■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 CHMP4CQ96CF2 233 aa16■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP15.99■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 L3MBTL2Q969R5 705 aa15.99■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 TAF7LQ5H9L4 462 aa15.99■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa15.98■□□□□ 0.15
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USP40-201ENST00000251722 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa15.98■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 C1orf141Q5JVX7 400 aa15.97■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 FOXD1Q16676 465 aa15.97■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP15.96■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 KIF21BO75037 1637 aa15.96■□□□□ 0.15
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USP40-201ENST00000251722 CCDC34Q96HJ3 373 aa15.96■□□□□ 0.15
USP40-201ENST00000251722 CALRP27797 417 aaKnown RBP15.96■□□□□ 0.15
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USP40-201ENST00000251722 MIA2Q96PC5 1412 aa15.96■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 NAP1L2Q9ULW6 460 aaPredicted RBP15.95■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 G3V3G9 751 aa15.94■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 DCAF8Q5TAQ9 597 aa15.94■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 EVA1CP58658 441 aa15.94■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 POGZQ7Z3K3 1410 aa15.93■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 MYBBP1AQ9BQG0 1328 aaKnown RBP15.93■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 TRAK1Q9UPV9 953 aa15.92■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP15.92■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 HMGB2P26583 209 aaKnown RBP15.92■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 GNL2Q13823 731 aaKnown RBP15.92■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 LRRFIP1Q32MZ4 808 aaKnown RBP15.92■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 RCAN3Q9UKA8 241 aa15.92■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 MAP7D2Q96T17 732 aa15.92■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa15.91■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 ITPRIPQ8IWB1 547 aa15.91■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 PRDM2Q13029 1718 aa15.91■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 FGD6Q6ZV73 1430 aa15.91■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP15.91■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 ARHGAP5Q13017 1502 aa15.91■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 WASHC2AQ641Q2 1341 aa15.9■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP15.9■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 ATF3P18847 181 aa15.9■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 SMC4Q9NTJ3 1288 aa15.9■□□□□ 0.14
USP40-201ENST00000251722 GTF2E1P29083 439 aaPredicted RBP15.89■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP15.89■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 IPO9Q96P70 1041 aaKnown RBP15.89■□□□□ 0.13
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USP40-201ENST00000251722 KIF3AQ9Y496 699 aa15.88■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 ISY1Q9ULR0 285 aaKnown RBP15.88■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 MTERF4Q7Z6M4 381 aaKnown RBP15.87■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 DNMBPQ6XZF7 1577 aa15.87■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 SCAPERQ9BY12 1400 aa15.87■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 TTC5Q8N0Z6 440 aa15.87■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 MEX3CQ5U5Q3 659 aaKnown RBP15.86■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 GOLGA6L3A6NEY3 463 aa15.86■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 CSPP1Q1MSJ5 1256 aa15.86■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa15.86■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 PSME1Q06323 249 aa15.85■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 TEFQ10587 303 aa15.85■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP15.85■□□□□ 0.132e-6■■■□□ 17.2
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USP40-201ENST00000251722 RRP9O43818 475 aaKnown RBP15.85■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa15.85■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 HFM1A2PYH4 1435 aa15.84■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 TOPBP1Q92547 1522 aa15.84■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 NEXNQ0ZGT2 675 aa15.84■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 ROCK1Q13464 1354 aa15.84■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP15.84■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 GSE1Q14687 1217 aa15.84■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 HECW1Q76N89 1606 aa15.84■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 CHMP3Q9Y3E7 222 aa15.83■□□□□ 0.13
USP40-201ENST00000251722 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa15.83■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 USP47Q96K76 1375 aa15.83■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 DDX58O95786 925 aaKnown RBP15.82■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 E9PSI1 815 aa15.82■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP15.82■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 PDIA4P13667 645 aaKnown RBP15.81■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 GBP4Q96PP9 640 aa15.81■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP15.81■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 NCOA2Q15596 1464 aa15.81■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 GPRASP1Q5JY77 1395 aa15.81■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 SYAP1Q96A49 352 aaPredicted RBP15.81■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 HSP90B1P14625 803 aaKnown RBP15.81■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 ST20-MTHFSA0A0A6YYL1 179 aa15.8■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 PANK3Q9H999 370 aa15.8■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 TOP2BQ02880 1626 aa15.79■□□□□ 0.12
USP40-201ENST00000251722 DIAPH1O60610 1272 aaKnown RBP15.79■□□□□ 0.12
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