RNA–Protein interactions for RNA: YHL006C

SHU1, Transcript of Component of Shu complex (aka PCSS complex), yeast

Gene SHU1, Length 453 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHU1	YHL006C	COX20	Q04935	205 aa		11.92	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	ARO10	Q06408	635 aa		11.92	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	ASA1	Q06822	443 aa		11.92	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	ENB1	Q08299	606 aa		11.92	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	HNT3	Q08702	217 aa		11.92	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	WTM1	Q12363	437 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	YDL199C	Q12407	687 aa		11.92	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	ERD2	P18414	219 aa		11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	AIM17	P23180	465 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	SWH1	P35845	1188 aa		11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	SNM1	P40993	198 aa		11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	BUD9	P53226	547 aa		11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	OGG1	P53397	376 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	SVL3	Q03088	825 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	BCP1	Q06338	283 aa		11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	HER1	Q12276	1246 aa		11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	UTP20	P35194	2493 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	RAD7	P06779	565 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	PDX1	P16451	410 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	SCO1	P23833	295 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	RRP4	P38792	359 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	YHR097C	P38809	366 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	YHR180W	P38868	163 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	GPI1	P53306	609 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	YNR068C	P53754	272 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	UGO1	Q03327	502 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	AVO1	Q08236	1176 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	OSW1	Q08692	278 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	RDL2	Q08742	149 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	SFM1	Q12314	213 aa		11.9	□□□□□ -0.5
SHU1	YHL006C	MSS18	P08593	268 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	SUI3	P09064	285 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	PEX3	P28795	441 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	SAC1	P32368	623 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MDJ1	P35191	511 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	GDT1	P38301	280 aa	Predicted RBP	11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MPM1	P40364	252 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	YFL066C	P43538	392 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	YJR142W	P47173	342 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	GET1	P53192	235 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MKC7	P53379	596 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	SOK2	P53438	785 aa	Predicted RBP	11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	YPL039W	Q03080	316 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	GPI11	Q06636	219 aa		11.89	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	GSH1	P32477	678 aa		11.88	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MAM33	P40513	266 aa		11.88	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	NUP57	P48837	541 aa		11.88	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MPC1	P53157	130 aa	Known RBP	11.88	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	TPS1	Q00764	495 aa	Known RBP	11.88	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	NOP12	Q08208	459 aa	Known RBP	11.88	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	FOL3	Q12676	427 aa	Predicted RBP	11.88	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MHF2	Q3E829	80 aa		11.88	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	SPS100	P13130	326 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	ARP2	P32381	391 aa	Known RBP	11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	HXT9	P40885	567 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	NIT2	P47016	307 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	LYS5	P50113	272 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	SHE4	P51534	789 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MON1	P53129	644 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	HXT11	P54862	567 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	VPS36	Q06696	566 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	YDL109C	Q12103	647 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	TSC13	Q99190	310 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	DFG16	Q99234	619 aa		11.87	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	RER1	P25560	188 aa		11.86	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	RPN2	P32565	945 aa	Known RBP	11.86	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	SSE1	P32589	693 aa	Known RBP	11.86	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	GDH2	P33327	1092 aa	Known RBP	11.86	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MIA40	P36046	403 aa		11.86	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	RIB1	P38066	345 aa		11.86	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	RNH202	Q05635	350 aa		11.86	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	YOL087C	Q99247	1116 aa		11.86	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	CDC36	P06100	191 aa	Predicted RBP	11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	RNA1	P11745	407 aa	Known RBP	11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	UTR1	P21373	530 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	CMK2	P22517	447 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	RPI1	P23250	407 aa	Known RBP	11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	HIR2	P32480	875 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	SKG1	P36169	355 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MSY1	P48527	492 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MEP3	P53390	489 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	ACL4	Q03771	387 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	SPC24	Q04477	213 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	CRT10	Q08226	957 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	ULA1	Q12059	462 aa		11.85	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	HEM4	P06174	275 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	NUF2	P33895	451 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	SEN34	P39707	275 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	ZRG8	P40021	1076 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	RFC4	P40339	323 aa	Known RBP	11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	IMD4	P50094	524 aa	Known RBP	11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	YGR126W	P53274	230 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	PEX12	Q04370	399 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	GRE1	Q08969	168 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	BTS1	Q12051	335 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	MRX4	Q12467	430 aa		11.84	□□□□□ -0.51
SHU1	YHL006C	TIM9	O74700	87 aa		11.83	□□□□□ -0.52
SHU1	YHL006C	CAR2	P07991	424 aa	Known RBP	11.83	□□□□□ -0.52
SHU1	YHL006C	YOL163W	P0CF20	169 aa		11.83	□□□□□ -0.52
SHU1	YHL006C	PET9	P18239	318 aa	Known RBP	11.83	□□□□□ -0.52

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