RNA–Protein interactions for RNA: YPR094W

RDS3, Transcript of Component of the SF3b subcomplex of the U2 snRNP, yeast

Gene RDS3, Length 324 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RDS3	YPR094W	RPN11	P43588	306 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	STR3	P53101	465 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	GLO2	Q05584	274 aa		0.23	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	CSR1	Q06705	408 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	TSR1	Q07381	788 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	ESA1	Q08649	445 aa		0.23	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	RRP6	Q12149	733 aa	Known RBP	0.23	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	YDL009C	Q12210	107 aa		0.23	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	HIP1	P06775	603 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	SIR1	P21691	654 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	FRE1	P32791	686 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	SDS22	P36047	338 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	ESL2	P36168	1195 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	ROT2	P38138	954 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	LAG1	P38703	411 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	NMD2	P38798	1089 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	STT3	P39007	718 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	SAW1	P39735	261 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	PAN6	P40459	309 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	YFL067W	P43537	175 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	RPS10B	P46784	105 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	MAD3	P47074	515 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	PYK2	P52489	506 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	TOF1	P53840	1238 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	DIA1	P54005	336 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	YVH1	Q02256	364 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	HRI1	Q05905	244 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	BNA5	Q05979	453 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	RPS10A	Q08745	105 aa	Predicted RBP	0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	ATG9	Q12142	997 aa		0.22	□□□□□ -2.37
RDS3	YPR094W	BEM2	P39960	2167 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	BIK1	P11709	440 aa		0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	LCB1	P25045	558 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	GCD7	P32502	381 aa	Predicted RBP	0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	SEO1	P39709	593 aa		0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	ERR3	P42222	437 aa		0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	SCD6	P45978	349 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.21	□□□□□ -2.38	RIP-Chip
RDS3	YPR094W	YJR142W	P47173	342 aa		0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	RHO4	Q00246	291 aa		0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	CEG1	Q01159	459 aa	Predicted RBP	0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	RSN1	Q03516	953 aa		0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	YMR160W	Q03823	816 aa		0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	MRPL51	Q06090	140 aa	Predicted RBP	0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	INP53	Q12271	1107 aa		0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	YRM1	Q12340	786 aa		0.21	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	PUT2	P07275	575 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	RPS8A	P0CX39	200 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	RPS8B	P0CX40	200 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	KAR1	P11927	433 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	PFK2	P16862	959 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.2	□□□□□ -2.38	not detected
RDS3	YPR094W	IME2	P32581	645 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	SDH3	P33421	198 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	ENP1	P38333	483 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	UBP12	P39538	1254 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	FMP10	P40098	244 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	YIL161W	P40449	235 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	PKP1	P40530	394 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	PFS2	P42841	465 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	YJR085C	P47131	105 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	BRO1	P48582	844 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	SMM1	P53720	384 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	BSC5	P53755	489 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	PIR3	Q03180	325 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	YKU80	Q04437	629 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	UTP14	Q04500	899 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	PHM6	Q05637	104 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	MLC2	Q06580	163 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	IWR1	Q07532	353 aa	Predicted RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	YPQ1	Q12010	308 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	THP3	Q12049	470 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	ARP7	Q12406	477 aa		0.2	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	ATP2	P00830	511 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	MIS1	P09440	975 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	APA1	P16550	321 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	DAL2	P25335	343 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	NUP2	P32499	720 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	SRB5	P32585	307 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	FMT1	P32785	401 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	NAT2	P37293	288 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	KTR3	P38130	404 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	DUG2	P38149	878 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	YBR071W	P38243	211 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	YHR131C	P38835	850 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	GWT1	P47026	490 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	SMC3	P47037	1230 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	IMA1	P53051	589 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	BUD32	P53323	261 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	IST1	P53843	298 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	CNM67	P53865	581 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	ZDS2	P54786	942 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	IRC15	Q02733	499 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	SLD5	Q03406	294 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	VHS1	Q03785	461 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	ECM11	Q04110	302 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	APL4	Q12028	832 aa		0.19	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	HXK2	P04807	486 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	SPO16	P17122	198 aa		0.18	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	YCK1	P23291	538 aa		0.18	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	TFC4	P33339	1025 aa		0.18	□□□□□ -2.38
RDS3	YPR094W	MTR2	P34232	184 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38

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