RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460289.5

PTPN4-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 4

Gene PTPN4, Length 577 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-208	ENST00000460289	NBPF9	Q3BBW0	867 aa		28.65	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		28.65	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		28.65	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	CERS5	Q8N5B7	392 aa		28.65	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF646	O15015	1829 aa	Predicted RBP	28.64	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	GNAI2	P04899	355 aa		28.64	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		28.64	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	HHIPL1	Q96JK4	782 aa		28.64	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	SIL1	Q9H173	461 aa		28.64	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	COPRS	Q9NQ92	184 aa		28.64	■■■□□ 2.18
PTPN4-208	ENST00000460289	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	28.64	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	POLR2A	P24928	1970 aa	Known RBP	28.63	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	FGFR2	P21802	821 aa		28.63	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	28.63	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	DLK2	Q6UY11	383 aa		28.63	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	28.63	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	28.63	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		28.63	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	SRGAP3	O43295	1099 aa		28.62	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	28.62	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	MTX1	Q13505	466 aa		28.62	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	LPIN2	Q92539	896 aa		28.62	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	JAG2	Q9Y219	1238 aa		28.62	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	SLC5A1	P13866	664 aa		28.61	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	DLGAP5	Q15398	846 aa		28.61	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		28.61	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	28.61	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		28.61	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	PCNT	O95613	3336 aa		28.6	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289		F8W031	263 aa	Predicted RBP	28.6	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	28.6	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	28.6	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		28.6	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	CDCA5	Q96FF9	252 aa		28.6	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	CAPNS2	Q96L46	248 aa		28.6	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	GBA2	Q9HCG7	927 aa	Predicted RBP	28.6	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	BCAM	P50895	628 aa		28.59	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	CYP4F22	Q6NT55	531 aa		28.59	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBED3	Q96IU2	234 aa	Predicted RBP	28.59	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	28.59	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	TBC1D22A	Q8WUA7	517 aa		28.58	■■■□□ 2.17
PTPN4-208	ENST00000460289	HUNK	P57058	714 aa		28.57	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	28.57	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	MYO1B	O43795	1136 aa		28.56	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	GRM1	Q13255	1194 aa		28.56	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	ATP2B3	Q16720	1220 aa		28.56	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	28.56	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	28.55	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	CFAP100	Q494V2	611 aa		28.55	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	28.55	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	28.54	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP2K1	Q02750	393 aa	Predicted RBP	28.54	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		28.54	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	28.54	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		28.53	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	SPDYE6	P0CI01	402 aa		28.53	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	MS4A1	P11836	297 aa		28.53	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	MAP2K2	P36507	400 aa		28.53	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	FKBP1B	P68106	108 aa		28.53	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	AIDA	Q96BJ3	306 aa		28.53	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		28.53	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	RLBP1	P12271	317 aa		28.52	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	28.52	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	28.52	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	WBP1L	Q9NX94	342 aa		28.52	■■■□□ 2.16
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	28.51	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	NF2	P35240	595 aa		28.51	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	RGMB	Q6NW40	437 aa		28.51	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		28.51	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		28.5	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		28.49	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	28.49	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		28.49	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	WDR66	Q8TBY9	1149 aa		28.49	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	CCDC102A	Q96A19	550 aa		28.49	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		28.49	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	ATP8B2	P98198	1209 aa		28.48	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	28.48	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	AOC2	O75106	756 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	TFCP2	Q12800	502 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	NOG	Q13253	232 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	MRI	Q9BWK5	157 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	DEFB129	Q9H1M3	183 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	SEMA3E	O15041	775 aa		28.46	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	CRK	P46108	304 aa		28.46	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	28.46	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	TIMM10	P62072	90 aa		28.46	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		28.46	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	MAST3	O60307	1309 aa		28.45	■■■□□ 2.15
PTPN4-208	ENST00000460289	CLRN2	A0PK11	232 aa		28.45	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	FOXN1	O15353	648 aa		28.45	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	GRIK5	Q16478	980 aa		28.45	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	PANK1	Q8TE04	598 aa		28.45	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	SSH3	Q8TE77	659 aa		28.45	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	VEZT	Q9HBM0	779 aa		28.45	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	28.45	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289		A0A1B0GUL7	405 aa		28.44	■■■□□ 2.14
PTPN4-208	ENST00000460289	ZBTB22	O15209	634 aa		28.44	■■■□□ 2.14

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 171.1 ms