RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	ERG6	P25087	383 aa	Known RBP	3.82	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	HIR1	P32479	840 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	BRN1	P38170	754 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	TDA3	P38758	523 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	PCL5	P38794	229 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	CKB2	P38930	258 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	NUP60	P39705	539 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	DOS2	P54858	310 aa		3.82	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	PRP19	P32523	503 aa	Known RBP	3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	SPC42	P36094	363 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	YKR075C	P36155	307 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	TYS1	P36421	394 aa	Known RBP	3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	AKL1	P38080	1108 aa	Known RBP	3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	YHR202W	P38887	602 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	GET2	P40056	285 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	BFA1	P47113	574 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	YJR096W	P47137	282 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	YAP1802	P53309	568 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	SSL2	Q00578	843 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	YKL033W-A	Q86ZR7	236 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	ECM3	Q99252	613 aa		3.81	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	NUP145	P49687	1317 aa		3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	SIR3	P06701	978 aa		3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	MAL31	P38156	614 aa		3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	SFB3	P38810	929 aa		3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	CRP1	P38845	465 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	NUG1	P40010	520 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	YNL195C	P40168	261 aa		3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	SDS3	P40505	327 aa		3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	RET2	P43621	546 aa		3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	NOP9	P47077	666 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	PMT3	P47190	753 aa		3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	PAN2	P53010	1115 aa	Predicted RBP	3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	YNR029C	P53729	429 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	UME1	Q03010	460 aa		3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	ISA1	Q07821	250 aa	Predicted RBP	3.8	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	PEX1	P24004	1043 aa		3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	MTH1	P35198	433 aa		3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	CBR1	P38626	284 aa	Known RBP	3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	HRB1	P38922	454 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.79	□□□□□ -1.8	not detected
CSE4	YKL049C	BEM4	P39011	633 aa		3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	STU2	P46675	888 aa		3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	YGR153W	P48238	217 aa		3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	GND2	P53319	492 aa		3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	MTQ2	Q03920	221 aa	Predicted RBP	3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	RGC1	Q06108	1083 aa	Known RBP	3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	IRC10	Q08118	586 aa		3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	DIA2	Q08496	732 aa	Predicted RBP	3.79	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	ERG20	P08524	352 aa	Known RBP	3.78	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	IMG2	P25642	146 aa	Predicted RBP	3.78	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	RSC8	P43609	557 aa	Known RBP	3.78	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	PHO11	P35842	467 aa		3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	PHO12	P38693	467 aa		3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YGR237C	P50089	785 aa		3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	FHN1	P53279	174 aa		3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	SMX3	P54999	86 aa	Predicted RBP	3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YMR210W	Q03649	449 aa		3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	THI22	Q06490	572 aa		3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	VHS3	Q08438	674 aa		3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	MRH1	Q12117	320 aa	Predicted RBP	3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	CLF1	Q12309	687 aa	Predicted RBP	3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	ZRT2	Q12436	422 aa		3.77	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	CDC43	P18898	376 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	PET127	P32606	800 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YKU70	P32807	602 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	BIT2	P38346	545 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	PIG2	P40187	538 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	CCT5	P40413	562 aa	Known RBP	3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	NDC80	P40460	691 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	GZF3	P42944	551 aa	Known RBP	3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	QRI1	P43123	477 aa	Known RBP	3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	GPG1	P53130	126 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	HFD1	Q04458	532 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YLR407W	Q06070	228 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	VPS36	Q06696	566 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YTM1	Q12024	460 aa	Predicted RBP	3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	FAP7	Q12055	197 aa	Predicted RBP	3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	MLH3	Q12083	715 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	POM34	Q12445	299 aa		3.76	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	SWI6	P09959	803 aa		3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	FRS1	P15624	595 aa	Known RBP	3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	KIN3	P22209	435 aa		3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	OAF1	P39720	1047 aa	Predicted RBP	3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	ARG2	P40360	574 aa		3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	GPP1	P41277	250 aa	Known RBP	3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YGL081W	P53156	320 aa		3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	ECM9	Q02202	377 aa		3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	VBA4	Q04602	768 aa	Known RBP	3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	RPS21B	Q3E754	87 aa	Known RBP	3.75	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	RPS9B	P05755	195 aa	Known RBP	3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	THR1	P17423	357 aa	Known RBP	3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	SEC15	P22224	910 aa		3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	FEN2	P25621	512 aa	Known RBP	3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	BCS1	P32839	456 aa		3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	SEC6	P32844	805 aa		3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	HXT6	P39003	570 aa	Known RBP	3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	HXT7	P39004	570 aa		3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YJL206C	P39529	758 aa		3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	MNN11	P46985	422 aa	Known RBP	3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	BIT61	P47041	543 aa		3.74	□□□□□ -1.81

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