RNA–Protein interactions for RNA: YDL064W

UBC9, Transcript of SUMO-conjugating enzyme involved in the Smt3p conjugation pathway, yeast

Gene UBC9, Length 474 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBC9	YDL064W	VPS36	Q06696	566 aa		4.64	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	TRE2	Q08693	809 aa		4.64	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	CAF20	P12962	161 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	RNR1	P21524	888 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	ATP12	P22135	325 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	PLC1	P32383	869 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	TFC4	P33339	1025 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	YKR075C	P36155	307 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	ELO3	P40319	345 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	HOS4	P40480	1083 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	BFA1	P47113	574 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	DLT1	Q04216	342 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	GAD1	Q04792	585 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	MCM21	Q06675	368 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	YLR040C	Q07988	224 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	ECM3	Q99252	613 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	GLN4	P13188	809 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	ECM1	P39715	212 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	GET2	P40056	285 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	YIR042C	P40586	236 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	NOP9	P47077	666 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	NOP15	P53927	220 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	PTA1	Q01329	785 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	RCR2	Q03446	210 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	YMR210W	Q03649	449 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	HMO1	Q03973	246 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	AIM39	Q08223	395 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	VHS3	Q08438	674 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	IRC13	Q08630	104 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	MET3	P08536	511 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	LAT1	P12695	482 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	AEP2	P22136	580 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	TRZ1	P36159	838 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	SUN4	P53616	420 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	KIN4	Q01919	800 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	REC102	Q02721	264 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	SGO1	Q08490	590 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	FRE5	Q08908	694 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	RMP1	Q12530	201 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	APM4	Q99186	491 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	RPS17A	P02407	136 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	ALG7	P07286	448 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	RPS17B	P14127	136 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	YCR015C	P25616	317 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	YPT7	P32939	208 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	BIT2	P38346	545 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	SUL1	P38359	859 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	VID28	P40547	921 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	BAP3	P41815	604 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	AMA1	P50082	593 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	PEX14	P53112	341 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	PEX8	P53248	589 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	STP4	Q07351	490 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	YPR027C	Q12079	277 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	CDC26	P14724	124 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	FRS1	P15624	595 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	IME1	P21190	360 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	HEM12	P32347	362 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	TRM2	P33753	639 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	APT2	P36973	181 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	KTR4	P38131	464 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	BCD1	P38772	366 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	FMO1	P38866	432 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	RSC8	P43609	557 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	TGL2	P54857	326 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	SKY1	Q03656	742 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	CTK1	Q03957	528 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	YOL073C	Q08232	322 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBC9	YDL064W	PMI40	P29952	429 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	HIS7	P33734	552 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	YKL222C	P35995	705 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	PPS1	P38148	807 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	YJL163C	P46996	555 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	YNL034W	P53963	612 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	YNL018C	P53976	612 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	SND1	Q04007	877 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	ECM38	Q05902	660 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	ADY4	Q05955	493 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	NOP56	Q12460	504 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.58	□□□□□ -1.68	not detected
UBC9	YDL064W	ATG11	Q12527	1178 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	COX11	P19516	300 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	PET127	P32606	800 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	GRX7	P38068	203 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	HRB1	P38922	454 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.57	□□□□□ -1.68	not detected
UBC9	YDL064W	DUN1	P39009	513 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	NUP60	P39705	539 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	BUD8	P41698	603 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	IES1	P43579	692 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	BIT61	P47041	543 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	UBC11	P52492	156 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	SPC105	P53148	917 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	RNT1	Q02555	471 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	MPD2	Q99316	277 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	HCA4	P20448	770 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	PEX1	P24004	1043 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	MVD1	P32377	396 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	HXT4	P32467	576 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	HIR1	P32479	840 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	YJR008W	P47085	338 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBC9	YDL064W	YMR206W	Q03695	313 aa		4.56	□□□□□ -1.68

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