RNA–Protein interactions for RNA: YKL011C

CCE1, Transcript of Mitochondrial cruciform cutting endonuclease, yeast

Gene CCE1, Length 1,062 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CCE1	YKL011C	RAD18	P10862	487 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	CYS3	P31373	394 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	STO1	P34160	861 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	CTF13	P35203	478 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	CRP1	P38845	465 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	YIL108W	P40483	696 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	CAF16	P43569	289 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	HLJ1	P48353	224 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	ZDS1	P50111	915 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	DLT1	Q04216	342 aa		4.67	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	ADY2	P25613	283 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	YLR001C	Q07895	862 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CCE1	YKL011C	TSR4	P25040	408 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	PCL2	P25693	308 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	MCD4	P36051	919 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	SAP190	P36123	1033 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	ALY2	P47029	1046 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	HXT16	P47185	567 aa		4.65	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	YNR029C	P53729	429 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	YIL166C	P40445	542 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	RLP7	P40693	322 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	SCS3	P53012	380 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	YGL081W	P53156	320 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	PUS2	P53167	370 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	SDA1	P53313	767 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	SNP1	Q00916	300 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	YOR022C	Q12204	715 aa		4.64	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	DIF1	O13577	133 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	PRC1	P00729	532 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	SFL1	P20134	766 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	GRX4	P32642	244 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	YEL1	P34225	687 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	PCL5	P38794	229 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	SET5	P38890	526 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	UBP12	P39538	1254 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	SHR5	P41912	237 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	MET13	P53128	600 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	HAL9	Q12180	1030 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	YBR182C-A	Q8TGU6	64 aa		4.63	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	FBP1	P09201	348 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	CDC43	P18898	376 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	HOG1	P32485	435 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	RPN10	P38886	268 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	CRR1	Q05790	422 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	THI73	Q07904	523 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	TRM11	Q12463	433 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	TUB3	P09734	445 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	CAF20	P12962	161 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	KIN3	P22209	435 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	YEN1	P40028	759 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	MGS1	P40151	587 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	PMT3	P47190	753 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	AIM14	P53109	570 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	DUS1	P53759	423 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	NHX1	Q04121	633 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	YDR338C	Q05497	695 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	SSD1	P24276	1250 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.6	□□□□□ -1.67	not detected
CCE1	YKL011C	PCM1	P38628	557 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	SDP1	P40479	209 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	UME1	Q03010	460 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	COG8	Q04632	607 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	ATG33	Q06485	197 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	THI21	Q08975	551 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	HMG1	P12683	1054 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	MIH1	P23748	554 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	TYS1	P36421	394 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	CTF8	P38877	133 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	NUP145	P49687	1317 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	YGR237C	P50089	785 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	MUP1	P50276	574 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	ZIP2	P53061	704 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	GIN4	Q12263	1142 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CCE1	YKL011C	HSL7	P38274	827 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	YHR078W	P38799	552 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	DOT6	P40059	670 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	YFL052W	P43551	465 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	SSY5	P47002	699 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	UBC9	P50623	157 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	NPY1	P53164	384 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	MRPS35	P53292	345 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	GUD1	Q07729	489 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	YUR1	P26725	428 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	YBR053C	P38235	358 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	FKH2	P41813	862 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	YJL163C	P46996	555 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	GPG1	P53130	126 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	Q0142	Q9ZZW4	58 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	YKR051W	P36142	418 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	SAK1	P38990	1142 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	BNA2	P47125	453 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	YJR096W	P47137	282 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	RIA1	P53893	1110 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	MTQ2	Q03920	221 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	RPN7	Q06103	429 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	FAP7	Q12055	197 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	YLR149C	Q99296	730 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	SSB1	P11484	613 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	CCR4	P31384	837 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	PRP19	P32523	503 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CCE1	YKL011C	CKB2	P38930	258 aa		4.55	□□□□□ -1.68

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