RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000574205.5

CTDNEP1-209, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

TSL 5

Gene CTDNEP1, Length 1,506 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-209	ENST00000574205	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		43.08	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ZNF521	Q96K83	1311 aa		43.08	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-209	ENST00000574205	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		43.08	■■■■■ 4.49
CTDNEP1-209	ENST00000574205	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	43.07	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	USP16	Q9Y5T5	823 aa		43.07	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		43.06	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	43.06	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SSFA2	P28290	1259 aa		43.05	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	CASZ1	Q86V15	1759 aa		43.05	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	RPS6KA4	O75676	772 aa		43.04	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		43.04	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		43.02	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	43.01	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	43.01	■■■■■ 4.48
CTDNEP1-209	ENST00000574205	PHF14	O94880	888 aa		43	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ADRA2B	P18089	450 aa		42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	42.98	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	KRT24	Q2M2I5	525 aa		42.97	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SMIM5	Q71RC9	77 aa		42.97	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	A1BG	P04217	495 aa		42.96	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		42.96	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	42.95	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	HOXB7	P09629	217 aa		42.95	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	42.95	■■■■■ 4.47
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	42.94	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		42.94	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	MSH5	O43196	834 aa		42.93	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	GOLGA2	Q08379	1002 aa		42.93	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	42.92	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		42.92	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		42.92	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	42.91	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		42.91	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	42.91	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	C4A	P0C0L4	1744 aa		42.91	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	42.89	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	COL15A1	P39059	1388 aa		42.89	■■■■■ 4.46
CTDNEP1-209	ENST00000574205	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	42.87	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ERBB4	Q15303	1308 aa		42.87	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		42.87	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	RFC4	P35249	363 aa		42.86	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	MTFR1L	Q9H019	292 aa		42.86	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	NBPF26	B4DH59	902 aa		42.85	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205		E9PSI1	815 aa		42.85	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ZBTB7A	O95365	584 aa		42.85	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	42.85	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	42.85	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	NBPF15	Q8N660	670 aa		42.85	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	42.84	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	42.83	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	42.83	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		42.82	■■■■■ 4.45
CTDNEP1-209	ENST00000574205		A0A087WZG4	1122 aa		42.81	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	TSPYL6	Q8N831	410 aa		42.81	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SLFN5	Q08AF3	891 aa		42.8	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	42.78	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	42.78	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	NECTIN2	Q92692	538 aa		42.78	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	CHMP4A	Q9BY43	222 aa		42.78	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SPON1	Q9HCB6	807 aa		42.78	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	42.76	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		42.76	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	NARF	Q9UHQ1	456 aa		42.76	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		42.76	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ZPR1	O75312	459 aa		42.76	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	PDIA6	Q15084	440 aa		42.76	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	42.76	■■■■■ 4.44
CTDNEP1-209	ENST00000574205	MYL6B	P14649	208 aa		42.75	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	42.74	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		42.74	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	DDX21	Q9NR30	783 aa	Known RBP eCLIP	42.73	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	GYS1	P13807	737 aa		42.72	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		42.72	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	42.72	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	42.71	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	MSL1	Q68DK7	614 aa		42.71	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	TRMT2A	Q8IZ69	625 aa	Known RBP	42.71	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		42.71	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	LRP5	O75197	1615 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	PROSER3	Q2NL68	480 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ARX	Q96QS3	562 aa		42.7	■■■■■ 4.43
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SCN7A	Q01118	1682 aa		42.69	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	ANXA1	P04083	346 aa		42.68	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	PTGER2	P43116	358 aa		42.67	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		42.67	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		42.67	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	VAMP4	O75379	141 aa		42.66	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		42.66	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	POLD1	P28340	1107 aa		42.65	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	CAMTA2	O94983	1202 aa		42.64	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		42.63	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	HYPK	Q9NX55	129 aa		42.63	■■■■■ 4.42
CTDNEP1-209	ENST00000574205	FKBP8	Q14318	412 aa		42.62	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-209	ENST00000574205	STK31	Q9BXU1	1019 aa		42.61	■■■■■ 4.41
CTDNEP1-209	ENST00000574205	KIF6	Q6ZMV9	814 aa		42.6	■■■■■ 4.41

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