Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 XXYLT1-203ENST00000418940 582 ntTSL 417.83■□□□□ 0.441e-6■■■■■ 28.8
CDC40O60508 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.181e-6■■■■■ 28.8
CDC40O60508 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.11e-6■■■■■ 28.8
CDC40O60508 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.041e-6■■■■■ 28.8
CDC40O60508 ZNF331-201ENST00000253144 5042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.46□□□□□ -0.411e-6■■■■■ 28.8
CDC40O60508 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.833e-8■■■■■ 28.7
CDC40O60508 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.553e-8■■■■■ 28.7
CDC40O60508 AGAP1-201ENST00000304032 10832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.133e-8■■■■■ 28.7
CDC40O60508 AGAP1-214ENST00000635100 2478 ntTSL 513.82□□□□□ -0.23e-8■■■■■ 28.7
CDC40O60508 AGAP1-203ENST00000402604 563 ntTSL 411.39□□□□□ -0.593e-8■■■■■ 28.7
CDC40O60508 BCAR1-213ENST00000563323 558 ntTSL 318.92■□□□□ 0.622e-7■■■■■ 28.5
CDC40O60508 BCAR1-220ENST00000568864 556 ntTSL 413.45□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 28.5
CDC40O60508 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.888e-15■■■■■ 28.5
CDC40O60508 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.818e-15■■■■■ 28.5
CDC40O60508 NFKBIZ-208ENST00000486444 613 ntTSL 318.81■□□□□ 0.69e-8■■■■■ 28.5
CDC40O60508 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.359e-8■■■■■ 28.5
CDC40O60508 ZDHHC14-202ENST00000341375 1934 ntTSL 1 (best)16.02■□□□□ 0.168e-15■■■■■ 28.5
CDC40O60508 NFKBIZ-202ENST00000326172 3923 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.63□□□□□ -0.399e-8■■■■■ 28.5
CDC40O60508 ZDHHC14-209ENST00000523706 5146 ntTSL 212.47□□□□□ -0.418e-15■■■■■ 28.5
CDC40O60508 ZDHHC14-205ENST00000422910 2883 ntTSL 212.3□□□□□ -0.448e-15■■■■■ 28.5
CDC40O60508 ZDHHC14-207ENST00000518214 861 ntTSL 39.99□□□□□ -0.818e-15■■■■■ 28.5
CDC40O60508 ZDHHC14-206ENST00000517432 3646 ntTSL 29.7□□□□□ -0.868e-15■■■■■ 28.5
CDC40O60508 AC087482.1-202ENST00000558071 903 ntTSL 5 BASIC9.58□□□□□ -0.889e-8■■■■■ 28.5
CDC40O60508 NFKBIZ-207ENST00000483180 2006 ntTSL 58.25□□□□□ -1.099e-8■■■■■ 28.5
CDC40O60508 ZDHHC14-201ENST00000340347 328 ntTSL 58.07□□□□□ -1.128e-15■■■■■ 28.5
CDC40O60508 NFKBIZ-203ENST00000394054 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.33□□□□□ -1.569e-8■■■■■ 28.5
CDC40O60508 NFKBIZ-209ENST00000491281 564 ntTSL 45.01□□□□□ -1.619e-8■■■■■ 28.5
CDC40O60508 RNU6-19P-201ENST00000384718 107 ntBASIC1.85□□□□□ -2.119e-8■■■■■ 28.5
CDC40O60508 MGAT5-203ENST00000468758 816 ntTSL 522.81■■□□□ 1.243e-6■■■■■ 28.2
CDC40O60508 MGAT5-204ENST00000481801 651 ntTSL 322.81■■□□□ 1.243e-6■■■■■ 28.2
CDC40O60508 MGAT5-202ENST00000409645 8252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.3□□□□□ -1.083e-6■■■■■ 28.2
CDC40O60508 UCKL1-205ENST00000483710 524 ntTSL 39.23□□□□□ -0.932e-7■■■■■ 28.2
CDC40O60508 SNORD19-201ENST00000391191 68 ntBASIC-1.49□□□□□ -2.653e-6■■■■■ 28.1
CDC40O60508 HUWE1-202ENST00000262854 14739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 28.1
CDC40O60508 HUWE1-203ENST00000342160 14796 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.53□□□□□ -1.22e-6■■■■■ 28.1
CDC40O60508 HUWE1-214ENST00000612484 14311 ntTSL 5 BASIC5.77□□□□□ -1.492e-6■■■■■ 28.1
CDC40O60508 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.572e-14■■■■■ 27.9
CDC40O60508 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.192e-14■■■■■ 27.9
CDC40O60508 ASGR1-207ENST00000574330 887 ntTSL 515.2■□□□□ 0.022e-14■■■■■ 27.9
CDC40O60508 ASGR1-203ENST00000570576 627 ntTSL 512.18□□□□□ -0.462e-14■■■■■ 27.9
CDC40O60508 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.462e-6■■■■■ 27.9
CDC40O60508 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 27.9
CDC40O60508 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 27.9
CDC40O60508 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.161e-6■■■■■ 27.9
CDC40O60508 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -01e-6■■■■■ 27.9
CDC40O60508 BRD2-213ENST00000495733 3404 ntTSL 213.39□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 27.9
CDC40O60508 BRD2-212ENST00000482914 4834 ntTSL 1 (best)13.1□□□□□ -0.311e-6■■■■■ 27.9
CDC40O60508 BRD2-219ENST00000607833 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)12.09□□□□□ -0.471e-6■■■■■ 27.9
CDC40O60508 BRD2-203ENST00000395287 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.82□□□□□ -11e-6■■■■■ 27.9
CDC40O60508 MACF1-201ENST00000289893 19141 ntTSL 5 BASIC3.67□□□□□ -1.823e-7■■■■■ 27.8
CDC40O60508 TMC6-209ENST00000588087 2384 ntTSL 219.43■□□□□ 0.72e-7■■■■■ 27.7
CDC40O60508 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.622e-7■■■■■ 27.7
CDC40O60508 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.462e-7■■■■■ 27.7
CDC40O60508 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.172e-7■■■■■ 27.7
CDC40O60508 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.022e-7■■■■■ 27.7
CDC40O60508 TMC6-224ENST00000593044 3070 ntTSL 214.62□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 27.7
CDC40O60508 BRD2-206ENST00000456339 887 ntTSL 413.98□□□□□ -0.174e-8■■■■■ 27.6
CDC40O60508 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.662e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.62e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.092e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-215ENST00000484735 540 ntTSL 315.34■□□□□ 0.052e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ZNF516-201ENST00000443185 8118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.022e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.012e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-209ENST00000464228 861 ntTSL 1 (best)15□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-208ENST00000463190 570 ntTSL 214.76□□□□□ -0.052e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-220ENST00000497031 560 ntTSL 314.47□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-214ENST00000483795 1913 ntTSL 214.08□□□□□ -0.162e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-217ENST00000490426 1027 ntTSL 213.86□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 RALGAPB-203ENST00000397042 8652 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 RALGAPB-201ENST00000262879 8663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-201ENST00000238091 1772 ntTSL 3 BASIC12.28□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 TBC1D14-208ENST00000451522 4149 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.08□□□□□ -0.487e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 H1FX-AS1-201ENST00000383461 2600 ntTSL 2 BASIC12□□□□□ -0.492e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 TBC1D14-201ENST00000409757 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.627e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 ITGB1BP1-221ENST00000497105 659 ntTSL 311.06□□□□□ -0.642e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 TBC1D14-207ENST00000448507 4887 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.39□□□□□ -0.757e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 H1FX-AS1-203ENST00000502789 922 ntTSL 5 BASIC9.81□□□□□ -0.842e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 TBC1D14-202ENST00000410031 4201 ntTSL 5 BASIC9.77□□□□□ -0.857e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 H1FX-AS1-202ENST00000433902 486 ntTSL 39.34□□□□□ -0.912e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 TBC1D14-206ENST00000446947 4021 ntTSL 5 BASIC9.27□□□□□ -0.937e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 RALGAPB-202ENST00000397040 8435 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.582e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 RALGAPB-206ENST00000461423 3830 ntTSL 24.63□□□□□ -1.672e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 RALGAPB-204ENST00000438490 4075 ntTSL 54.16□□□□□ -1.742e-7■■■■■ 27.4
CDC40O60508 DEAF1-206ENST00000526857 567 ntTSL 313.1□□□□□ -0.313e-6■■■■■ 27.1
CDC40O60508 DEAF1-203ENST00000525626 585 ntTSL 312.57□□□□□ -0.43e-6■■■■■ 27.1
CDC40O60508 NCOR2-203ENST00000404621 8520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.081e-6■■■■■ 27.1
CDC40O60508 NCOR2-202ENST00000404121 7175 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 27.1
CDC40O60508 NCOR2-208ENST00000429285 8475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.211e-6■■■■■ 27.1
CDC40O60508 NCOR2-204ENST00000405201 8533 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.211e-6■■■■■ 27.1
CDC40O60508 NCOR2-201ENST00000356219 7226 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.221e-6■■■■■ 27.1
CDC40O60508 NCOR2-215ENST00000458234 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)13.22□□□□□ -0.291e-6■■■■■ 27.1
CDC40O60508 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.283e-6■■■■■ 27.1
CDC40O60508 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.893e-6■■■■■ 26.8
CDC40O60508 GET4-206ENST00000464468 676 ntTSL 316.07■□□□□ 0.163e-6■■■■■ 26.8
CDC40O60508 SUN1-222ENST00000457861 2975 ntTSL 214.51□□□□□ -0.093e-6■■■■■ 26.8
CDC40O60508 GET4-202ENST00000407192 4356 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.283e-6■■■■■ 26.8
CDC40O60508 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.088e-7■■■■□ 26.7
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