Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM28Q13263 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM28Q13263 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
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