Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LHX3Q9UBR4 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms