Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms