Protein–RNA interactions for Protein: Q96P16

RPRD1A, Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 312 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPRD1AQ96P16 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
RPRD1AQ96P16 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
RPRD1AQ96P16 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
RPRD1AQ96P16 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RPRD1AQ96P16 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RPRD1AQ96P16 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RPRD1AQ96P16 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
RPRD1AQ96P16 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.9 ms