Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COPB1P53618 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COPB1P53618 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COPB1P53618 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COPB1P53618 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COPB1P53618 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COPB1P53618 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COPB1P53618 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COPB1P53618 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COPB1P53618 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
COPB1P53618 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
COPB1P53618 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COPB1P53618 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COPB1P53618 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COPB1P53618 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COPB1P53618 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COPB1P53618 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COPB1P53618 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COPB1P53618 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COPB1P53618 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COPB1P53618 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COPB1P53618 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COPB1P53618 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
COPB1P53618 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COPB1P53618 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COPB1P53618 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COPB1P53618 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COPB1P53618 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COPB1P53618 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COPB1P53618 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COPB1P53618 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COPB1P53618 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COPB1P53618 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COPB1P53618 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COPB1P53618 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COPB1P53618 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COPB1P53618 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COPB1P53618 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COPB1P53618 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COPB1P53618 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COPB1P53618 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COPB1P53618 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COPB1P53618 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COPB1P53618 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COPB1P53618 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COPB1P53618 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COPB1P53618 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COPB1P53618 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COPB1P53618 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COPB1P53618 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COPB1P53618 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COPB1P53618 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COPB1P53618 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COPB1P53618 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COPB1P53618 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COPB1P53618 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COPB1P53618 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COPB1P53618 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COPB1P53618 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms