Protein–RNA interactions for Protein: P12004

PCNA, Proliferating cell nuclear antigen, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCNAP12004 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCNAP12004 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCNAP12004 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCNAP12004 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCNAP12004 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCNAP12004 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCNAP12004 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PCNAP12004 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCNAP12004 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PCNAP12004 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCNAP12004 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCNAP12004 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCNAP12004 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCNAP12004 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCNAP12004 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCNAP12004 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCNAP12004 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCNAP12004 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCNAP12004 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCNAP12004 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCNAP12004 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
PCNAP12004 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCNAP12004 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCNAP12004 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCNAP12004 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCNAP12004 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCNAP12004 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCNAP12004 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCNAP12004 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCNAP12004 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCNAP12004 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCNAP12004 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
PCNAP12004 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
PCNAP12004 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCNAP12004 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCNAP12004 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCNAP12004 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCNAP12004 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCNAP12004 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
PCNAP12004 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCNAP12004 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCNAP12004 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCNAP12004 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCNAP12004 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCNAP12004 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms