Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PCDHB3Q9Y5E6 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
PCDHB3Q9Y5E6 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PCDHB3Q9Y5E6 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 395 ms