Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2B5

VPS9D1, VPS9 domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 631 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS9D1Q9Y2B5 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS9D1Q9Y2B5 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS9D1Q9Y2B5 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS9D1Q9Y2B5 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.9 ms