Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CHMP4AQ9BY43 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CHMP4AQ9BY43 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms