Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
ZNF540Q8NDQ6 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
ZNF540Q8NDQ6 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
ZNF540Q8NDQ6 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms