Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP49Q70CQ1 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP49Q70CQ1 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP49Q70CQ1 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
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