Protein–RNA interactions for Protein: O00635

TRIM38, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM38, humanhuman

Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM38O00635 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
TRIM38O00635 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRIM38O00635 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM38O00635 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.8 ms