Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN2AQ99250 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
SCN2AQ99250 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN2AQ99250 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms