Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC3Q9BQI4 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC3Q9BQI4 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC3Q9BQI4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1667.9 ms