Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.87e-10■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.537e-10■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MVK-203ENST00000447878 1644 ntTSL 233.98■■■■□ 3.036e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MVK-215ENST00000636529 1509 ntTSL 523.31■■□□□ 1.326e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MVK-216ENST00000636996 1725 ntTSL 523.03■■□□□ 1.286e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.226e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.876e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MVK-202ENST00000392727 1770 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.216e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.096e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MVK-213ENST00000625889 2591 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.366e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MVK-209ENST00000540353 4109 ntTSL 210.69□□□□□ -0.76e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 LONP2-206ENST00000565867 1969 ntTSL 312.49□□□□□ -0.419e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 LONP2-201ENST00000285737 8199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.05□□□□□ -0.649e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 LONP2-204ENST00000564259 819 ntTSL 37.78□□□□□ -1.169e-7■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.416e-37■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 GADD45B-206ENST00000592937 2007 ntTSL 219.8■□□□□ 0.766e-37■■■■■ 42.9
UPF1Q92900 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.691e-11■■■■■ 42.8
UPF1Q92900 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.971e-21■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 EIF4G1-230ENST00000460829 1804 ntTSL 223.1■■□□□ 1.295e-25■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.217e-15■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.377e-15■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.377e-15■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.217e-15■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 PYCR2-206ENST00000478402 3149 ntTSL 216.45■□□□□ 0.227e-15■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.746e-9■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.336e-9■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 PHB-214ENST00000614445 1952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.16e-9■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 PHB-215ENST00000617874 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.236e-9■■■■■ 42.7
UPF1Q92900 HES6-207ENST00000417803 474 ntTSL 332.58■■■□□ 2.816e-8■■■■■ 42.6
UPF1Q92900 LZTR1-218ENST00000498649 1044 ntTSL 318.98■□□□□ 0.634e-7■■■■■ 42.6
UPF1Q92900 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.991e-21■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC39.68■■■■□ 3.945e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC34.52■■■■□ 3.125e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC34.52■■■■□ 3.125e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC32.47■■■□□ 2.795e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.855e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.735e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.525e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 MAZ-213ENST00000568411 599 ntTSL 324.4■■□□□ 1.55e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.385e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.135e-26■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 CYTH3-204ENST00000465320 576 ntTSL 422.24■■□□□ 1.157e-7■■■■■ 42.5
UPF1Q92900 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.563e-24■■■■■ 42.4
UPF1Q92900 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.433e-24■■■■■ 42.4
UPF1Q92900 SGTA-205ENST00000591984 882 ntTSL 216.59■□□□□ 0.254e-19■■■■■ 42.4
UPF1Q92900 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.381e-11■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 APOBEC3C-202ENST00000428892 1056 ntTSL 316.42■□□□□ 0.222e-29■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 POLR1E-203ENST00000442009 1805 ntTSL 221.83■■□□□ 1.084e-14■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.414e-14■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 POLR1E-201ENST00000377792 2229 ntTSL 2 BASIC11.52□□□□□ -0.564e-14■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.73e-11■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.593e-11■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.93e-11■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.893e-11■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26■■□□□ 1.753e-11■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.433e-11■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 LY6E-215ENST00000523847 427 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.683e-11■■■■■ 42.3
UPF1Q92900 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.252e-13■■■■■ 42.2
UPF1Q92900 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.052e-13■■■■■ 42.2
UPF1Q92900 MGRN1-203ENST00000415496 6405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.292e-13■■■■■ 42.2
UPF1Q92900 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.372e-22■■■■■ 42.2
UPF1Q92900 PGPEP1-208ENST00000600283 1414 ntTSL 1 (best)16.85■□□□□ 0.297e-23■■■■■ 42.2
UPF1Q92900 C10orf10-203ENST00000496638 868 ntTSL 329.36■■■□□ 2.294e-10■■■■■ 42.2
UPF1Q92900 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.184e-10■■■■■ 42.2
UPF1Q92900 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.292e-7■■■■■ 42.2
UPF1Q92900 RBM38-202ENST00000344785 2193 ntTSL 520.21■□□□□ 0.832e-11■■■■■ 42.1
UPF1Q92900 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.635e-8■■■■■ 42.1
UPF1Q92900 DNAJA3-209ENST00000574393 577 ntTSL 318.01■□□□□ 0.475e-8■■■■■ 42.1
UPF1Q92900 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.185e-8■■■■■ 42.1
UPF1Q92900 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.165e-8■■■■■ 42.1
UPF1Q92900 DNAJA3-212ENST00000576180 2288 ntTSL 213.39□□□□□ -0.275e-8■■■■■ 42.1
UPF1Q92900 RAP2B-201ENST00000323534 8351 ntAPPRIS P1 BASIC13.05□□□□□ -0.322e-12■■■■■ 42.1
UPF1Q92900 GTF3C1-203ENST00000562609 2824 ntTSL 514.45□□□□□ -0.12e-41■■■■■ 42.1
UPF1Q92900 ATP11A-206ENST00000419631 2446 ntTSL 314.11□□□□□ -0.153e-8■■■■■ 42.1
UPF1Q92900 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.069e-11■■■■■ 42
UPF1Q92900 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.731e-8■■■■■ 42
UPF1Q92900 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.981e-11■■■■■ 42
UPF1Q92900 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.642e-6■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 FAM168B-202ENST00000409185 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.245e-13■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 RPUSD4-208ENST00000533628 2053 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.292e-8■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 RPUSD4-201ENST00000298317 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.57□□□□□ -0.42e-8■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.526e-19■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.239e-20■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.29e-20■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 TAF13-202ENST00000461096 1076 ntTSL 513.64□□□□□ -0.239e-8■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 TPM3-201ENST00000271850 1219 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.244e-9■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 YWHAG-201ENST00000307630 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.792e-23■■■■■ 41.9
UPF1Q92900 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.829e-10■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.819e-10■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 AOC3-206ENST00000613571 3900 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.199e-10■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 AOC3-201ENST00000308423 4026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.04□□□□□ -0.489e-10■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 NDRG1-207ENST00000518066 560 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.085e-10■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 GIPC1-210ENST00000589497 853 ntTSL 526.26■■□□□ 1.795e-10■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.82e-8■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 TBC1D24-203ENST00000564879 5324 ntTSL 215.28■□□□□ 0.045e-7■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.015e-7■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 TBC1D24-206ENST00000569874 3061 ntTSL 514.26□□□□□ -0.133e-7■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 TBC1D24-207ENST00000627285 4382 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.09□□□□□ -0.155e-7■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 TBC1D24-208ENST00000630263 4180 ntTSL 513.53□□□□□ -0.243e-7■■■■■ 41.8
UPF1Q92900 TBC1D24-201ENST00000293970 4340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.255e-7■■■■■ 41.8
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