RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617904.4

TRAPPC3-210, Transcript of trafficking protein particle complex 3, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene TRAPPC3, Length 1,305 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAPPC3-210ENST00000617904 NISCHQ9Y2I1 1504 aa38.62■■■■□ 3.77
TRAPPC3-210ENST00000617904 ABCC9O60706 1549 aa34.67■■■■□ 3.14
TRAPPC3-210ENST00000617904 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa34.63■■■■□ 3.13
TRAPPC3-210ENST00000617904 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa32.97■■■□□ 2.87
TRAPPC3-210ENST00000617904 NACADO15069 1562 aa32.76■■■□□ 2.83
TRAPPC3-210ENST00000617904 DNAJC5BQ9UF47 199 aa32.6■■■□□ 2.81
TRAPPC3-210ENST00000617904 DCAF8L2P0C7V8 631 aa32.57■■■□□ 2.8
TRAPPC3-210ENST00000617904 MYO15BQ96JP2 1530 aa32.32■■■□□ 2.76
TRAPPC3-210ENST00000617904 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP32.29■■■□□ 2.76
TRAPPC3-210ENST00000617904 UNC13AQ9UPW8 1703 aa32.24■■■□□ 2.75
TRAPPC3-210ENST00000617904 BICRAQ9NZM4 1560 aa32.06■■■□□ 2.72
TRAPPC3-210ENST00000617904 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP32■■■□□ 2.71
TRAPPC3-210ENST00000617904 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa31.9■■■□□ 2.7
TRAPPC3-210ENST00000617904 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa31.58■■■□□ 2.65
TRAPPC3-210ENST00000617904 SCRIBQ14160 1630 aa31.55■■■□□ 2.64
TRAPPC3-210ENST00000617904 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa31.31■■■□□ 2.6
TRAPPC3-210ENST00000617904 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP31.24■■■□□ 2.59
TRAPPC3-210ENST00000617904 CECR2Q9BXF3 1484 aa31.23■■■□□ 2.59
TRAPPC3-210ENST00000617904 NCAPD3P42695 1498 aa30.27■■■□□ 2.44
TRAPPC3-210ENST00000617904 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa30.17■■■□□ 2.42
TRAPPC3-210ENST00000617904 SMARCA4P51532 1647 aa30.12■■■□□ 2.41
TRAPPC3-210ENST00000617904 SMARCA2P51531 1590 aa30.05■■■□□ 2.4
TRAPPC3-210ENST00000617904 HMGXB3Q12766 1538 aa30.02■■■□□ 2.4
TRAPPC3-210ENST00000617904 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP29.95■■■□□ 2.39
TRAPPC3-210ENST00000617904 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa29.92■■■□□ 2.38
TRAPPC3-210ENST00000617904 ERCC6Q03468 1493 aa29.89■■■□□ 2.38
TRAPPC3-210ENST00000617904 CUX2O14529 1486 aa29.88■■■□□ 2.37
TRAPPC3-210ENST00000617904 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP29.84■■■□□ 2.37
TRAPPC3-210ENST00000617904 PEG3Q9GZU2 1588 aa29.83■■■□□ 2.37
TRAPPC3-210ENST00000617904 NESP48681 1621 aa29.79■■■□□ 2.36
TRAPPC3-210ENST00000617904 MROH2BQ7Z745 1585 aa29.76■■■□□ 2.36
TRAPPC3-210ENST00000617904 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa29.55■■■□□ 2.32
TRAPPC3-210ENST00000617904 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP29.51■■■□□ 2.32
TRAPPC3-210ENST00000617904 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP29.48■■■□□ 2.31
TRAPPC3-210ENST00000617904 WIZO95785 1651 aa29.39■■■□□ 2.3
TRAPPC3-210ENST00000617904 PDS5BQ9NTI5 1447 aa29.39■■■□□ 2.29
TRAPPC3-210ENST00000617904 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa29.38■■■□□ 2.29
TRAPPC3-210ENST00000617904 CADPSQ9ULU8 1353 aa29.34■■■□□ 2.29
TRAPPC3-210ENST00000617904 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP29.18■■■□□ 2.26
TRAPPC3-210ENST00000617904 MRC2Q9UBG0 1479 aa29.14■■■□□ 2.25
TRAPPC3-210ENST00000617904 WDR62O43379 1518 aa29.07■■■□□ 2.24
TRAPPC3-210ENST00000617904 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP29.01■■■□□ 2.23
TRAPPC3-210ENST00000617904 CFTRP13569 1480 aa29■■■□□ 2.23
TRAPPC3-210ENST00000617904 CEP164Q9UPV0 1460 aa29■■■□□ 2.23
TRAPPC3-210ENST00000617904 FANCD2Q9BXW9 1451 aa28.99■■■□□ 2.23
TRAPPC3-210ENST00000617904 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP28.77■■■□□ 2.2
TRAPPC3-210ENST00000617904 CCDC88BA6NC98 1476 aa28.71■■■□□ 2.19
TRAPPC3-210ENST00000617904 PRDM2Q13029 1718 aa28.67■■■□□ 2.18
TRAPPC3-210ENST00000617904 TRIM41Q8WV44 630 aa28.55■■■□□ 2.16
TRAPPC3-210ENST00000617904 OSCARQ8IYS5 282 aa28.52■■■□□ 2.16
TRAPPC3-210ENST00000617904 TOPBP1Q92547 1522 aa28.45■■■□□ 2.14
TRAPPC3-210ENST00000617904 IFT140Q96RY7 1462 aa28.44■■■□□ 2.14
TRAPPC3-210ENST00000617904 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP28.42■■■□□ 2.14
TRAPPC3-210ENST00000617904 ABCC8Q09428 1581 aa28.36■■■□□ 2.13
TRAPPC3-210ENST00000617904 DNMBPQ6XZF7 1577 aa28.33■■■□□ 2.13
TRAPPC3-210ENST00000617904 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP28.23■■■□□ 2.11
TRAPPC3-210ENST00000617904 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP28.2■■■□□ 2.1
TRAPPC3-210ENST00000617904 CHIC1Q5VXU3 224 aa28.17■■■□□ 2.1
TRAPPC3-210ENST00000617904 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP28.16■■■□□ 2.15e-8■■■■■ 40.7
TRAPPC3-210ENST00000617904 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP28.16■■■□□ 2.1
TRAPPC3-210ENST00000617904 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa28.15■■■□□ 2.1
TRAPPC3-210ENST00000617904 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa28.15■■■□□ 2.1
TRAPPC3-210ENST00000617904 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa28.15■■■□□ 2.1
TRAPPC3-210ENST00000617904 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa28.06■■■□□ 2.08
TRAPPC3-210ENST00000617904 ARHGEF11O15085 1522 aa28.06■■■□□ 2.08
TRAPPC3-210ENST00000617904 SOGA1O94964 1423 aa28.03■■■□□ 2.08
TRAPPC3-210ENST00000617904 CHD1O14646 1710 aa28.02■■■□□ 2.08
TRAPPC3-210ENST00000617904 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP27.98■■■□□ 2.07
TRAPPC3-210ENST00000617904 FGD5Q6ZNL6 1462 aa27.97■■■□□ 2.07
TRAPPC3-210ENST00000617904 CUX1P39880 1505 aa27.96■■■□□ 2.07
TRAPPC3-210ENST00000617904 FBLN2P98095 1184 aa27.94■■■□□ 2.06
TRAPPC3-210ENST00000617904 WDR97A6NE52 1622 aa27.88■■■□□ 2.05
TRAPPC3-210ENST00000617904 CYB5RLQ6IPT4 315 aa27.86■■■□□ 2.05
TRAPPC3-210ENST00000617904 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa27.86■■■□□ 2.05
TRAPPC3-210ENST00000617904 ARAP1Q96P48 1450 aa27.8■■■□□ 2.04
TRAPPC3-210ENST00000617904 GRIN2BQ13224 1484 aa27.78■■■□□ 2.04
TRAPPC3-210ENST00000617904 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP27.77■■■□□ 2.04
TRAPPC3-210ENST00000617904 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP27.74■■■□□ 2.03
TRAPPC3-210ENST00000617904 CLASP1Q7Z460 1538 aa27.73■■■□□ 2.03
TRAPPC3-210ENST00000617904 SYNJ2O15056 1496 aa27.69■■■□□ 2.02
TRAPPC3-210ENST00000617904 SYNJ1O43426 1573 aa27.68■■■□□ 2.02
TRAPPC3-210ENST00000617904 GAPVD1Q14C86 1478 aa27.67■■■□□ 2.02
TRAPPC3-210ENST00000617904 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa27.67■■■□□ 2.02
TRAPPC3-210ENST00000617904 PBRM1Q86U86 1689 aa27.64■■■□□ 2.02
TRAPPC3-210ENST00000617904 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa27.61■■■□□ 2.01
TRAPPC3-210ENST00000617904 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP27.59■■■□□ 2.01
TRAPPC3-210ENST00000617904 TRHP20396 242 aaPredicted RBP27.52■■■□□ 2
TRAPPC3-210ENST00000617904 TOP2BQ02880 1626 aa27.49■■□□□ 1.99
TRAPPC3-210ENST00000617904 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa27.49■■□□□ 1.99
TRAPPC3-210ENST00000617904 GRIN2AQ12879 1464 aa27.42■■□□□ 1.98
TRAPPC3-210ENST00000617904 ADAMTS12P58397 1594 aa27.4■■□□□ 1.98
TRAPPC3-210ENST00000617904 NUP160Q12769 1436 aa27.35■■□□□ 1.97
TRAPPC3-210ENST00000617904 CEP170Q5SW79 1584 aa27.33■■□□□ 1.97
TRAPPC3-210ENST00000617904 FHAD1B1AJZ9 1412 aa27.33■■□□□ 1.97
TRAPPC3-210ENST00000617904 EEA1Q15075 1411 aa27.33■■□□□ 1.97
TRAPPC3-210ENST00000617904 ERCC6L2Q5T890 1561 aa27.31■■□□□ 1.96
TRAPPC3-210ENST00000617904 ERICH3Q5RHP9 1530 aa27.31■■□□□ 1.96
TRAPPC3-210ENST00000617904 SHROOM2Q13796 1616 aa27.23■■□□□ 1.95
TRAPPC3-210ENST00000617904 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP27.2■■□□□ 1.95
TRAPPC3-210ENST00000617904 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP27.08■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.1 ms