RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000616271.4

CADM1-222, Transcript of cell adhesion molecule 1, human

TSL 5 BASIC

Gene CADM1, Length 1,246 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CADM1-222	ENST00000616271	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		44.58	■■■■■ 4.73
CADM1-222	ENST00000616271	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.71	■■■■□ 3.95
CADM1-222	ENST00000616271	ABCC9	O60706	1549 aa		38.51	■■■■□ 3.76
CADM1-222	ENST00000616271	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.22	■■■■□ 3.55
CADM1-222	ENST00000616271	NACAD	O15069	1562 aa		37.21	■■■■□ 3.55
CADM1-222	ENST00000616271	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	37.2	■■■■□ 3.54
CADM1-222	ENST00000616271	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.05	■■■■□ 3.52
CADM1-222	ENST00000616271	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		36.98	■■■■□ 3.51
CADM1-222	ENST00000616271	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		36.95	■■■■□ 3.51
CADM1-222	ENST00000616271	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		36.49	■■■■□ 3.43
CADM1-222	ENST00000616271	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.14	■■■■□ 3.38
CADM1-222	ENST00000616271	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.07	■■■■□ 3.37
CADM1-222	ENST00000616271	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	35.91	■■■■□ 3.34
CADM1-222	ENST00000616271	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		35.76	■■■■□ 3.32
CADM1-222	ENST00000616271	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.1	■■■■□ 3.21
CADM1-222	ENST00000616271	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		35.1	■■■■□ 3.21
CADM1-222	ENST00000616271	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		34.92	■■■■□ 3.18
CADM1-222	ENST00000616271	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		34.65	■■■■□ 3.14
CADM1-222	ENST00000616271	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.62	■■■■□ 3.13
CADM1-222	ENST00000616271	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.57	■■■■□ 3.13
CADM1-222	ENST00000616271	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.34	■■■■□ 3.09
CADM1-222	ENST00000616271	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.34	■■■■□ 3.09
CADM1-222	ENST00000616271	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.31	■■■■□ 3.08
CADM1-222	ENST00000616271	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.29	■■■■□ 3.08
CADM1-222	ENST00000616271	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.27	■■■■□ 3.08
CADM1-222	ENST00000616271	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.2	■■■■□ 3.07
CADM1-222	ENST00000616271	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.06	■■■■□ 3.04
CADM1-222	ENST00000616271	WIZ	O95785	1651 aa		34.03	■■■■□ 3.04
CADM1-222	ENST00000616271	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	33.97	■■■■□ 3.03
CADM1-222	ENST00000616271	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	33.69	■■■□□ 2.98
CADM1-222	ENST00000616271	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		33.43	■■■□□ 2.94
CADM1-222	ENST00000616271	NES	P48681	1621 aa		33.38	■■■□□ 2.93
CADM1-222	ENST00000616271	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.24	■■■□□ 2.91
CADM1-222	ENST00000616271	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		33.21	■■■□□ 2.91
CADM1-222	ENST00000616271	ERCC6	Q03468	1493 aa		33.2	■■■□□ 2.91
CADM1-222	ENST00000616271	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.13	■■■□□ 2.89
CADM1-222	ENST00000616271	CFTR	P13569	1480 aa		33.12	■■■□□ 2.89
CADM1-222	ENST00000616271	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	33.12	■■■□□ 2.89
CADM1-222	ENST00000616271	PRDM2	Q13029	1718 aa		33.11	■■■□□ 2.89
CADM1-222	ENST00000616271	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.11	■■■□□ 2.89
CADM1-222	ENST00000616271	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	32.96	■■■□□ 2.87
CADM1-222	ENST00000616271	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		32.9	■■■□□ 2.86
CADM1-222	ENST00000616271	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		32.87	■■■□□ 2.85
CADM1-222	ENST00000616271	CUX2	O14529	1486 aa		32.85	■■■□□ 2.85
CADM1-222	ENST00000616271	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CADM1-222	ENST00000616271	WDR62	O43379	1518 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CADM1-222	ENST00000616271	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	32.57	■■■□□ 2.8
CADM1-222	ENST00000616271	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.44	■■■□□ 2.78
CADM1-222	ENST00000616271	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.43	■■■□□ 2.78
CADM1-222	ENST00000616271	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.41	■■■□□ 2.78
CADM1-222	ENST00000616271	CUX1	P39880	1505 aa		32.22	■■■□□ 2.75
CADM1-222	ENST00000616271	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.16	■■■□□ 2.74
CADM1-222	ENST00000616271	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.14	■■■□□ 2.74
CADM1-222	ENST00000616271	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.09	■■■□□ 2.73
CADM1-222	ENST00000616271	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.09	■■■□□ 2.73
CADM1-222	ENST00000616271	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		32.08	■■■□□ 2.73
CADM1-222	ENST00000616271	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	32.04	■■■□□ 2.72
CADM1-222	ENST00000616271	TOP2B	Q02880	1626 aa		32.04	■■■□□ 2.72
CADM1-222	ENST00000616271	SYNJ1	O43426	1573 aa		32.01	■■■□□ 2.71
CADM1-222	ENST00000616271	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	31.96	■■■□□ 2.71
CADM1-222	ENST00000616271	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	31.95	■■■□□ 2.71
CADM1-222	ENST00000616271	SOGA1	O94964	1423 aa		31.95	■■■□□ 2.71
CADM1-222	ENST00000616271	WDR97	A6NE52	1622 aa		31.95	■■■□□ 2.71
CADM1-222	ENST00000616271	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		31.95	■■■□□ 2.7
CADM1-222	ENST00000616271	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.8	■■■□□ 2.68
CADM1-222	ENST00000616271	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	31.78	■■■□□ 2.68	7e-6	■■□□□ 13.1
CADM1-222	ENST00000616271	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	31.72	■■■□□ 2.67
CADM1-222	ENST00000616271	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.72	■■■□□ 2.67
CADM1-222	ENST00000616271	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.7	■■■□□ 2.66
CADM1-222	ENST00000616271	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.63	■■■□□ 2.65
CADM1-222	ENST00000616271	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.61	■■■□□ 2.65
CADM1-222	ENST00000616271	CHD1	O14646	1710 aa		31.57	■■■□□ 2.64
CADM1-222	ENST00000616271	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		31.55	■■■□□ 2.64
CADM1-222	ENST00000616271	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.55	■■■□□ 2.64
CADM1-222	ENST00000616271	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		31.53	■■■□□ 2.64
CADM1-222	ENST00000616271	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.44	■■■□□ 2.62
CADM1-222	ENST00000616271	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.4	■■■□□ 2.62
CADM1-222	ENST00000616271	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.39	■■■□□ 2.62
CADM1-222	ENST00000616271	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		31.39	■■■□□ 2.62
CADM1-222	ENST00000616271	KIF27	Q86VH2	1401 aa		31.36	■■■□□ 2.61
CADM1-222	ENST00000616271	FBLN2	P98095	1184 aa		31.3	■■■□□ 2.6
CADM1-222	ENST00000616271	TRIM41	Q8WV44	630 aa		31.29	■■■□□ 2.6
CADM1-222	ENST00000616271	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.27	■■■□□ 2.6
CADM1-222	ENST00000616271	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.27	■■■□□ 2.6
CADM1-222	ENST00000616271	CUL7	Q14999	1698 aa		31.25	■■■□□ 2.59
CADM1-222	ENST00000616271	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.22	■■■□□ 2.59
CADM1-222	ENST00000616271	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.16	■■■□□ 2.58
CADM1-222	ENST00000616271	IGF1R	P08069	1367 aa		31.16	■■■□□ 2.58
CADM1-222	ENST00000616271	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.09	■■■□□ 2.57
CADM1-222	ENST00000616271	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		31.08	■■■□□ 2.57
CADM1-222	ENST00000616271	NUP160	Q12769	1436 aa		31.07	■■■□□ 2.57
CADM1-222	ENST00000616271	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		31.02	■■■□□ 2.56
CADM1-222	ENST00000616271	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		31.02	■■■□□ 2.56
CADM1-222	ENST00000616271	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		31.02	■■■□□ 2.56
CADM1-222	ENST00000616271	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		31.02	■■■□□ 2.56
CADM1-222	ENST00000616271	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		31	■■■□□ 2.55
CADM1-222	ENST00000616271	ARHGEF11	O15085	1522 aa		30.98	■■■□□ 2.55
CADM1-222	ENST00000616271	SHROOM2	Q13796	1616 aa		30.9	■■■□□ 2.54
CADM1-222	ENST00000616271	EEA1	Q15075	1411 aa		30.9	■■■□□ 2.54
CADM1-222	ENST00000616271	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		30.88	■■■□□ 2.53

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 83.7 ms