RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000609445.5

SGMS1-209, Transcript of sphingomyelin synthase 1, humanhuman

TSL 4

Gene SGMS1, Length 594 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SGMS1-209ENST00000609445 NISCHQ9Y2I1 1504 aa39.96■■■■□ 3.99
SGMS1-209ENST00000609445 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa35.79■■■■□ 3.32
SGMS1-209ENST00000609445 ABCC9O60706 1549 aa35.67■■■■□ 3.3
SGMS1-209ENST00000609445 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa33.98■■■■□ 3.03
SGMS1-209ENST00000609445 NACADO15069 1562 aa33.77■■■■□ 3
SGMS1-209ENST00000609445 DCAF8L2P0C7V8 631 aa33.68■■■□□ 2.98
SGMS1-209ENST00000609445 DNAJC5BQ9UF47 199 aa33.34■■■□□ 2.93
SGMS1-209ENST00000609445 MYO15BQ96JP2 1530 aa33.33■■■□□ 2.93
SGMS1-209ENST00000609445 UNC13AQ9UPW8 1703 aa33.31■■■□□ 2.92
SGMS1-209ENST00000609445 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP33.24■■■□□ 2.91
SGMS1-209ENST00000609445 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP33.16■■■□□ 2.9
SGMS1-209ENST00000609445 BICRAQ9NZM4 1560 aa33.04■■■□□ 2.88
SGMS1-209ENST00000609445 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa32.97■■■□□ 2.87
SGMS1-209ENST00000609445 SCRIBQ14160 1630 aa32.68■■■□□ 2.82
SGMS1-209ENST00000609445 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa32.5■■■□□ 2.79
SGMS1-209ENST00000609445 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa32.22■■■□□ 2.75
SGMS1-209ENST00000609445 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP32.19■■■□□ 2.74
SGMS1-209ENST00000609445 CECR2Q9BXF3 1484 aa32.1■■■□□ 2.73
SGMS1-209ENST00000609445 NCAPD3P42695 1498 aa31.17■■■□□ 2.58
SGMS1-209ENST00000609445 SMARCA4P51532 1647 aa31.16■■■□□ 2.58
SGMS1-209ENST00000609445 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa31.13■■■□□ 2.57
SGMS1-209ENST00000609445 SMARCA2P51531 1590 aa31.04■■■□□ 2.56
SGMS1-209ENST00000609445 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP30.99■■■□□ 2.55
SGMS1-209ENST00000609445 HMGXB3Q12766 1538 aa30.97■■■□□ 2.55
SGMS1-209ENST00000609445 MROH2BQ7Z745 1585 aa30.83■■■□□ 2.53
SGMS1-209ENST00000609445 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP30.83■■■□□ 2.53
SGMS1-209ENST00000609445 PEG3Q9GZU2 1588 aa30.82■■■□□ 2.52
SGMS1-209ENST00000609445 ERCC6Q03468 1493 aa30.76■■■□□ 2.52
SGMS1-209ENST00000609445 NESP48681 1621 aa30.72■■■□□ 2.51
SGMS1-209ENST00000609445 CUX2O14529 1486 aa30.62■■■□□ 2.49
SGMS1-209ENST00000609445 WIZO95785 1651 aa30.49■■■□□ 2.47
SGMS1-209ENST00000609445 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa30.46■■■□□ 2.47
SGMS1-209ENST00000609445 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa30.44■■■□□ 2.46
SGMS1-209ENST00000609445 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP30.35■■■□□ 2.45
SGMS1-209ENST00000609445 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa30.33■■■□□ 2.45
SGMS1-209ENST00000609445 PDS5BQ9NTI5 1447 aa30.26■■■□□ 2.43
SGMS1-209ENST00000609445 CADPSQ9ULU8 1353 aa30.24■■■□□ 2.43
SGMS1-209ENST00000609445 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP30.22■■■□□ 2.43
SGMS1-209ENST00000609445 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP30.07■■■□□ 2.4
SGMS1-209ENST00000609445 MRC2Q9UBG0 1479 aa30.02■■■□□ 2.4
SGMS1-209ENST00000609445 WDR62O43379 1518 aa29.94■■■□□ 2.38
SGMS1-209ENST00000609445 CFTRP13569 1480 aa29.93■■■□□ 2.38
SGMS1-209ENST00000609445 CEP164Q9UPV0 1460 aa29.93■■■□□ 2.38
SGMS1-209ENST00000609445 FANCD2Q9BXW9 1451 aa29.92■■■□□ 2.38
SGMS1-209ENST00000609445 CCDC88BA6NC98 1476 aa29.74■■■□□ 2.35
SGMS1-209ENST00000609445 PRDM2Q13029 1718 aa29.71■■■□□ 2.35
SGMS1-209ENST00000609445 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP29.7■■■□□ 2.34
SGMS1-209ENST00000609445 TOPBP1Q92547 1522 aa29.39■■■□□ 2.3
SGMS1-209ENST00000609445 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP29.31■■■□□ 2.28
SGMS1-209ENST00000609445 IFT140Q96RY7 1462 aa29.31■■■□□ 2.28
SGMS1-209ENST00000609445 DNMBPQ6XZF7 1577 aa29.29■■■□□ 2.28
SGMS1-209ENST00000609445 ABCC8Q09428 1581 aa29.26■■■□□ 2.28
SGMS1-209ENST00000609445 OSCARQ8IYS5 282 aa29.25■■■□□ 2.27
SGMS1-209ENST00000609445 TRIM41Q8WV44 630 aa29.21■■■□□ 2.27
SGMS1-209ENST00000609445 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP29.15■■■□□ 2.26
SGMS1-209ENST00000609445 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP29.12■■■□□ 2.25
SGMS1-209ENST00000609445 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP29.1■■■□□ 2.25
SGMS1-209ENST00000609445 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP29.05■■■□□ 2.243e-7■■■□□ 16
SGMS1-209ENST00000609445 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP29.04■■■□□ 2.24
SGMS1-209ENST00000609445 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa29.01■■■□□ 2.23
SGMS1-209ENST00000609445 CUX1P39880 1505 aa28.95■■■□□ 2.23
SGMS1-209ENST00000609445 SOGA1O94964 1423 aa28.94■■■□□ 2.22
SGMS1-209ENST00000609445 FGD5Q6ZNL6 1462 aa28.94■■■□□ 2.22
SGMS1-209ENST00000609445 CHD1O14646 1710 aa28.94■■■□□ 2.22
SGMS1-209ENST00000609445 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa28.92■■■□□ 2.22
SGMS1-209ENST00000609445 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa28.92■■■□□ 2.22
SGMS1-209ENST00000609445 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa28.92■■■□□ 2.22
SGMS1-209ENST00000609445 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP28.89■■■□□ 2.22
SGMS1-209ENST00000609445 FBLN2P98095 1184 aa28.82■■■□□ 2.2
SGMS1-209ENST00000609445 ARHGEF11O15085 1522 aa28.82■■■□□ 2.2
SGMS1-209ENST00000609445 WDR97A6NE52 1622 aa28.77■■■□□ 2.2
SGMS1-209ENST00000609445 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa28.76■■■□□ 2.19
SGMS1-209ENST00000609445 GRIN2BQ13224 1484 aa28.67■■■□□ 2.18
SGMS1-209ENST00000609445 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP28.65■■■□□ 2.18
SGMS1-209ENST00000609445 PBRM1Q86U86 1689 aa28.63■■■□□ 2.17
SGMS1-209ENST00000609445 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP28.61■■■□□ 2.17
SGMS1-209ENST00000609445 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa28.6■■■□□ 2.17
SGMS1-209ENST00000609445 GAPVD1Q14C86 1478 aa28.59■■■□□ 2.17
SGMS1-209ENST00000609445 CYB5RLQ6IPT4 315 aa28.59■■■□□ 2.17
SGMS1-209ENST00000609445 ARAP1Q96P48 1450 aa28.57■■■□□ 2.16
SGMS1-209ENST00000609445 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa28.57■■■□□ 2.16
SGMS1-209ENST00000609445 SYNJ2O15056 1496 aa28.56■■■□□ 2.16
SGMS1-209ENST00000609445 CLASP1Q7Z460 1538 aa28.56■■■□□ 2.16
SGMS1-209ENST00000609445 SYNJ1O43426 1573 aa28.54■■■□□ 2.16
SGMS1-209ENST00000609445 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa28.53■■■□□ 2.16
SGMS1-209ENST00000609445 TOP2BQ02880 1626 aa28.51■■■□□ 2.15
SGMS1-209ENST00000609445 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP28.5■■■□□ 2.155e-6■■■■■ 29.2
SGMS1-209ENST00000609445 ADAMTS12P58397 1594 aa28.34■■■□□ 2.13
SGMS1-209ENST00000609445 GRIN2AQ12879 1464 aa28.31■■■□□ 2.12
SGMS1-209ENST00000609445 CEP170Q5SW79 1584 aa28.24■■■□□ 2.11
SGMS1-209ENST00000609445 ERICH3Q5RHP9 1530 aa28.23■■■□□ 2.11
SGMS1-209ENST00000609445 FHAD1B1AJZ9 1412 aa28.23■■■□□ 2.11
SGMS1-209ENST00000609445 TRHP20396 242 aaPredicted RBP28.22■■■□□ 2.11
SGMS1-209ENST00000609445 NUP160Q12769 1436 aa28.2■■■□□ 2.11
SGMS1-209ENST00000609445 ERCC6L2Q5T890 1561 aa28.18■■■□□ 2.1
SGMS1-209ENST00000609445 SHROOM2Q13796 1616 aa28.09■■■□□ 2.09
SGMS1-209ENST00000609445 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa27.94■■■□□ 2.06
SGMS1-209ENST00000609445 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP27.93■■■□□ 2.06
SGMS1-209ENST00000609445 KIF27Q86VH2 1401 aa27.92■■■□□ 2.06
SGMS1-209ENST00000609445 IGF1RP08069 1367 aa27.92■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 72.2 ms