RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000601816.3

PNKP-216, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, humanhuman

TSL 3

Gene PNKP, Length 682 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PNKP-216ENST00000601816 NISCHQ9Y2I1 1504 aa64.31■■■■■ 7.89
PNKP-216ENST00000601816 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa57.46■■■■■ 6.79
PNKP-216ENST00000601816 ABCC9O60706 1549 aa56.85■■■■■ 6.69
PNKP-216ENST00000601816 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa54.41■■■■■ 6.3
PNKP-216ENST00000601816 NACADO15069 1562 aa54.18■■■■■ 6.26
PNKP-216ENST00000601816 DCAF8L2P0C7V8 631 aa54.02■■■■■ 6.24
PNKP-216ENST00000601816 MYO15BQ96JP2 1530 aa53.63■■■■■ 6.18
PNKP-216ENST00000601816 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP53.45■■■■■ 6.15
PNKP-216ENST00000601816 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa53.17■■■■■ 6.1
PNKP-216ENST00000601816 UNC13AQ9UPW8 1703 aa53.11■■■■■ 6.09
PNKP-216ENST00000601816 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP53.02■■■■■ 6.08
PNKP-216ENST00000601816 BICRAQ9NZM4 1560 aa52.76■■■■■ 6.04
PNKP-216ENST00000601816 DNAJC5BQ9UF47 199 aa52.73■■■■■ 6.03
PNKP-216ENST00000601816 SCRIBQ14160 1630 aa52.4■■■■■ 5.98
PNKP-216ENST00000601816 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa52.18■■■■■ 5.94
PNKP-216ENST00000601816 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP51.44■■■■■ 5.82
PNKP-216ENST00000601816 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa51.38■■■■■ 5.82
PNKP-216ENST00000601816 CECR2Q9BXF3 1484 aa51.16■■■■■ 5.78
PNKP-216ENST00000601816 SMARCA4P51532 1647 aa50.04■■■■■ 5.6
PNKP-216ENST00000601816 NCAPD3P42695 1498 aa50■■■■■ 5.59
PNKP-216ENST00000601816 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa49.94■■■■■ 5.58
PNKP-216ENST00000601816 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP49.9■■■■■ 5.58
PNKP-216ENST00000601816 SMARCA2P51531 1590 aa49.85■■■■■ 5.57
PNKP-216ENST00000601816 HMGXB3Q12766 1538 aa49.7■■■■■ 5.55
PNKP-216ENST00000601816 MROH2BQ7Z745 1585 aa49.55■■■■■ 5.52
PNKP-216ENST00000601816 PEG3Q9GZU2 1588 aa49.54■■■■■ 5.52
PNKP-216ENST00000601816 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP49.5■■■■■ 5.52
PNKP-216ENST00000601816 ERCC6Q03468 1493 aa49.08■■■■■ 5.45
PNKP-216ENST00000601816 NESP48681 1621 aa49■■■■■ 5.43
PNKP-216ENST00000601816 WIZO95785 1651 aa48.98■■■■■ 5.43
PNKP-216ENST00000601816 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa48.79■■■■■ 5.4
PNKP-216ENST00000601816 CUX2O14529 1486 aa48.77■■■■■ 5.4
PNKP-216ENST00000601816 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP48.75■■■■■ 5.4
PNKP-216ENST00000601816 CADPSQ9ULU8 1353 aa48.51■■■■■ 5.36
PNKP-216ENST00000601816 PDS5BQ9NTI5 1447 aa48.49■■■■■ 5.35
PNKP-216ENST00000601816 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP48.44■■■■■ 5.35
PNKP-216ENST00000601816 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP48.39■■■■■ 5.34
PNKP-216ENST00000601816 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa48.38■■■■■ 5.34
PNKP-216ENST00000601816 CFTRP13569 1480 aa48.09■■■■■ 5.29
PNKP-216ENST00000601816 MRC2Q9UBG0 1479 aa48.04■■■■■ 5.28
PNKP-216ENST00000601816 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa48■■■■■ 5.27
PNKP-216ENST00000601816 CEP164Q9UPV0 1460 aa47.98■■■■■ 5.27
PNKP-216ENST00000601816 FANCD2Q9BXW9 1451 aa47.97■■■■■ 5.27
PNKP-216ENST00000601816 WDR62O43379 1518 aa47.89■■■■■ 5.26
PNKP-216ENST00000601816 CCDC88BA6NC98 1476 aa47.86■■■■■ 5.25
PNKP-216ENST00000601816 PRDM2Q13029 1718 aa47.64■■■■■ 5.22
PNKP-216ENST00000601816 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP47.52■■■■■ 5.2
PNKP-216ENST00000601816 TOPBP1Q92547 1522 aa47.13■■■■■ 5.14
PNKP-216ENST00000601816 ABCC8Q09428 1581 aa47.09■■■■■ 5.13
PNKP-216ENST00000601816 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP47.07■■■■■ 5.13
PNKP-216ENST00000601816 DNMBPQ6XZF7 1577 aa47.02■■■■■ 5.12
PNKP-216ENST00000601816 IFT140Q96RY7 1462 aa47■■■■■ 5.11
PNKP-216ENST00000601816 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP46.83■■■■■ 5.09
PNKP-216ENST00000601816 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP46.69■■■■■ 5.06
PNKP-216ENST00000601816 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP46.64■■■■■ 5.06
PNKP-216ENST00000601816 OSCARQ8IYS5 282 aa46.63■■■■■ 5.06
PNKP-216ENST00000601816 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP46.62■■■■■ 5.05
PNKP-216ENST00000601816 CUX1P39880 1505 aa46.53■■■■■ 5.04
PNKP-216ENST00000601816 SOGA1O94964 1423 aa46.49■■■■■ 5.03
PNKP-216ENST00000601816 FGD5Q6ZNL6 1462 aa46.49■■■■■ 5.03
PNKP-216ENST00000601816 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa46.49■■■■■ 5.03
PNKP-216ENST00000601816 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP46.48■■■■■ 5.035e-6■■■□□ 16.9
PNKP-216ENST00000601816 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP46.3■■■■■ 5
PNKP-216ENST00000601816 WDR97A6NE52 1622 aa46.25■■■■■ 4.99
PNKP-216ENST00000601816 TRIM41Q8WV44 630 aa46.19■■■■■ 4.98
PNKP-216ENST00000601816 CHD1O14646 1710 aa46.14■■■■■ 4.98
PNKP-216ENST00000601816 FBLN2P98095 1184 aa46.08■■■■■ 4.97
PNKP-216ENST00000601816 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa46.06■■■■■ 4.96
PNKP-216ENST00000601816 GRIN2BQ13224 1484 aa46.03■■■■■ 4.96
PNKP-216ENST00000601816 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP46.01■■■■■ 4.96
PNKP-216ENST00000601816 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa45.99■■■■■ 4.95
PNKP-216ENST00000601816 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP45.97■■■■■ 4.95
PNKP-216ENST00000601816 TOP2BQ02880 1626 aa45.95■■■■■ 4.95
PNKP-216ENST00000601816 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa45.95■■■■■ 4.95
PNKP-216ENST00000601816 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa45.95■■■■■ 4.95
PNKP-216ENST00000601816 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa45.95■■■■■ 4.95
PNKP-216ENST00000601816 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa45.95■■■■■ 4.95
PNKP-216ENST00000601816 GAPVD1Q14C86 1478 aa45.93■■■■■ 4.94
PNKP-216ENST00000601816 SYNJ1O43426 1573 aa45.92■■■■■ 4.94
PNKP-216ENST00000601816 ARHGEF11O15085 1522 aa45.88■■■■■ 4.94
PNKP-216ENST00000601816 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa45.87■■■■■ 4.93
PNKP-216ENST00000601816 PBRM1Q86U86 1689 aa45.86■■■■■ 4.93
PNKP-216ENST00000601816 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP45.85■■■■■ 4.93
PNKP-216ENST00000601816 SYNJ2O15056 1496 aa45.8■■■■■ 4.92
PNKP-216ENST00000601816 CLASP1Q7Z460 1538 aa45.64■■■■■ 4.9
PNKP-216ENST00000601816 CYB5RLQ6IPT4 315 aa45.5■■■■■ 4.87
PNKP-216ENST00000601816 ADAMTS12P58397 1594 aa45.49■■■■■ 4.87
PNKP-216ENST00000601816 ARAP1Q96P48 1450 aa45.47■■■■■ 4.87
PNKP-216ENST00000601816 GRIN2AQ12879 1464 aa45.43■■■■■ 4.86
PNKP-216ENST00000601816 ERICH3Q5RHP9 1530 aa45.43■■■■■ 4.86
PNKP-216ENST00000601816 FHAD1B1AJZ9 1412 aa45.39■■■■■ 4.86
PNKP-216ENST00000601816 NUP160Q12769 1436 aa45.25■■■■■ 4.83
PNKP-216ENST00000601816 CEP170Q5SW79 1584 aa45.22■■■■■ 4.83
PNKP-216ENST00000601816 KIF27Q86VH2 1401 aa45.1■■■■■ 4.81
PNKP-216ENST00000601816 IGF1RP08069 1367 aa44.97■■■■■ 4.79
PNKP-216ENST00000601816 SHROOM2Q13796 1616 aa44.96■■■■■ 4.79
PNKP-216ENST00000601816 ERCC6L2Q5T890 1561 aa44.95■■■■■ 4.79
PNKP-216ENST00000601816 CUL7Q14999 1698 aa44.9■■■■■ 4.78
PNKP-216ENST00000601816 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa44.83■■■■■ 4.77
PNKP-216ENST00000601816 TRHP20396 242 aaPredicted RBP44.81■■■■■ 4.76
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