RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592535.5

APOC1-208, Transcript of apolipoprotein C1, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene APOC1, Length 430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
APOC1-208ENST00000592535 NISCHQ9Y2I1 1504 aa34.31■■■■□ 3.08
APOC1-208ENST00000592535 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa30.67■■■□□ 2.5
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APOC1-208ENST00000592535 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa29■■■□□ 2.23
APOC1-208ENST00000592535 NACADO15069 1562 aa28.88■■■□□ 2.21
APOC1-208ENST00000592535 DCAF8L2P0C7V8 631 aa28.78■■■□□ 2.2
APOC1-208ENST00000592535 MYO15BQ96JP2 1530 aa28.58■■■□□ 2.17
APOC1-208ENST00000592535 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP28.53■■■□□ 2.16
APOC1-208ENST00000592535 UNC13AQ9UPW8 1703 aa28.43■■■□□ 2.14
APOC1-208ENST00000592535 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa28.36■■■□□ 2.13
APOC1-208ENST00000592535 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP28.25■■■□□ 2.11
APOC1-208ENST00000592535 BICRAQ9NZM4 1560 aa28.16■■■□□ 2.1
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APOC1-208ENST00000592535 SCRIBQ14160 1630 aa27.98■■■□□ 2.07
APOC1-208ENST00000592535 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa27.77■■■□□ 2.04
APOC1-208ENST00000592535 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP27.43■■□□□ 1.98
APOC1-208ENST00000592535 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa27.41■■□□□ 1.98
APOC1-208ENST00000592535 CECR2Q9BXF3 1484 aa27.24■■□□□ 1.95
APOC1-208ENST00000592535 SMARCA4P51532 1647 aa26.72■■□□□ 1.87
APOC1-208ENST00000592535 NCAPD3P42695 1498 aa26.63■■□□□ 1.85
APOC1-208ENST00000592535 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa26.62■■□□□ 1.85
APOC1-208ENST00000592535 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP26.62■■□□□ 1.85
APOC1-208ENST00000592535 SMARCA2P51531 1590 aa26.57■■□□□ 1.84
APOC1-208ENST00000592535 HMGXB3Q12766 1538 aa26.49■■□□□ 1.83
APOC1-208ENST00000592535 MROH2BQ7Z745 1585 aa26.46■■□□□ 1.83
APOC1-208ENST00000592535 PEG3Q9GZU2 1588 aa26.44■■□□□ 1.82
APOC1-208ENST00000592535 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP26.39■■□□□ 1.82
APOC1-208ENST00000592535 WIZO95785 1651 aa26.19■■□□□ 1.78
APOC1-208ENST00000592535 NESP48681 1621 aa26.14■■□□□ 1.78
APOC1-208ENST00000592535 ERCC6Q03468 1493 aa26.11■■□□□ 1.77
APOC1-208ENST00000592535 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP26.02■■□□□ 1.76
APOC1-208ENST00000592535 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa26.01■■□□□ 1.75
APOC1-208ENST00000592535 CUX2O14529 1486 aa25.94■■□□□ 1.74
APOC1-208ENST00000592535 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa25.87■■□□□ 1.73
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APOC1-208ENST00000592535 CADPSQ9ULU8 1353 aa25.83■■□□□ 1.73
APOC1-208ENST00000592535 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP25.82■■□□□ 1.72
APOC1-208ENST00000592535 PDS5BQ9NTI5 1447 aa25.8■■□□□ 1.72
APOC1-208ENST00000592535 CFTRP13569 1480 aa25.63■■□□□ 1.69
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APOC1-208ENST00000592535 FANCD2Q9BXW9 1451 aa25.57■■□□□ 1.68
APOC1-208ENST00000592535 CEP164Q9UPV0 1460 aa25.56■■□□□ 1.68
APOC1-208ENST00000592535 CCDC88BA6NC98 1476 aa25.54■■□□□ 1.68
APOC1-208ENST00000592535 WDR62O43379 1518 aa25.53■■□□□ 1.68
APOC1-208ENST00000592535 PRDM2Q13029 1718 aa25.5■■□□□ 1.67
APOC1-208ENST00000592535 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa25.49■■□□□ 1.67
APOC1-208ENST00000592535 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP25.36■■□□□ 1.65
APOC1-208ENST00000592535 TOPBP1Q92547 1522 aa25.13■■□□□ 1.61
APOC1-208ENST00000592535 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
APOC1-208ENST00000592535 DNMBPQ6XZF7 1577 aa25.08■■□□□ 1.61
APOC1-208ENST00000592535 ABCC8Q09428 1581 aa25.07■■□□□ 1.6
APOC1-208ENST00000592535 IFT140Q96RY7 1462 aa25.03■■□□□ 1.6
APOC1-208ENST00000592535 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP24.98■■□□□ 1.59
APOC1-208ENST00000592535 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP24.9■■□□□ 1.58
APOC1-208ENST00000592535 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP24.89■■□□□ 1.58
APOC1-208ENST00000592535 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP24.88■■□□□ 1.57
APOC1-208ENST00000592535 CUX1P39880 1505 aa24.84■■□□□ 1.57
APOC1-208ENST00000592535 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa24.81■■□□□ 1.56
APOC1-208ENST00000592535 FGD5Q6ZNL6 1462 aa24.8■■□□□ 1.56
APOC1-208ENST00000592535 OSCARQ8IYS5 282 aa24.79■■□□□ 1.56
APOC1-208ENST00000592535 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP24.78■■□□□ 1.568e-8■■■■■ 40.2
APOC1-208ENST00000592535 SOGA1O94964 1423 aa24.77■■□□□ 1.56
APOC1-208ENST00000592535 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP24.67■■□□□ 1.54
APOC1-208ENST00000592535 CHD1O14646 1710 aa24.66■■□□□ 1.54
APOC1-208ENST00000592535 WDR97A6NE52 1622 aa24.65■■□□□ 1.54
APOC1-208ENST00000592535 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa24.57■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa24.56■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 TRIM41Q8WV44 630 aa24.55■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 SYNJ1O43426 1573 aa24.54■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 TOP2BQ02880 1626 aa24.54■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP24.54■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa24.53■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 GRIN2BQ13224 1484 aa24.52■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 FBLN2P98095 1184 aa24.52■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 PBRM1Q86U86 1689 aa24.52■■□□□ 1.52
APOC1-208ENST00000592535 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa24.5■■□□□ 1.51
APOC1-208ENST00000592535 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa24.5■■□□□ 1.51
APOC1-208ENST00000592535 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa24.5■■□□□ 1.51
APOC1-208ENST00000592535 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa24.5■■□□□ 1.51
APOC1-208ENST00000592535 GAPVD1Q14C86 1478 aa24.49■■□□□ 1.51
APOC1-208ENST00000592535 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP24.49■■□□□ 1.51
APOC1-208ENST00000592535 ARHGEF11O15085 1522 aa24.44■■□□□ 1.5
APOC1-208ENST00000592535 SYNJ2O15056 1496 aa24.4■■□□□ 1.5
APOC1-208ENST00000592535 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP24.4■■□□□ 1.5
APOC1-208ENST00000592535 CLASP1Q7Z460 1538 aa24.34■■□□□ 1.49
APOC1-208ENST00000592535 ADAMTS12P58397 1594 aa24.28■■□□□ 1.48
APOC1-208ENST00000592535 ERICH3Q5RHP9 1530 aa24.23■■□□□ 1.47
APOC1-208ENST00000592535 GRIN2AQ12879 1464 aa24.22■■□□□ 1.47
APOC1-208ENST00000592535 ARAP1Q96P48 1450 aa24.22■■□□□ 1.47
APOC1-208ENST00000592535 CYB5RLQ6IPT4 315 aa24.2■■□□□ 1.46
APOC1-208ENST00000592535 FHAD1B1AJZ9 1412 aa24.18■■□□□ 1.46
APOC1-208ENST00000592535 CEP170Q5SW79 1584 aa24.14■■□□□ 1.45
APOC1-208ENST00000592535 NUP160Q12769 1436 aa24.11■■□□□ 1.45
APOC1-208ENST00000592535 KIF27Q86VH2 1401 aa24.04■■□□□ 1.44
APOC1-208ENST00000592535 ERCC6L2Q5T890 1561 aa24■■□□□ 1.43
APOC1-208ENST00000592535 SHROOM2Q13796 1616 aa24■■□□□ 1.43
APOC1-208ENST00000592535 IGF1RP08069 1367 aa23.98■■□□□ 1.43
APOC1-208ENST00000592535 CUL7Q14999 1698 aa23.97■■□□□ 1.43
APOC1-208ENST00000592535 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa23.93■■□□□ 1.42
APOC1-208ENST00000592535 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP23.85■■□□□ 1.41
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