RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000575783.5

CTDNEP1-211, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, humanhuman

TSL 5

Gene CTDNEP1, Length 876 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDNEP1-211ENST00000575783 NISCHQ9Y2I1 1504 aa41.48■■■■■ 4.23
CTDNEP1-211ENST00000575783 ABCC9O60706 1549 aa38.27■■■■□ 3.72
CTDNEP1-211ENST00000575783 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa37.34■■■■□ 3.57
CTDNEP1-211ENST00000575783 DNAJC5BQ9UF47 199 aa36.58■■■■□ 3.45
CTDNEP1-211ENST00000575783 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa35.99■■■■□ 3.35
CTDNEP1-211ENST00000575783 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP35.64■■■■□ 3.3
CTDNEP1-211ENST00000575783 DCAF8L2P0C7V8 631 aa35.62■■■■□ 3.29
CTDNEP1-211ENST00000575783 NACADO15069 1562 aa35.57■■■■□ 3.28
CTDNEP1-211ENST00000575783 UNC13AQ9UPW8 1703 aa35.03■■■■□ 3.2
CTDNEP1-211ENST00000575783 BICRAQ9NZM4 1560 aa34.96■■■■□ 3.19
CTDNEP1-211ENST00000575783 MYO15BQ96JP2 1530 aa34.81■■■■□ 3.16
CTDNEP1-211ENST00000575783 CECR2Q9BXF3 1484 aa34.52■■■■□ 3.12
CTDNEP1-211ENST00000575783 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa34.42■■■■□ 3.1
CTDNEP1-211ENST00000575783 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa34.35■■■■□ 3.09
CTDNEP1-211ENST00000575783 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP34.19■■■■□ 3.06
CTDNEP1-211ENST00000575783 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP34.18■■■■□ 3.06
CTDNEP1-211ENST00000575783 SCRIBQ14160 1630 aa34.15■■■■□ 3.06
CTDNEP1-211ENST00000575783 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa34.13■■■■□ 3.05
CTDNEP1-211ENST00000575783 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa34.05■■■■□ 3.04
CTDNEP1-211ENST00000575783 CUX2O14529 1486 aa33.15■■■□□ 2.9
CTDNEP1-211ENST00000575783 ERCC6Q03468 1493 aa33.09■■■□□ 2.89
CTDNEP1-211ENST00000575783 NCAPD3P42695 1498 aa32.91■■■□□ 2.86
CTDNEP1-211ENST00000575783 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa32.74■■■□□ 2.83
CTDNEP1-211ENST00000575783 NESP48681 1621 aa32.66■■■□□ 2.82
CTDNEP1-211ENST00000575783 SMARCA2P51531 1590 aa32.54■■■□□ 2.8
CTDNEP1-211ENST00000575783 HMGXB3Q12766 1538 aa32.51■■■□□ 2.8
CTDNEP1-211ENST00000575783 SMARCA4P51532 1647 aa32.44■■■□□ 2.78
CTDNEP1-211ENST00000575783 TRIM41Q8WV44 630 aa32.39■■■□□ 2.78
CTDNEP1-211ENST00000575783 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP32.38■■■□□ 2.77
CTDNEP1-211ENST00000575783 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP32.31■■■□□ 2.76
CTDNEP1-211ENST00000575783 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP32.21■■■□□ 2.75
CTDNEP1-211ENST00000575783 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa32.2■■■□□ 2.75
CTDNEP1-211ENST00000575783 PDS5BQ9NTI5 1447 aa32.16■■■□□ 2.74
CTDNEP1-211ENST00000575783 PEG3Q9GZU2 1588 aa32.09■■■□□ 2.73
CTDNEP1-211ENST00000575783 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa32.06■■■□□ 2.72
CTDNEP1-211ENST00000575783 MROH2BQ7Z745 1585 aa31.98■■■□□ 2.71
CTDNEP1-211ENST00000575783 CADPSQ9ULU8 1353 aa31.94■■■□□ 2.7
CTDNEP1-211ENST00000575783 MRC2Q9UBG0 1479 aa31.88■■■□□ 2.69
CTDNEP1-211ENST00000575783 WDR62O43379 1518 aa31.76■■■□□ 2.68
CTDNEP1-211ENST00000575783 OSCARQ8IYS5 282 aa31.7■■■□□ 2.67
CTDNEP1-211ENST00000575783 CEP164Q9UPV0 1460 aa31.62■■■□□ 2.65
CTDNEP1-211ENST00000575783 FANCD2Q9BXW9 1451 aa31.55■■■□□ 2.64
CTDNEP1-211ENST00000575783 WIZO95785 1651 aa31.51■■■□□ 2.64
CTDNEP1-211ENST00000575783 CFTRP13569 1480 aa31.38■■■□□ 2.61
CTDNEP1-211ENST00000575783 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP31.31■■■□□ 2.6
CTDNEP1-211ENST00000575783 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa31.18■■■□□ 2.58
CTDNEP1-211ENST00000575783 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa31.18■■■□□ 2.58
CTDNEP1-211ENST00000575783 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa31.18■■■□□ 2.58
CTDNEP1-211ENST00000575783 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP31.11■■■□□ 2.57
CTDNEP1-211ENST00000575783 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP31.08■■■□□ 2.57
CTDNEP1-211ENST00000575783 CYB5RLQ6IPT4 315 aa31.06■■■□□ 2.56
CTDNEP1-211ENST00000575783 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP31.06■■■□□ 2.56
CTDNEP1-211ENST00000575783 ARHGEF11O15085 1522 aa31.05■■■□□ 2.56
CTDNEP1-211ENST00000575783 IFT140Q96RY7 1462 aa31.02■■■□□ 2.56
CTDNEP1-211ENST00000575783 TRHP20396 242 aaPredicted RBP30.96■■■□□ 2.55
CTDNEP1-211ENST00000575783 TOPBP1Q92547 1522 aa30.85■■■□□ 2.53
CTDNEP1-211ENST00000575783 FBLN2P98095 1184 aa30.82■■■□□ 2.52
CTDNEP1-211ENST00000575783 CCDC88BA6NC98 1476 aa30.81■■■□□ 2.52
CTDNEP1-211ENST00000575783 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP30.76■■■□□ 2.512e-6■■■■■ 28.6
CTDNEP1-211ENST00000575783 PRDM2Q13029 1718 aa30.76■■■□□ 2.51
CTDNEP1-211ENST00000575783 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP30.75■■■□□ 2.51
CTDNEP1-211ENST00000575783 ABCC8Q09428 1581 aa30.72■■■□□ 2.51
CTDNEP1-211ENST00000575783 ARAP1Q96P48 1450 aa30.71■■■□□ 2.51
CTDNEP1-211ENST00000575783 DNMBPQ6XZF7 1577 aa30.62■■■□□ 2.49
CTDNEP1-211ENST00000575783 CHD1O14646 1710 aa30.61■■■□□ 2.49
CTDNEP1-211ENST00000575783 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP30.56■■■□□ 2.48
CTDNEP1-211ENST00000575783 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP30.55■■■□□ 2.48
CTDNEP1-211ENST00000575783 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP30.5■■■□□ 2.47
CTDNEP1-211ENST00000575783 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP30.5■■■□□ 2.47
CTDNEP1-211ENST00000575783 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa30.47■■■□□ 2.47
CTDNEP1-211ENST00000575783 SOGA1O94964 1423 aa30.43■■■□□ 2.46
CTDNEP1-211ENST00000575783 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP30.43■■■□□ 2.46
CTDNEP1-211ENST00000575783 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa30.36■■■□□ 2.45
CTDNEP1-211ENST00000575783 CLASP1Q7Z460 1538 aa30.29■■■□□ 2.44
CTDNEP1-211ENST00000575783 SYNJ1O43426 1573 aa30.24■■■□□ 2.43
CTDNEP1-211ENST00000575783 FGD5Q6ZNL6 1462 aa30.22■■■□□ 2.43
CTDNEP1-211ENST00000575783 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP30.2■■■□□ 2.43
CTDNEP1-211ENST00000575783 GRIN2BQ13224 1484 aa30.18■■■□□ 2.42
CTDNEP1-211ENST00000575783 SYNJ2O15056 1496 aa30.14■■■□□ 2.42
CTDNEP1-211ENST00000575783 GAPVD1Q14C86 1478 aa30.12■■■□□ 2.41
CTDNEP1-211ENST00000575783 WDR97A6NE52 1622 aa30.12■■■□□ 2.41
CTDNEP1-211ENST00000575783 CUX1P39880 1505 aa30.06■■■□□ 2.4
CTDNEP1-211ENST00000575783 PBRM1Q86U86 1689 aa29.85■■■□□ 2.37
CTDNEP1-211ENST00000575783 ERCC6L2Q5T890 1561 aa29.85■■■□□ 2.37
CTDNEP1-211ENST00000575783 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa29.81■■■□□ 2.36
CTDNEP1-211ENST00000575783 GRIN2AQ12879 1464 aa29.77■■■□□ 2.36
CTDNEP1-211ENST00000575783 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa29.74■■■□□ 2.35
CTDNEP1-211ENST00000575783 CEP170Q5SW79 1584 aa29.71■■■□□ 2.35
CTDNEP1-211ENST00000575783 NUP160Q12769 1436 aa29.69■■■□□ 2.34
CTDNEP1-211ENST00000575783 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP29.63■■■□□ 2.33
CTDNEP1-211ENST00000575783 ADAMTS12P58397 1594 aa29.6■■■□□ 2.33
CTDNEP1-211ENST00000575783 FHAD1B1AJZ9 1412 aa29.59■■■□□ 2.33
CTDNEP1-211ENST00000575783 FAM69CQ0P6D2 419 aa29.56■■■□□ 2.32
CTDNEP1-211ENST00000575783 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP29.54■■■□□ 2.32
CTDNEP1-211ENST00000575783 SHROOM2Q13796 1616 aa29.53■■■□□ 2.32
CTDNEP1-211ENST00000575783 JPH4Q96JJ6 628 aa29.53■■■□□ 2.32
CTDNEP1-211ENST00000575783 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP29.49■■■□□ 2.31
CTDNEP1-211ENST00000575783 KIF13AQ9H1H9 1805 aa29.48■■■□□ 2.31
CTDNEP1-211ENST00000575783 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP29.43■■■□□ 2.3
CTDNEP1-211ENST00000575783 ABCC10Q5T3U5 1492 aa29.4■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.2 ms