RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000531551.5

CTSB-222, Transcript of cathepsin B, human

TSL 1 (best)

Gene CTSB, Length 1,855 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTSB-222	ENST00000531551	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		41.42	■■■■■ 4.22
CTSB-222	ENST00000531551	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		36.42	■■■■□ 3.42
CTSB-222	ENST00000531551	ABCC9	O60706	1549 aa		35.25	■■■■□ 3.23
CTSB-222	ENST00000531551	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		34.65	■■■■□ 3.14
CTSB-222	ENST00000531551	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	34.63	■■■■□ 3.13
CTSB-222	ENST00000531551	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		34.21	■■■■□ 3.07
CTSB-222	ENST00000531551	NACAD	O15069	1562 aa		34.15	■■■■□ 3.06
CTSB-222	ENST00000531551	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		34.09	■■■■□ 3.05
CTSB-222	ENST00000531551	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		34.06	■■■■□ 3.04
CTSB-222	ENST00000531551	SCRIB	Q14160	1630 aa		33.46	■■■□□ 2.95
CTSB-222	ENST00000531551	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		33.36	■■■□□ 2.93
CTSB-222	ENST00000531551	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		33.23	■■■□□ 2.91
CTSB-222	ENST00000531551	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	33.14	■■■□□ 2.9
CTSB-222	ENST00000531551	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		32.99	■■■□□ 2.87
CTSB-222	ENST00000531551	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		32.26	■■■□□ 2.76
CTSB-222	ENST00000531551	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
CTSB-222	ENST00000531551	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	32.05	■■■□□ 2.72
CTSB-222	ENST00000531551	SMARCA4	P51532	1647 aa		31.99	■■■□□ 2.71
CTSB-222	ENST00000531551	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		31.98	■■■□□ 2.71
CTSB-222	ENST00000531551	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	31.86	■■■□□ 2.69
CTSB-222	ENST00000531551	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		31.82	■■■□□ 2.68
CTSB-222	ENST00000531551	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		31.78	■■■□□ 2.68
CTSB-222	ENST00000531551	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	31.74	■■■□□ 2.67
CTSB-222	ENST00000531551	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		31.69	■■■□□ 2.66
CTSB-222	ENST00000531551	WIZ	O95785	1651 aa		31.66	■■■□□ 2.66
CTSB-222	ENST00000531551	SMARCA2	P51531	1590 aa		31.64	■■■□□ 2.66
CTSB-222	ENST00000531551	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		31.6	■■■□□ 2.65
CTSB-222	ENST00000531551	NCAPD3	P42695	1498 aa		31.54	■■■□□ 2.64
CTSB-222	ENST00000531551	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	31.49	■■■□□ 2.63
CTSB-222	ENST00000531551	HMGXB3	Q12766	1538 aa		31.4	■■■□□ 2.62
CTSB-222	ENST00000531551	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	31.32	■■■□□ 2.6
CTSB-222	ENST00000531551	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		31.01	■■■□□ 2.56
CTSB-222	ENST00000531551	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		30.71	■■■□□ 2.51
CTSB-222	ENST00000531551	NES	P48681	1621 aa		30.67	■■■□□ 2.5
CTSB-222	ENST00000531551	CFTR	P13569	1480 aa		30.62	■■■□□ 2.49
CTSB-222	ENST00000531551	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		30.58	■■■□□ 2.49
CTSB-222	ENST00000531551	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		30.43	■■■□□ 2.46
CTSB-222	ENST00000531551	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		30.37	■■■□□ 2.45
CTSB-222	ENST00000531551	ERCC6	Q03468	1493 aa		30.34	■■■□□ 2.45
CTSB-222	ENST00000531551	PRDM2	Q13029	1718 aa		30.31	■■■□□ 2.44
CTSB-222	ENST00000531551	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		30.25	■■■□□ 2.43
CTSB-222	ENST00000531551	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		30.24	■■■□□ 2.43
CTSB-222	ENST00000531551	ABCC8	Q09428	1581 aa		30.11	■■■□□ 2.41
CTSB-222	ENST00000531551	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		30.05	■■■□□ 2.4
CTSB-222	ENST00000531551	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	30.04	■■■□□ 2.4
CTSB-222	ENST00000531551	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	30	■■■□□ 2.39
CTSB-222	ENST00000531551	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	29.95	■■■□□ 2.39
CTSB-222	ENST00000531551	CUX1	P39880	1505 aa		29.94	■■■□□ 2.38
CTSB-222	ENST00000531551	TOPBP1	Q92547	1522 aa		29.93	■■■□□ 2.38
CTSB-222	ENST00000531551	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		29.92	■■■□□ 2.38
CTSB-222	ENST00000531551	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		29.91	■■■□□ 2.38
CTSB-222	ENST00000531551	TRIM41	Q8WV44	630 aa		29.9	■■■□□ 2.38
CTSB-222	ENST00000531551	WDR62	O43379	1518 aa		29.89	■■■□□ 2.38
CTSB-222	ENST00000531551	SYNJ1	O43426	1573 aa		29.89	■■■□□ 2.38
CTSB-222	ENST00000531551	TOP2B	Q02880	1626 aa		29.82	■■■□□ 2.36
CTSB-222	ENST00000531551	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		29.78	■■■□□ 2.36
CTSB-222	ENST00000531551	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		29.77	■■■□□ 2.36
CTSB-222	ENST00000531551	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	29.73	■■■□□ 2.35
CTSB-222	ENST00000531551	SOGA1	O94964	1423 aa		29.67	■■■□□ 2.34
CTSB-222	ENST00000531551	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		29.65	■■■□□ 2.34
CTSB-222	ENST00000531551	CUX2	O14529	1486 aa		29.65	■■■□□ 2.34
CTSB-222	ENST00000531551	IFT140	Q96RY7	1462 aa		29.57	■■■□□ 2.32
CTSB-222	ENST00000531551	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	29.5	■■■□□ 2.31
CTSB-222	ENST00000531551	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		29.46	■■■□□ 2.31
CTSB-222	ENST00000531551	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	29.46	■■■□□ 2.31
CTSB-222	ENST00000531551	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	29.43	■■■□□ 2.3
CTSB-222	ENST00000531551	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	29.38	■■■□□ 2.29	3e-7	■■■■■ 33.7
CTSB-222	ENST00000531551	WDR97	A6NE52	1622 aa		29.37	■■■□□ 2.29
CTSB-222	ENST00000531551	KIF27	Q86VH2	1401 aa		29.36	■■■□□ 2.29
CTSB-222	ENST00000531551	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	29.36	■■■□□ 2.29
CTSB-222	ENST00000531551	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		29.34	■■■□□ 2.29
CTSB-222	ENST00000531551	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		29.31	■■■□□ 2.28
CTSB-222	ENST00000531551	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	29.29	■■■□□ 2.28
CTSB-222	ENST00000531551	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		29.25	■■■□□ 2.27
CTSB-222	ENST00000531551	GRIN2B	Q13224	1484 aa		29.19	■■■□□ 2.26
CTSB-222	ENST00000531551	EEA1	Q15075	1411 aa		29.17	■■■□□ 2.26
CTSB-222	ENST00000531551	IGF1R	P08069	1367 aa		29.16	■■■□□ 2.26
CTSB-222	ENST00000531551	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		29.15	■■■□□ 2.26
CTSB-222	ENST00000531551	PBRM1	Q86U86	1689 aa		29.12	■■■□□ 2.25
CTSB-222	ENST00000531551	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		29.11	■■■□□ 2.25
CTSB-222	ENST00000531551	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		29.1	■■■□□ 2.25
CTSB-222	ENST00000531551	FBLN2	P98095	1184 aa		29.03	■■■□□ 2.24
CTSB-222	ENST00000531551	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		29.02	■■■□□ 2.24
CTSB-222	ENST00000531551	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	29.01	■■■□□ 2.24
CTSB-222	ENST00000531551	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CTSB-222	ENST00000531551	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	28.98	■■■□□ 2.23
CTSB-222	ENST00000531551	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CTSB-222	ENST00000531551	CUL7	Q14999	1698 aa		28.95	■■■□□ 2.22
CTSB-222	ENST00000531551	ADAMTS12	P58397	1594 aa		28.95	■■■□□ 2.22
CTSB-222	ENST00000531551	SYNJ2	O15056	1496 aa		28.92	■■■□□ 2.22
CTSB-222	ENST00000531551	PRX	Q9BXM0	1461 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CTSB-222	ENST00000531551	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		28.89	■■■□□ 2.22
CTSB-222	ENST00000531551	GRIN2A	Q12879	1464 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CTSB-222	ENST00000531551	KIF21B	O75037	1637 aa		28.8	■■■□□ 2.2
CTSB-222	ENST00000531551	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CTSB-222	ENST00000531551	CHD1	O14646	1710 aa		28.76	■■■□□ 2.2
CTSB-222	ENST00000531551	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	28.76	■■■□□ 2.2
CTSB-222	ENST00000531551	GOLGA3	Q08378	1498 aa		28.76	■■■□□ 2.19
CTSB-222	ENST00000531551	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		28.67	■■■□□ 2.18
CTSB-222	ENST00000531551	CEP170	Q5SW79	1584 aa		28.64	■■■□□ 2.17

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