RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000530579.6

NEDD8-MDP1-201, Transcript of NEDD8-MDP1 readthrough, humanhuman

TSL 2

Gene NEDD8-MDP1, Length 471 nt, Biotype nonsense mediated decay.

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 NISCHQ9Y2I1 1504 aa19.66■□□□□ 0.74
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa17.2■□□□□ 0.34
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ABCC9O60706 1549 aa16.63■□□□□ 0.25
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 DCAF8L2P0C7V8 631 aa16.51■□□□□ 0.23
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP16.43■□□□□ 0.22
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa16.23■□□□□ 0.19
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 NACADO15069 1562 aa16.15■□□□□ 0.18
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 MYO15BQ96JP2 1530 aa16.14■□□□□ 0.17
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa16.09■□□□□ 0.17
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa15.94■□□□□ 0.14
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 SCRIBQ14160 1630 aa15.83■□□□□ 0.13
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP15.69■□□□□ 0.1
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 UNC13AQ9UPW8 1703 aa15.59■□□□□ 0.09
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 BICRAQ9NZM4 1560 aa15.55■□□□□ 0.08
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CECR2Q9BXF3 1484 aa15.32■□□□□ 0.04
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP15.24■□□□□ 0.03
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP15.2■□□□□ 0.02
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 MROH2BQ7Z745 1585 aa15.18■□□□□ 0.02
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 SMARCA4P51532 1647 aa15.14■□□□□ 0.01
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP15.13■□□□□ 0.01
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 WIZO95785 1651 aa15.01□□□□□ -0.01
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa15.01□□□□□ -0.01
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 SMARCA2P51531 1590 aa14.98□□□□□ -0.01
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa14.98□□□□□ -0.01
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 PEG3Q9GZU2 1588 aa14.94□□□□□ -0.02
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 DNAJC5BQ9UF47 199 aa14.94□□□□□ -0.02
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 NCAPD3P42695 1498 aa14.94□□□□□ -0.02
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP14.92□□□□□ -0.02
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP14.87□□□□□ -0.03
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 HMGXB3Q12766 1538 aa14.84□□□□□ -0.03
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CCDC88BA6NC98 1476 aa14.76□□□□□ -0.05
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CADPSQ9ULU8 1353 aa14.57□□□□□ -0.08
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CFTRP13569 1480 aa14.51□□□□□ -0.09
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 NESP48681 1621 aa14.48□□□□□ -0.09
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa14.43□□□□□ -0.1
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 PDS5BQ9NTI5 1447 aa14.41□□□□□ -0.1
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CHIC1Q5VXU3 224 aa14.4□□□□□ -0.1
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 FANCD2Q9BXW9 1451 aa14.38□□□□□ -0.11
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 TRIM41Q8WV44 630 aa14.36□□□□□ -0.11
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ERCC6Q03468 1493 aa14.31□□□□□ -0.12
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CEP164Q9UPV0 1460 aa14.31□□□□□ -0.12
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ABCC8Q09428 1581 aa14.31□□□□□ -0.12
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP14.31□□□□□ -0.12
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 PRDM2Q13029 1718 aa14.27□□□□□ -0.13
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa14.22□□□□□ -0.13
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CUX1P39880 1505 aa14.2□□□□□ -0.14
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 MRC2Q9UBG0 1479 aa14.2□□□□□ -0.14
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 SYNJ1O43426 1573 aa14.19□□□□□ -0.14
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP14.19□□□□□ -0.14
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 TOPBP1Q92547 1522 aa14.17□□□□□ -0.14
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 DNMBPQ6XZF7 1577 aa14.16□□□□□ -0.14
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 TOP2BQ02880 1626 aa14.15□□□□□ -0.14
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 FGD5Q6ZNL6 1462 aa14.12□□□□□ -0.15
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa14.12□□□□□ -0.15
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP14.1□□□□□ -0.15
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 WDR62O43379 1518 aa14.1□□□□□ -0.15
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 SOGA1O94964 1423 aa14.09□□□□□ -0.15
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP14.08□□□□□ -0.16
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP14.07□□□□□ -0.16
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa14.06□□□□□ -0.16
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CUX2O14529 1486 aa14.01□□□□□ -0.17
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 IFT140Q96RY7 1462 aa13.99□□□□□ -0.17
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 KIF27Q86VH2 1401 aa13.99□□□□□ -0.17
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa13.99□□□□□ -0.17
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP13.98□□□□□ -0.17
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CSRNP3Q8WYN3 585 aa13.98□□□□□ -0.17
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa13.97□□□□□ -0.17
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 EEA1Q15075 1411 aa13.96□□□□□ -0.18
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP13.93□□□□□ -0.18
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP13.93□□□□□ -0.188e-8■■□□□ 11.9
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 EHMT2Q96KQ7 1210 aa13.92□□□□□ -0.18
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP13.91□□□□□ -0.18
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 GAPVD1Q14C86 1478 aa13.9□□□□□ -0.18
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 IGF1RP08069 1367 aa13.89□□□□□ -0.19
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa13.87□□□□□ -0.19
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 WDR97A6NE52 1622 aa13.86□□□□□ -0.19
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 GRIN2BQ13224 1484 aa13.84□□□□□ -0.19
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa13.83□□□□□ -0.19
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa13.82□□□□□ -0.2
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 UBTFP17480 764 aaKnown RBP13.81□□□□□ -0.2
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP13.8□□□□□ -0.2
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ERICH3Q5RHP9 1530 aa13.8□□□□□ -0.2
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 FBLN2P98095 1184 aa13.79□□□□□ -0.2
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 PRXQ9BXM0 1461 aa13.78□□□□□ -0.2
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP13.77□□□□□ -0.21
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa13.76□□□□□ -0.21
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa13.76□□□□□ -0.21
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 GOLGA3Q08378 1498 aa13.75□□□□□ -0.21
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 FHAD1B1AJZ9 1412 aa13.75□□□□□ -0.21
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 PBRM1Q86U86 1689 aa13.73□□□□□ -0.21
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP13.73□□□□□ -0.21
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 KIF21BO75037 1637 aa13.72□□□□□ -0.21
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 CUL7Q14999 1698 aa13.72□□□□□ -0.21
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 SYNJ2O15056 1496 aa13.69□□□□□ -0.22
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 ADAMTS12P58397 1594 aa13.68□□□□□ -0.22
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP13.68□□□□□ -0.22
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 TNIKQ9UKE5 1360 aa13.67□□□□□ -0.22
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 GRIN2AQ12879 1464 aa13.64□□□□□ -0.23
NEDD8-MDP1-201ENST00000530579 OSCARQ8IYS5 282 aa13.56□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15.9 ms