RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000493601.5

PTPRU-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type U, humanhuman

TSL 5

Gene PTPRU, Length 695 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRU-208ENST00000493601 NISCHQ9Y2I1 1504 aa41.58■■■■■ 4.25
PTPRU-208ENST00000493601 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa37.36■■■■□ 3.57
PTPRU-208ENST00000493601 ABCC9O60706 1549 aa37.1■■■■□ 3.53
PTPRU-208ENST00000493601 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa35.47■■■■□ 3.27
PTPRU-208ENST00000493601 NACADO15069 1562 aa35.24■■■■□ 3.23
PTPRU-208ENST00000493601 DCAF8L2P0C7V8 631 aa34.91■■■■□ 3.18
PTPRU-208ENST00000493601 MYO15BQ96JP2 1530 aa34.81■■■■□ 3.16
PTPRU-208ENST00000493601 UNC13AQ9UPW8 1703 aa34.67■■■■□ 3.14
PTPRU-208ENST00000493601 DNAJC5BQ9UF47 199 aa34.58■■■■□ 3.13
PTPRU-208ENST00000493601 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP34.51■■■■□ 3.11
PTPRU-208ENST00000493601 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP34.49■■■■□ 3.11
PTPRU-208ENST00000493601 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa34.4■■■■□ 3.1
PTPRU-208ENST00000493601 BICRAQ9NZM4 1560 aa34.37■■■■□ 3.09
PTPRU-208ENST00000493601 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa34.02■■■■□ 3.04
PTPRU-208ENST00000493601 SCRIBQ14160 1630 aa33.98■■■■□ 3.03
PTPRU-208ENST00000493601 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa33.57■■■□□ 2.97
PTPRU-208ENST00000493601 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP33.54■■■□□ 2.96
PTPRU-208ENST00000493601 CECR2Q9BXF3 1484 aa33.44■■■□□ 2.94
PTPRU-208ENST00000493601 NCAPD3P42695 1498 aa32.48■■■□□ 2.79
PTPRU-208ENST00000493601 SMARCA4P51532 1647 aa32.44■■■□□ 2.78
PTPRU-208ENST00000493601 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa32.4■■■□□ 2.78
PTPRU-208ENST00000493601 SMARCA2P51531 1590 aa32.38■■■□□ 2.77
PTPRU-208ENST00000493601 HMGXB3Q12766 1538 aa32.32■■■□□ 2.76
PTPRU-208ENST00000493601 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP32.31■■■□□ 2.76
PTPRU-208ENST00000493601 PEG3Q9GZU2 1588 aa32.14■■■□□ 2.74
PTPRU-208ENST00000493601 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP32.12■■■□□ 2.73
PTPRU-208ENST00000493601 ERCC6Q03468 1493 aa32.08■■■□□ 2.73
PTPRU-208ENST00000493601 MROH2BQ7Z745 1585 aa32.01■■■□□ 2.71
PTPRU-208ENST00000493601 CUX2O14529 1486 aa32■■■□□ 2.71
PTPRU-208ENST00000493601 NESP48681 1621 aa31.89■■■□□ 2.7
PTPRU-208ENST00000493601 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa31.79■■■□□ 2.68
PTPRU-208ENST00000493601 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa31.73■■■□□ 2.67
PTPRU-208ENST00000493601 WIZO95785 1651 aa31.66■■■□□ 2.66
PTPRU-208ENST00000493601 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP31.64■■■□□ 2.66
PTPRU-208ENST00000493601 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa31.58■■■□□ 2.65
PTPRU-208ENST00000493601 PDS5BQ9NTI5 1447 aa31.56■■■□□ 2.64
PTPRU-208ENST00000493601 CADPSQ9ULU8 1353 aa31.48■■■□□ 2.63
PTPRU-208ENST00000493601 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP31.38■■■□□ 2.61
PTPRU-208ENST00000493601 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP31.3■■■□□ 2.6
PTPRU-208ENST00000493601 MRC2Q9UBG0 1479 aa31.29■■■□□ 2.6
PTPRU-208ENST00000493601 WDR62O43379 1518 aa31.24■■■□□ 2.59
PTPRU-208ENST00000493601 CEP164Q9UPV0 1460 aa31.21■■■□□ 2.59
PTPRU-208ENST00000493601 CFTRP13569 1480 aa31.17■■■□□ 2.58
PTPRU-208ENST00000493601 FANCD2Q9BXW9 1451 aa31.15■■■□□ 2.58
PTPRU-208ENST00000493601 PRDM2Q13029 1718 aa31.01■■■□□ 2.55
PTPRU-208ENST00000493601 CCDC88BA6NC98 1476 aa30.88■■■□□ 2.53
PTPRU-208ENST00000493601 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP30.88■■■□□ 2.53
PTPRU-208ENST00000493601 TOPBP1Q92547 1522 aa30.58■■■□□ 2.49
PTPRU-208ENST00000493601 IFT140Q96RY7 1462 aa30.57■■■□□ 2.48
PTPRU-208ENST00000493601 ABCC8Q09428 1581 aa30.56■■■□□ 2.48
PTPRU-208ENST00000493601 DNMBPQ6XZF7 1577 aa30.52■■■□□ 2.48
PTPRU-208ENST00000493601 OSCARQ8IYS5 282 aa30.46■■■□□ 2.47
PTPRU-208ENST00000493601 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP30.45■■■□□ 2.47
PTPRU-208ENST00000493601 TRIM41Q8WV44 630 aa30.39■■■□□ 2.46
PTPRU-208ENST00000493601 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP30.38■■■□□ 2.45
PTPRU-208ENST00000493601 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP30.32■■■□□ 2.44
PTPRU-208ENST00000493601 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP30.26■■■□□ 2.44
PTPRU-208ENST00000493601 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP30.18■■■□□ 2.426e-7■■■■■ 27.8
PTPRU-208ENST00000493601 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa30.14■■■□□ 2.41
PTPRU-208ENST00000493601 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa30.14■■■□□ 2.41
PTPRU-208ENST00000493601 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa30.14■■■□□ 2.41
PTPRU-208ENST00000493601 CHD1O14646 1710 aa30.13■■■□□ 2.41
PTPRU-208ENST00000493601 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa30.11■■■□□ 2.41
PTPRU-208ENST00000493601 SOGA1O94964 1423 aa30.1■■■□□ 2.41
PTPRU-208ENST00000493601 FGD5Q6ZNL6 1462 aa30.1■■■□□ 2.41
PTPRU-208ENST00000493601 WDR97A6NE52 1622 aa30.1■■■□□ 2.41
PTPRU-208ENST00000493601 CUX1P39880 1505 aa30.09■■■□□ 2.41
PTPRU-208ENST00000493601 ARHGEF11O15085 1522 aa30.04■■■□□ 2.4
PTPRU-208ENST00000493601 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP30.01■■■□□ 2.39
PTPRU-208ENST00000493601 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP30■■■□□ 2.39
PTPRU-208ENST00000493601 FBLN2P98095 1184 aa29.93■■■□□ 2.38
PTPRU-208ENST00000493601 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa29.93■■■□□ 2.38
PTPRU-208ENST00000493601 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP29.88■■■□□ 2.37
PTPRU-208ENST00000493601 GRIN2BQ13224 1484 aa29.87■■■□□ 2.37
PTPRU-208ENST00000493601 PBRM1Q86U86 1689 aa29.83■■■□□ 2.37
PTPRU-208ENST00000493601 SYNJ1O43426 1573 aa29.78■■■□□ 2.36
PTPRU-208ENST00000493601 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa29.78■■■□□ 2.36
PTPRU-208ENST00000493601 SYNJ2O15056 1496 aa29.77■■■□□ 2.36
PTPRU-208ENST00000493601 GAPVD1Q14C86 1478 aa29.77■■■□□ 2.36
PTPRU-208ENST00000493601 CLASP1Q7Z460 1538 aa29.76■■■□□ 2.36
PTPRU-208ENST00000493601 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa29.76■■■□□ 2.35
PTPRU-208ENST00000493601 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP29.75■■■□□ 2.35
PTPRU-208ENST00000493601 ARAP1Q96P48 1450 aa29.74■■■□□ 2.35
PTPRU-208ENST00000493601 CYB5RLQ6IPT4 315 aa29.72■■■□□ 2.35
PTPRU-208ENST00000493601 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa29.7■■■□□ 2.34
PTPRU-208ENST00000493601 TOP2BQ02880 1626 aa29.68■■■□□ 2.34
PTPRU-208ENST00000493601 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP29.68■■■□□ 2.34
PTPRU-208ENST00000493601 ADAMTS12P58397 1594 aa29.53■■■□□ 2.32
PTPRU-208ENST00000493601 GRIN2AQ12879 1464 aa29.49■■■□□ 2.31
PTPRU-208ENST00000493601 ERICH3Q5RHP9 1530 aa29.44■■■□□ 2.3
PTPRU-208ENST00000493601 FHAD1B1AJZ9 1412 aa29.4■■■□□ 2.3
PTPRU-208ENST00000493601 CEP170Q5SW79 1584 aa29.39■■■□□ 2.29
PTPRU-208ENST00000493601 NUP160Q12769 1436 aa29.37■■■□□ 2.29
PTPRU-208ENST00000493601 TRHP20396 242 aaPredicted RBP29.37■■■□□ 2.29
PTPRU-208ENST00000493601 SHROOM2Q13796 1616 aa29.28■■■□□ 2.28
PTPRU-208ENST00000493601 ERCC6L2Q5T890 1561 aa29.26■■■□□ 2.27
PTPRU-208ENST00000493601 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa29.12■■■□□ 2.25
PTPRU-208ENST00000493601 CUL7Q14999 1698 aa29.07■■■□□ 2.24
PTPRU-208ENST00000493601 KIF27Q86VH2 1401 aa29.07■■■□□ 2.24
PTPRU-208ENST00000493601 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP29.06■■■□□ 2.24
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