RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000493468.6

PRPF40A-211, Transcript of pre-mRNA processing factor 40 homolog A, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PRPF40A, Length 1,043 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40A-211ENST00000493468 NISCHQ9Y2I1 1504 aa36.64■■■■□ 3.46
PRPF40A-211ENST00000493468 ABCC9O60706 1549 aa33.47■■■□□ 2.95
PRPF40A-211ENST00000493468 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa33.2■■■□□ 2.91
PRPF40A-211ENST00000493468 DNAJC5BQ9UF47 199 aa31.77■■■□□ 2.68
PRPF40A-211ENST00000493468 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa31.77■■■□□ 2.68
PRPF40A-211ENST00000493468 NACADO15069 1562 aa31.45■■■□□ 2.63
PRPF40A-211ENST00000493468 UNC13AQ9UPW8 1703 aa31.08■■■□□ 2.57
PRPF40A-211ENST00000493468 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP30.99■■■□□ 2.55
PRPF40A-211ENST00000493468 MYO15BQ96JP2 1530 aa30.92■■■□□ 2.54
PRPF40A-211ENST00000493468 DCAF8L2P0C7V8 631 aa30.88■■■□□ 2.53
PRPF40A-211ENST00000493468 BICRAQ9NZM4 1560 aa30.85■■■□□ 2.53
PRPF40A-211ENST00000493468 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa30.5■■■□□ 2.47
PRPF40A-211ENST00000493468 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa30.32■■■□□ 2.44
PRPF40A-211ENST00000493468 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP30.29■■■□□ 2.44
PRPF40A-211ENST00000493468 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa30.29■■■□□ 2.44
PRPF40A-211ENST00000493468 CECR2Q9BXF3 1484 aa30.25■■■□□ 2.43
PRPF40A-211ENST00000493468 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP30.12■■■□□ 2.41
PRPF40A-211ENST00000493468 SCRIBQ14160 1630 aa30.07■■■□□ 2.4
PRPF40A-211ENST00000493468 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa29.59■■■□□ 2.33
PRPF40A-211ENST00000493468 CUX2O14529 1486 aa29.17■■■□□ 2.26
PRPF40A-211ENST00000493468 NCAPD3P42695 1498 aa29■■■□□ 2.23
PRPF40A-211ENST00000493468 ERCC6Q03468 1493 aa28.96■■■□□ 2.23
PRPF40A-211ENST00000493468 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa28.82■■■□□ 2.2
PRPF40A-211ENST00000493468 HMGXB3Q12766 1538 aa28.79■■■□□ 2.2
PRPF40A-211ENST00000493468 SMARCA2P51531 1590 aa28.76■■■□□ 2.19
PRPF40A-211ENST00000493468 SMARCA4P51532 1647 aa28.71■■■□□ 2.19
PRPF40A-211ENST00000493468 NESP48681 1621 aa28.61■■■□□ 2.17
PRPF40A-211ENST00000493468 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP28.54■■■□□ 2.16
PRPF40A-211ENST00000493468 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP28.51■■■□□ 2.15
PRPF40A-211ENST00000493468 PEG3Q9GZU2 1588 aa28.5■■■□□ 2.15
PRPF40A-211ENST00000493468 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP28.5■■■□□ 2.15
PRPF40A-211ENST00000493468 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa28.46■■■□□ 2.15
PRPF40A-211ENST00000493468 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa28.32■■■□□ 2.12
PRPF40A-211ENST00000493468 PDS5BQ9NTI5 1447 aa28.26■■■□□ 2.11
PRPF40A-211ENST00000493468 MROH2BQ7Z745 1585 aa28.18■■■□□ 2.1
PRPF40A-211ENST00000493468 MRC2Q9UBG0 1479 aa28.05■■■□□ 2.08
PRPF40A-211ENST00000493468 CADPSQ9ULU8 1353 aa28.05■■■□□ 2.08
PRPF40A-211ENST00000493468 WDR62O43379 1518 aa28.04■■■□□ 2.08
PRPF40A-211ENST00000493468 TRIM41Q8WV44 630 aa27.97■■■□□ 2.07
PRPF40A-211ENST00000493468 CEP164Q9UPV0 1460 aa27.83■■■□□ 2.05
PRPF40A-211ENST00000493468 WIZO95785 1651 aa27.83■■■□□ 2.05
PRPF40A-211ENST00000493468 FANCD2Q9BXW9 1451 aa27.74■■■□□ 2.03
PRPF40A-211ENST00000493468 CFTRP13569 1480 aa27.67■■■□□ 2.02
PRPF40A-211ENST00000493468 OSCARQ8IYS5 282 aa27.62■■■□□ 2.01
PRPF40A-211ENST00000493468 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP27.55■■■□□ 2
PRPF40A-211ENST00000493468 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP27.5■■□□□ 1.99
PRPF40A-211ENST00000493468 PRDM2Q13029 1718 aa27.47■■□□□ 1.99
PRPF40A-211ENST00000493468 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP27.41■■□□□ 1.98
PRPF40A-211ENST00000493468 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa27.41■■□□□ 1.98
PRPF40A-211ENST00000493468 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa27.41■■□□□ 1.98
PRPF40A-211ENST00000493468 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa27.41■■□□□ 1.98
PRPF40A-211ENST00000493468 IFT140Q96RY7 1462 aa27.31■■□□□ 1.96
PRPF40A-211ENST00000493468 ARHGEF11O15085 1522 aa27.26■■□□□ 1.96
PRPF40A-211ENST00000493468 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP27.26■■□□□ 1.95
PRPF40A-211ENST00000493468 TOPBP1Q92547 1522 aa27.18■■□□□ 1.94
PRPF40A-211ENST00000493468 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP27.16■■□□□ 1.94
PRPF40A-211ENST00000493468 ABCC8Q09428 1581 aa27.14■■□□□ 1.93
PRPF40A-211ENST00000493468 CCDC88BA6NC98 1476 aa27.12■■□□□ 1.93
PRPF40A-211ENST00000493468 DNMBPQ6XZF7 1577 aa27.07■■□□□ 1.92
PRPF40A-211ENST00000493468 CHD1O14646 1710 aa27.05■■□□□ 1.92
PRPF40A-211ENST00000493468 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP27.01■■□□□ 1.92
PRPF40A-211ENST00000493468 ARAP1Q96P48 1450 aa26.95■■□□□ 1.91
PRPF40A-211ENST00000493468 CYB5RLQ6IPT4 315 aa26.95■■□□□ 1.9
PRPF40A-211ENST00000493468 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP26.92■■□□□ 1.91e-9■■■■■ 39.3
PRPF40A-211ENST00000493468 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP26.87■■□□□ 1.89
PRPF40A-211ENST00000493468 WDR97A6NE52 1622 aa26.79■■□□□ 1.88
PRPF40A-211ENST00000493468 TRHP20396 242 aaPredicted RBP26.79■■□□□ 1.88
PRPF40A-211ENST00000493468 FBLN2P98095 1184 aa26.75■■□□□ 1.87
PRPF40A-211ENST00000493468 CLASP1Q7Z460 1538 aa26.74■■□□□ 1.87
PRPF40A-211ENST00000493468 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa26.71■■□□□ 1.87
PRPF40A-211ENST00000493468 SOGA1O94964 1423 aa26.68■■□□□ 1.86
PRPF40A-211ENST00000493468 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa26.68■■□□□ 1.86
PRPF40A-211ENST00000493468 SYNJ1O43426 1573 aa26.67■■□□□ 1.86
PRPF40A-211ENST00000493468 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP26.66■■□□□ 1.86
PRPF40A-211ENST00000493468 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP26.65■■□□□ 1.86
PRPF40A-211ENST00000493468 FGD5Q6ZNL6 1462 aa26.62■■□□□ 1.85
PRPF40A-211ENST00000493468 GRIN2BQ13224 1484 aa26.56■■□□□ 1.84
PRPF40A-211ENST00000493468 SYNJ2O15056 1496 aa26.55■■□□□ 1.84
PRPF40A-211ENST00000493468 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP26.53■■□□□ 1.84
PRPF40A-211ENST00000493468 CUX1P39880 1505 aa26.52■■□□□ 1.84
PRPF40A-211ENST00000493468 PBRM1Q86U86 1689 aa26.48■■□□□ 1.83
PRPF40A-211ENST00000493468 GAPVD1Q14C86 1478 aa26.42■■□□□ 1.82
PRPF40A-211ENST00000493468 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP26.38■■□□□ 1.81
PRPF40A-211ENST00000493468 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa26.37■■□□□ 1.81
PRPF40A-211ENST00000493468 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa26.33■■□□□ 1.81
PRPF40A-211ENST00000493468 GRIN2AQ12879 1464 aa26.23■■□□□ 1.79
PRPF40A-211ENST00000493468 ERCC6L2Q5T890 1561 aa26.2■■□□□ 1.79
PRPF40A-211ENST00000493468 ADAMTS12P58397 1594 aa26.19■■□□□ 1.78
PRPF40A-211ENST00000493468 CEP170Q5SW79 1584 aa26.17■■□□□ 1.78
PRPF40A-211ENST00000493468 NUP160Q12769 1436 aa26.17■■□□□ 1.78
PRPF40A-211ENST00000493468 SHROOM2Q13796 1616 aa26.17■■□□□ 1.78
PRPF40A-211ENST00000493468 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP26.08■■□□□ 1.77
PRPF40A-211ENST00000493468 KIF13AQ9H1H9 1805 aa26.07■■□□□ 1.76
PRPF40A-211ENST00000493468 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa26.05■■□□□ 1.76
PRPF40A-211ENST00000493468 FHAD1B1AJZ9 1412 aa26.05■■□□□ 1.76
PRPF40A-211ENST00000493468 TOP2BQ02880 1626 aa26.02■■□□□ 1.76
PRPF40A-211ENST00000493468 ERICH3Q5RHP9 1530 aa26.01■■□□□ 1.75
PRPF40A-211ENST00000493468 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP25.88■■□□□ 1.73
PRPF40A-211ENST00000493468 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa25.84■■□□□ 1.73
PRPF40A-211ENST00000493468 MAPKBP1O60336 1514 aa25.83■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13.9 ms