RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486204.5

SSR4-211, Transcript of signal sequence receptor subunit 4, humanhuman

TSL 3

Gene SSR4, Length 658 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SSR4-211ENST00000486204 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.43■■■□□ 2.62
SSR4-211ENST00000486204 ABCC9O60706 1549 aa29.07■■■□□ 2.24
SSR4-211ENST00000486204 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa28.22■■■□□ 2.11
SSR4-211ENST00000486204 DNAJC5BQ9UF47 199 aa28■■■□□ 2.07
SSR4-211ENST00000486204 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa27.29■■□□□ 1.96
SSR4-211ENST00000486204 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP27.01■■□□□ 1.91
SSR4-211ENST00000486204 NACADO15069 1562 aa26.92■■□□□ 1.9
SSR4-211ENST00000486204 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.8■■□□□ 1.88
SSR4-211ENST00000486204 UNC13AQ9UPW8 1703 aa26.59■■□□□ 1.85
SSR4-211ENST00000486204 BICRAQ9NZM4 1560 aa26.51■■□□□ 1.83
SSR4-211ENST00000486204 MYO15BQ96JP2 1530 aa26.29■■□□□ 1.8
SSR4-211ENST00000486204 CECR2Q9BXF3 1484 aa26.26■■□□□ 1.79
SSR4-211ENST00000486204 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa26.26■■□□□ 1.79
SSR4-211ENST00000486204 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP26.24■■□□□ 1.79
SSR4-211ENST00000486204 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa26.18■■□□□ 1.78
SSR4-211ENST00000486204 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa26.06■■□□□ 1.76
SSR4-211ENST00000486204 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa26.04■■□□□ 1.76
SSR4-211ENST00000486204 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.94■■□□□ 1.74
SSR4-211ENST00000486204 SCRIBQ14160 1630 aa25.72■■□□□ 1.71
SSR4-211ENST00000486204 CUX2O14529 1486 aa25.34■■□□□ 1.65
SSR4-211ENST00000486204 ERCC6Q03468 1493 aa25.15■■□□□ 1.62
SSR4-211ENST00000486204 NCAPD3P42695 1498 aa24.9■■□□□ 1.58
SSR4-211ENST00000486204 TRIM41Q8WV44 630 aa24.83■■□□□ 1.57
SSR4-211ENST00000486204 NESP48681 1621 aa24.75■■□□□ 1.55
SSR4-211ENST00000486204 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa24.72■■□□□ 1.55
SSR4-211ENST00000486204 HMGXB3Q12766 1538 aa24.59■■□□□ 1.53
SSR4-211ENST00000486204 SMARCA2P51531 1590 aa24.58■■□□□ 1.52
SSR4-211ENST00000486204 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP24.58■■□□□ 1.52
SSR4-211ENST00000486204 SMARCA4P51532 1647 aa24.45■■□□□ 1.5
SSR4-211ENST00000486204 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP24.43■■□□□ 1.5
SSR4-211ENST00000486204 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa24.42■■□□□ 1.5
SSR4-211ENST00000486204 PDS5BQ9NTI5 1447 aa24.36■■□□□ 1.49
SSR4-211ENST00000486204 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.36■■□□□ 1.49
SSR4-211ENST00000486204 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa24.33■■□□□ 1.49
SSR4-211ENST00000486204 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.24■■□□□ 1.47
SSR4-211ENST00000486204 PEG3Q9GZU2 1588 aa24.21■■□□□ 1.47
SSR4-211ENST00000486204 MRC2Q9UBG0 1479 aa24.17■■□□□ 1.46
SSR4-211ENST00000486204 OSCARQ8IYS5 282 aa24.15■■□□□ 1.46
SSR4-211ENST00000486204 CADPSQ9ULU8 1353 aa24.14■■□□□ 1.45
SSR4-211ENST00000486204 WDR62O43379 1518 aa24.1■■□□□ 1.45
SSR4-211ENST00000486204 WIZO95785 1651 aa24.05■■□□□ 1.44
SSR4-211ENST00000486204 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP23.94■■□□□ 1.42
SSR4-211ENST00000486204 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.92■■□□□ 1.42
SSR4-211ENST00000486204 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.84■■□□□ 1.41
SSR4-211ENST00000486204 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa23.8■■□□□ 1.4
SSR4-211ENST00000486204 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa23.8■■□□□ 1.4
SSR4-211ENST00000486204 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa23.8■■□□□ 1.4
SSR4-211ENST00000486204 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.75■■□□□ 1.39
SSR4-211ENST00000486204 ARHGEF11O15085 1522 aa23.67■■□□□ 1.38
SSR4-211ENST00000486204 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP23.67■■□□□ 1.38
SSR4-211ENST00000486204 CFTRP13569 1480 aa23.67■■□□□ 1.38
SSR4-211ENST00000486204 CYB5RLQ6IPT4 315 aa23.65■■□□□ 1.38
SSR4-211ENST00000486204 TRHP20396 242 aaPredicted RBP23.64■■□□□ 1.37
SSR4-211ENST00000486204 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP23.52■■□□□ 1.36
SSR4-211ENST00000486204 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP23.51■■□□□ 1.35
SSR4-211ENST00000486204 IFT140Q96RY7 1462 aa23.48■■□□□ 1.35
SSR4-211ENST00000486204 PRDM2Q13029 1718 aa23.42■■□□□ 1.34
SSR4-211ENST00000486204 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.41■■□□□ 1.34
SSR4-211ENST00000486204 ARAP1Q96P48 1450 aa23.39■■□□□ 1.34
SSR4-211ENST00000486204 FBLN2P98095 1184 aa23.3■■□□□ 1.32
SSR4-211ENST00000486204 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP23.29■■□□□ 1.32
SSR4-211ENST00000486204 TOPBP1Q92547 1522 aa23.28■■□□□ 1.32
SSR4-211ENST00000486204 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP23.28■■□□□ 1.32
SSR4-211ENST00000486204 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.24■■□□□ 1.311e-7■■■■■ 36.9
SSR4-211ENST00000486204 CHD1O14646 1710 aa23.24■■□□□ 1.31
SSR4-211ENST00000486204 ABCC8Q09428 1581 aa23.2■■□□□ 1.3
SSR4-211ENST00000486204 DNMBPQ6XZF7 1577 aa23.11■■□□□ 1.29
SSR4-211ENST00000486204 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP23.1■■□□□ 1.29
SSR4-211ENST00000486204 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP23■■□□□ 1.27
SSR4-211ENST00000486204 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP23■■□□□ 1.27
SSR4-211ENST00000486204 CLASP1Q7Z460 1538 aa22.99■■□□□ 1.27
SSR4-211ENST00000486204 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP22.99■■□□□ 1.27
SSR4-211ENST00000486204 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.97■■□□□ 1.27
SSR4-211ENST00000486204 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22.94■■□□□ 1.26
SSR4-211ENST00000486204 SOGA1O94964 1423 aa22.93■■□□□ 1.26
SSR4-211ENST00000486204 SYNJ1O43426 1573 aa22.92■■□□□ 1.26
SSR4-211ENST00000486204 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.85■■□□□ 1.25
SSR4-211ENST00000486204 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP22.84■■□□□ 1.25
SSR4-211ENST00000486204 SYNJ2O15056 1496 aa22.79■■□□□ 1.24
SSR4-211ENST00000486204 WDR97A6NE52 1622 aa22.79■■□□□ 1.24
SSR4-211ENST00000486204 GRIN2BQ13224 1484 aa22.79■■□□□ 1.24
SSR4-211ENST00000486204 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.75■■□□□ 1.23
SSR4-211ENST00000486204 CUX1P39880 1505 aa22.73■■□□□ 1.23
SSR4-211ENST00000486204 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.66■■□□□ 1.22
SSR4-211ENST00000486204 TOP2BQ02880 1626 aa22.6■■□□□ 1.21
SSR4-211ENST00000486204 ERCC6L2Q5T890 1561 aa22.59■■□□□ 1.21
SSR4-211ENST00000486204 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP22.56■■□□□ 1.2
SSR4-211ENST00000486204 PBRM1Q86U86 1689 aa22.55■■□□□ 1.2
SSR4-211ENST00000486204 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.55■■□□□ 1.2
SSR4-211ENST00000486204 CEP170Q5SW79 1584 aa22.49■■□□□ 1.19
SSR4-211ENST00000486204 GRIN2AQ12879 1464 aa22.47■■□□□ 1.19
SSR4-211ENST00000486204 KIF13AQ9H1H9 1805 aa22.47■■□□□ 1.19
SSR4-211ENST00000486204 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa22.45■■□□□ 1.18
SSR4-211ENST00000486204 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.45■■□□□ 1.18
SSR4-211ENST00000486204 NUP160Q12769 1436 aa22.44■■□□□ 1.18
SSR4-211ENST00000486204 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.43■■□□□ 1.18
SSR4-211ENST00000486204 FAM69CQ0P6D2 419 aa22.43■■□□□ 1.18
SSR4-211ENST00000486204 SHROOM2Q13796 1616 aa22.37■■□□□ 1.17
SSR4-211ENST00000486204 ABCC10Q5T3U5 1492 aa22.34■■□□□ 1.17
SSR4-211ENST00000486204 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP22.34■■□□□ 1.17
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