RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000481518.1

PSME4-208, Transcript of proteasome activator subunit 4, human

TSL 5

Gene PSME4, Length 886 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PSME4-208	ENST00000481518	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		56.97	■■■■■ 6.71
PSME4-208	ENST00000481518	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		50.85	■■■■■ 5.73
PSME4-208	ENST00000481518	ABCC9	O60706	1549 aa		50.28	■■■■■ 5.64
PSME4-208	ENST00000481518	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		48.09	■■■■■ 5.29
PSME4-208	ENST00000481518	NACAD	O15069	1562 aa		47.91	■■■■■ 5.26
PSME4-208	ENST00000481518	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		47.74	■■■■■ 5.23
PSME4-208	ENST00000481518	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		47.46	■■■■■ 5.19
PSME4-208	ENST00000481518	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	47.37	■■■■■ 5.17
PSME4-208	ENST00000481518	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		47.08	■■■■■ 5.13
PSME4-208	ENST00000481518	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		47.07	■■■■■ 5.13
PSME4-208	ENST00000481518	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	46.89	■■■■■ 5.1
PSME4-208	ENST00000481518	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		46.74	■■■■■ 5.07
PSME4-208	ENST00000481518	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		46.65	■■■■■ 5.06
PSME4-208	ENST00000481518	SCRIB	Q14160	1630 aa		46.41	■■■■■ 5.02
PSME4-208	ENST00000481518	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		46.08	■■■■■ 4.97
PSME4-208	ENST00000481518	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	45.5	■■■■■ 4.87
PSME4-208	ENST00000481518	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		45.45	■■■■■ 4.87
PSME4-208	ENST00000481518	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		45.21	■■■■■ 4.83
PSME4-208	ENST00000481518	SMARCA4	P51532	1647 aa		44.33	■■■■■ 4.69
PSME4-208	ENST00000481518	NCAPD3	P42695	1498 aa		44.23	■■■■■ 4.67
PSME4-208	ENST00000481518	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		44.21	■■■■■ 4.67
PSME4-208	ENST00000481518	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	44.16	■■■■■ 4.66
PSME4-208	ENST00000481518	SMARCA2	P51531	1590 aa		44.08	■■■■■ 4.65
PSME4-208	ENST00000481518	HMGXB3	Q12766	1538 aa		43.97	■■■■■ 4.63
PSME4-208	ENST00000481518	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		43.94	■■■■■ 4.62
PSME4-208	ENST00000481518	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.89	■■■■■ 4.62
PSME4-208	ENST00000481518	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	43.79	■■■■■ 4.6
PSME4-208	ENST00000481518	WIZ	O95785	1651 aa		43.44	■■■■■ 4.54
PSME4-208	ENST00000481518	NES	P48681	1621 aa		43.4	■■■■■ 4.54
PSME4-208	ENST00000481518	ERCC6	Q03468	1493 aa		43.32	■■■■■ 4.52
PSME4-208	ENST00000481518	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	43.22	■■■■■ 4.51
PSME4-208	ENST00000481518	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		43.13	■■■■■ 4.5
PSME4-208	ENST00000481518	CUX2	O14529	1486 aa		43.04	■■■■■ 4.48
PSME4-208	ENST00000481518	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	42.92	■■■■■ 4.46
PSME4-208	ENST00000481518	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.9	■■■■■ 4.46
PSME4-208	ENST00000481518	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		42.85	■■■■■ 4.45
PSME4-208	ENST00000481518	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.84	■■■■■ 4.45
PSME4-208	ENST00000481518	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.82	■■■■■ 4.45
PSME4-208	ENST00000481518	CFTR	P13569	1480 aa		42.56	■■■■■ 4.4
PSME4-208	ENST00000481518	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		42.47	■■■■■ 4.39
PSME4-208	ENST00000481518	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		42.43	■■■■■ 4.38
PSME4-208	ENST00000481518	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		42.43	■■■■■ 4.38
PSME4-208	ENST00000481518	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		42.42	■■■■■ 4.38
PSME4-208	ENST00000481518	WDR62	O43379	1518 aa		42.36	■■■■■ 4.37
PSME4-208	ENST00000481518	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		42.31	■■■■■ 4.36
PSME4-208	ENST00000481518	PRDM2	Q13029	1718 aa		42.19	■■■■■ 4.34
PSME4-208	ENST00000481518	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	42.09	■■■■■ 4.33
PSME4-208	ENST00000481518	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	41.72	■■■■■ 4.27
PSME4-208	ENST00000481518	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.72	■■■■■ 4.27
PSME4-208	ENST00000481518	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.61	■■■■■ 4.25
PSME4-208	ENST00000481518	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.59	■■■■■ 4.25
PSME4-208	ENST00000481518	IFT140	Q96RY7	1462 aa		41.53	■■■■■ 4.24
PSME4-208	ENST00000481518	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	41.47	■■■■■ 4.23
PSME4-208	ENST00000481518	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	41.34	■■■■■ 4.21
PSME4-208	ENST00000481518	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	41.32	■■■■■ 4.2
PSME4-208	ENST00000481518	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	41.27	■■■■■ 4.2
PSME4-208	ENST00000481518	CUX1	P39880	1505 aa		41.24	■■■■■ 4.19
PSME4-208	ENST00000481518	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		41.18	■■■■■ 4.18
PSME4-208	ENST00000481518	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		41.16	■■■■■ 4.18
PSME4-208	ENST00000481518	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	41.14	■■■■■ 4.18	4e-8	■■■■□ 21.8
PSME4-208	ENST00000481518	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		41.13	■■■■■ 4.17
PSME4-208	ENST00000481518	SOGA1	O94964	1423 aa		41.12	■■■■■ 4.17
PSME4-208	ENST00000481518	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.99	■■■■■ 4.15
PSME4-208	ENST00000481518	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.88	■■■■■ 4.13
PSME4-208	ENST00000481518	CHD1	O14646	1710 aa		40.84	■■■■■ 4.13
PSME4-208	ENST00000481518	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		40.75	■■■■■ 4.11
PSME4-208	ENST00000481518	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	40.75	■■■■■ 4.11
PSME4-208	ENST00000481518	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		40.74	■■■■■ 4.11
PSME4-208	ENST00000481518	SYNJ1	O43426	1573 aa		40.74	■■■■■ 4.11
PSME4-208	ENST00000481518	TOP2B	Q02880	1626 aa		40.72	■■■■■ 4.11
PSME4-208	ENST00000481518	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.72	■■■■■ 4.11
PSME4-208	ENST00000481518	TRIM41	Q8WV44	630 aa		40.71	■■■■■ 4.11
PSME4-208	ENST00000481518	GRIN2B	Q13224	1484 aa		40.7	■■■■■ 4.11
PSME4-208	ENST00000481518	FBLN2	P98095	1184 aa		40.68	■■■■■ 4.1
PSME4-208	ENST00000481518	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.64	■■■■■ 4.1
PSME4-208	ENST00000481518	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	40.64	■■■■■ 4.1
PSME4-208	ENST00000481518	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		40.64	■■■■■ 4.1
PSME4-208	ENST00000481518	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		40.62	■■■■■ 4.09
PSME4-208	ENST00000481518	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		40.62	■■■■■ 4.09
PSME4-208	ENST00000481518	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		40.62	■■■■■ 4.09
PSME4-208	ENST00000481518	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.62	■■■■■ 4.09
PSME4-208	ENST00000481518	ARHGEF11	O15085	1522 aa		40.55	■■■■■ 4.08
PSME4-208	ENST00000481518	SYNJ2	O15056	1496 aa		40.5	■■■■■ 4.07
PSME4-208	ENST00000481518	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	40.47	■■■■■ 4.07
PSME4-208	ENST00000481518	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		40.4	■■■■■ 4.06
PSME4-208	ENST00000481518	ADAMTS12	P58397	1594 aa		40.28	■■■■■ 4.04
PSME4-208	ENST00000481518	ARAP1	Q96P48	1450 aa		40.21	■■■■■ 4.03
PSME4-208	ENST00000481518	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		40.2	■■■■■ 4.03
PSME4-208	ENST00000481518	GRIN2A	Q12879	1464 aa		40.19	■■■■■ 4.03
PSME4-208	ENST00000481518	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		40.16	■■■■■ 4.02
PSME4-208	ENST00000481518	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		40.14	■■■■■ 4.02
PSME4-208	ENST00000481518	CEP170	Q5SW79	1584 aa		40.06	■■■■■ 4
PSME4-208	ENST00000481518	NUP160	Q12769	1436 aa		40.04	■■■■■ 4
PSME4-208	ENST00000481518	KIF27	Q86VH2	1401 aa		39.91	■■■■□ 3.98
PSME4-208	ENST00000481518	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		39.85	■■■■□ 3.97
PSME4-208	ENST00000481518	IGF1R	P08069	1367 aa		39.84	■■■■□ 3.97
PSME4-208	ENST00000481518	SHROOM2	Q13796	1616 aa		39.81	■■■■□ 3.96
PSME4-208	ENST00000481518	CUL7	Q14999	1698 aa		39.74	■■■■□ 3.95
PSME4-208	ENST00000481518	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		39.71	■■■■□ 3.95
PSME4-208	ENST00000481518	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	39.58	■■■■□ 3.93

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