RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478603.5

C9orf3-216, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 2

Gene C9orf3, Length 802 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-216ENST00000478603 NISCHQ9Y2I1 1504 aa56.8■■■■■ 6.68
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C9orf3-216ENST00000478603 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa48.23■■■■■ 5.31
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C9orf3-216ENST00000478603 DCAF8L2P0C7V8 631 aa47.87■■■■■ 5.25
C9orf3-216ENST00000478603 MYO15BQ96JP2 1530 aa47.35■■■■■ 5.17
C9orf3-216ENST00000478603 UNC13AQ9UPW8 1703 aa47.25■■■■■ 5.15
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C9orf3-216ENST00000478603 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP47.14■■■■■ 5.14
C9orf3-216ENST00000478603 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa46.89■■■■■ 5.1
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C9orf3-216ENST00000478603 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.71■■■■■ 4.91
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C9orf3-216ENST00000478603 SMARCA4P51532 1647 aa44.27■■■■■ 4.68
C9orf3-216ENST00000478603 NCAPD3P42695 1498 aa44.27■■■■■ 4.68
C9orf3-216ENST00000478603 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa44.21■■■■■ 4.67
C9orf3-216ENST00000478603 SMARCA2P51531 1590 aa44.09■■■■■ 4.65
C9orf3-216ENST00000478603 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP44.06■■■■■ 4.64
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C9orf3-216ENST00000478603 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP43.81■■■■■ 4.6
C9orf3-216ENST00000478603 PEG3Q9GZU2 1588 aa43.79■■■■■ 4.6
C9orf3-216ENST00000478603 ERCC6Q03468 1493 aa43.63■■■■■ 4.57
C9orf3-216ENST00000478603 NESP48681 1621 aa43.56■■■■■ 4.56
C9orf3-216ENST00000478603 CUX2O14529 1486 aa43.39■■■■■ 4.54
C9orf3-216ENST00000478603 WIZO95785 1651 aa43.33■■■■■ 4.53
C9orf3-216ENST00000478603 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa43.24■■■■■ 4.51
C9orf3-216ENST00000478603 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa43.04■■■■■ 4.48
C9orf3-216ENST00000478603 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP43.03■■■■■ 4.48
C9orf3-216ENST00000478603 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa43.03■■■■■ 4.48
C9orf3-216ENST00000478603 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42.99■■■■■ 4.47
C9orf3-216ENST00000478603 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.97■■■■■ 4.47
C9orf3-216ENST00000478603 CADPSQ9ULU8 1353 aa42.95■■■■■ 4.47
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C9orf3-216ENST00000478603 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.61■■■■■ 4.41
C9orf3-216ENST00000478603 CFTRP13569 1480 aa42.53■■■■■ 4.4
C9orf3-216ENST00000478603 CEP164Q9UPV0 1460 aa42.5■■■■■ 4.39
C9orf3-216ENST00000478603 FANCD2Q9BXW9 1451 aa42.49■■■■■ 4.39
C9orf3-216ENST00000478603 WDR62O43379 1518 aa42.49■■■■■ 4.39
C9orf3-216ENST00000478603 CCDC88BA6NC98 1476 aa42.28■■■■■ 4.36
C9orf3-216ENST00000478603 PRDM2Q13029 1718 aa42.2■■■■■ 4.35
C9orf3-216ENST00000478603 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP42.15■■■■■ 4.34
C9orf3-216ENST00000478603 TOPBP1Q92547 1522 aa41.73■■■■■ 4.27
C9orf3-216ENST00000478603 IFT140Q96RY7 1462 aa41.62■■■■■ 4.25
C9orf3-216ENST00000478603 ABCC8Q09428 1581 aa41.59■■■■■ 4.25
C9orf3-216ENST00000478603 DNMBPQ6XZF7 1577 aa41.59■■■■■ 4.25
C9orf3-216ENST00000478603 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.59■■■■■ 4.25
C9orf3-216ENST00000478603 OSCARQ8IYS5 282 aa41.48■■■■■ 4.23
C9orf3-216ENST00000478603 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP41.38■■■■■ 4.21
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C9orf3-216ENST00000478603 TRIM41Q8WV44 630 aa41.35■■■■■ 4.21
C9orf3-216ENST00000478603 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP41.34■■■■■ 4.21
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C9orf3-216ENST00000478603 FGD5Q6ZNL6 1462 aa41.12■■■■■ 4.17
C9orf3-216ENST00000478603 CHD1O14646 1710 aa41.04■■■■■ 4.16
C9orf3-216ENST00000478603 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP41.03■■■■■ 4.16
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C9orf3-216ENST00000478603 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa40.97■■■■■ 4.15
C9orf3-216ENST00000478603 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa40.97■■■■■ 4.15
C9orf3-216ENST00000478603 FBLN2P98095 1184 aa40.91■■■■■ 4.14
C9orf3-216ENST00000478603 WDR97A6NE52 1622 aa40.88■■■■■ 4.13
C9orf3-216ENST00000478603 ARHGEF11O15085 1522 aa40.85■■■■■ 4.13
C9orf3-216ENST00000478603 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa40.83■■■■■ 4.13
C9orf3-216ENST00000478603 GRIN2BQ13224 1484 aa40.72■■■■■ 4.11
C9orf3-216ENST00000478603 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP40.69■■■■■ 4.1
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C9orf3-216ENST00000478603 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa40.64■■■■■ 4.1
C9orf3-216ENST00000478603 GAPVD1Q14C86 1478 aa40.64■■■■■ 4.1
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C9orf3-216ENST00000478603 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa40.58■■■■■ 4.09
C9orf3-216ENST00000478603 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa40.56■■■■■ 4.08
C9orf3-216ENST00000478603 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP40.55■■■■■ 4.08
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C9orf3-216ENST00000478603 TOP2BQ02880 1626 aa40.54■■■■■ 4.08
C9orf3-216ENST00000478603 SYNJ1O43426 1573 aa40.54■■■■■ 4.08
C9orf3-216ENST00000478603 CYB5RLQ6IPT4 315 aa40.54■■■■■ 4.08
C9orf3-216ENST00000478603 CLASP1Q7Z460 1538 aa40.52■■■■■ 4.08
C9orf3-216ENST00000478603 ARAP1Q96P48 1450 aa40.48■■■■■ 4.07
C9orf3-216ENST00000478603 ADAMTS12P58397 1594 aa40.26■■■■■ 4.04
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C9orf3-216ENST00000478603 ERICH3Q5RHP9 1530 aa40.13■■■■■ 4.01
C9orf3-216ENST00000478603 FHAD1B1AJZ9 1412 aa40.12■■■■■ 4.01
C9orf3-216ENST00000478603 CEP170Q5SW79 1584 aa40.09■■■■■ 4.01
C9orf3-216ENST00000478603 NUP160Q12769 1436 aa40.06■■■■■ 4
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C9orf3-216ENST00000478603 ERCC6L2Q5T890 1561 aa39.97■■■■□ 3.99
C9orf3-216ENST00000478603 SHROOM2Q13796 1616 aa39.87■■■■□ 3.97
C9orf3-216ENST00000478603 KIF27Q86VH2 1401 aa39.74■■■■□ 3.95
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C9orf3-216ENST00000478603 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa39.68■■■■□ 3.94
C9orf3-216ENST00000478603 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP39.66■■■■□ 3.94
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