RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478582.5

CCM2-211, Transcript of CCM2 scaffold protein, humanhuman

TSL 3

Gene CCM2, Length 937 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCM2-211ENST00000478582 NISCHQ9Y2I1 1504 aa64.45■■■■■ 7.91
CCM2-211ENST00000478582 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa57.47■■■■■ 6.79
CCM2-211ENST00000478582 ABCC9O60706 1549 aa56.69■■■■■ 6.66
CCM2-211ENST00000478582 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa54.34■■■■■ 6.29
CCM2-211ENST00000478582 NACADO15069 1562 aa54.17■■■■■ 6.26
CCM2-211ENST00000478582 DCAF8L2P0C7V8 631 aa54.08■■■■■ 6.25
CCM2-211ENST00000478582 MYO15BQ96JP2 1530 aa53.72■■■■■ 6.19
CCM2-211ENST00000478582 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP53.7■■■■■ 6.19
CCM2-211ENST00000478582 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa53.33■■■■■ 6.13
CCM2-211ENST00000478582 UNC13AQ9UPW8 1703 aa53.08■■■■■ 6.09
CCM2-211ENST00000478582 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP52.93■■■■■ 6.06
CCM2-211ENST00000478582 BICRAQ9NZM4 1560 aa52.7■■■■■ 6.03
CCM2-211ENST00000478582 DNAJC5BQ9UF47 199 aa52.51■■■■■ 6
CCM2-211ENST00000478582 SCRIBQ14160 1630 aa52.38■■■■■ 5.98
CCM2-211ENST00000478582 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa52.11■■■■■ 5.93
CCM2-211ENST00000478582 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP51.35■■■■■ 5.81
CCM2-211ENST00000478582 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa51.25■■■■■ 5.79
CCM2-211ENST00000478582 CECR2Q9BXF3 1484 aa50.99■■■■■ 5.75
CCM2-211ENST00000478582 SMARCA4P51532 1647 aa50.08■■■■■ 5.61
CCM2-211ENST00000478582 NCAPD3P42695 1498 aa50.01■■■■■ 5.6
CCM2-211ENST00000478582 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP49.97■■■■■ 5.59
CCM2-211ENST00000478582 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa49.95■■■■■ 5.59
CCM2-211ENST00000478582 SMARCA2P51531 1590 aa49.86■■■■■ 5.57
CCM2-211ENST00000478582 HMGXB3Q12766 1538 aa49.68■■■■■ 5.54
CCM2-211ENST00000478582 MROH2BQ7Z745 1585 aa49.66■■■■■ 5.54
CCM2-211ENST00000478582 PEG3Q9GZU2 1588 aa49.62■■■■■ 5.53
CCM2-211ENST00000478582 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP49.5■■■■■ 5.52
CCM2-211ENST00000478582 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP49.19■■■■■ 5.47
CCM2-211ENST00000478582 WIZO95785 1651 aa49.08■■■■■ 5.45
CCM2-211ENST00000478582 NESP48681 1621 aa48.92■■■■■ 5.42
CCM2-211ENST00000478582 ERCC6Q03468 1493 aa48.89■■■■■ 5.42
CCM2-211ENST00000478582 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa48.74■■■■■ 5.39
CCM2-211ENST00000478582 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP48.58■■■■■ 5.37
CCM2-211ENST00000478582 CUX2O14529 1486 aa48.55■■■■■ 5.36
CCM2-211ENST00000478582 CADPSQ9ULU8 1353 aa48.53■■■■■ 5.36
CCM2-211ENST00000478582 PDS5BQ9NTI5 1447 aa48.45■■■■■ 5.35
CCM2-211ENST00000478582 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa48.31■■■■■ 5.32
CCM2-211ENST00000478582 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP48.25■■■■■ 5.31
CCM2-211ENST00000478582 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP48.17■■■■■ 5.3
CCM2-211ENST00000478582 CFTRP13569 1480 aa48.14■■■■■ 5.3
CCM2-211ENST00000478582 CCDC88BA6NC98 1476 aa48.02■■■■■ 5.28
CCM2-211ENST00000478582 FANCD2Q9BXW9 1451 aa47.95■■■■■ 5.27
CCM2-211ENST00000478582 MRC2Q9UBG0 1479 aa47.95■■■■■ 5.27
CCM2-211ENST00000478582 CEP164Q9UPV0 1460 aa47.92■■■■■ 5.26
CCM2-211ENST00000478582 WDR62O43379 1518 aa47.8■■■■■ 5.24
CCM2-211ENST00000478582 PRDM2Q13029 1718 aa47.69■■■■■ 5.22
CCM2-211ENST00000478582 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa47.66■■■■■ 5.22
CCM2-211ENST00000478582 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP47.5■■■■■ 5.19
CCM2-211ENST00000478582 ABCC8Q09428 1581 aa47.14■■■■■ 5.14
CCM2-211ENST00000478582 TOPBP1Q92547 1522 aa47.14■■■■■ 5.14
CCM2-211ENST00000478582 DNMBPQ6XZF7 1577 aa47.03■■■■■ 5.12
CCM2-211ENST00000478582 IFT140Q96RY7 1462 aa46.96■■■■■ 5.11
CCM2-211ENST00000478582 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP46.77■■■■■ 5.08
CCM2-211ENST00000478582 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP46.7■■■■■ 5.07
CCM2-211ENST00000478582 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP46.65■■■■■ 5.06
CCM2-211ENST00000478582 CUX1P39880 1505 aa46.59■■■■■ 5.05
CCM2-211ENST00000478582 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP46.54■■■■■ 5.04
CCM2-211ENST00000478582 SOGA1O94964 1423 aa46.54■■■■■ 5.04
CCM2-211ENST00000478582 OSCARQ8IYS5 282 aa46.53■■■■■ 5.04
CCM2-211ENST00000478582 FGD5Q6ZNL6 1462 aa46.52■■■■■ 5.04
CCM2-211ENST00000478582 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa46.51■■■■■ 5.04
CCM2-211ENST00000478582 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP46.47■■■■■ 5.031e-6■■■■■ 33.8
CCM2-211ENST00000478582 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP46.36■■■■■ 5.01
CCM2-211ENST00000478582 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP46.33■■■■■ 5.01
CCM2-211ENST00000478582 WDR97A6NE52 1622 aa46.25■■■■■ 4.99
CCM2-211ENST00000478582 TOP2BQ02880 1626 aa46.21■■■■■ 4.99
CCM2-211ENST00000478582 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa46.19■■■■■ 4.98
CCM2-211ENST00000478582 SYNJ1O43426 1573 aa46.18■■■■■ 4.98
CCM2-211ENST00000478582 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa46.06■■■■■ 4.96
CCM2-211ENST00000478582 CHD1O14646 1710 aa46.05■■■■■ 4.96
CCM2-211ENST00000478582 FBLN2P98095 1184 aa46.03■■■■■ 4.96
CCM2-211ENST00000478582 GRIN2BQ13224 1484 aa46.03■■■■■ 4.96
CCM2-211ENST00000478582 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa46■■■■■ 4.95
CCM2-211ENST00000478582 GAPVD1Q14C86 1478 aa45.97■■■■■ 4.95
CCM2-211ENST00000478582 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP45.94■■■■■ 4.95
CCM2-211ENST00000478582 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa45.88■■■■■ 4.94
CCM2-211ENST00000478582 TRIM41Q8WV44 630 aa45.86■■■■■ 4.93
CCM2-211ENST00000478582 PBRM1Q86U86 1689 aa45.85■■■■■ 4.93
CCM2-211ENST00000478582 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP45.85■■■■■ 4.93
CCM2-211ENST00000478582 SYNJ2O15056 1496 aa45.77■■■■■ 4.92
CCM2-211ENST00000478582 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa45.75■■■■■ 4.91
CCM2-211ENST00000478582 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa45.75■■■■■ 4.91
CCM2-211ENST00000478582 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa45.75■■■■■ 4.91
CCM2-211ENST00000478582 ARHGEF11O15085 1522 aa45.7■■■■■ 4.91
CCM2-211ENST00000478582 CLASP1Q7Z460 1538 aa45.56■■■■■ 4.88
CCM2-211ENST00000478582 ERICH3Q5RHP9 1530 aa45.5■■■■■ 4.87
CCM2-211ENST00000478582 ADAMTS12P58397 1594 aa45.46■■■■■ 4.87
CCM2-211ENST00000478582 FHAD1B1AJZ9 1412 aa45.43■■■■■ 4.86
CCM2-211ENST00000478582 GRIN2AQ12879 1464 aa45.42■■■■■ 4.86
CCM2-211ENST00000478582 KIF27Q86VH2 1401 aa45.36■■■■■ 4.85
CCM2-211ENST00000478582 CYB5RLQ6IPT4 315 aa45.36■■■■■ 4.85
CCM2-211ENST00000478582 ARAP1Q96P48 1450 aa45.29■■■■■ 4.84
CCM2-211ENST00000478582 CHIC1Q5VXU3 224 aa45.27■■■■■ 4.84
CCM2-211ENST00000478582 NUP160Q12769 1436 aa45.25■■■■■ 4.83
CCM2-211ENST00000478582 CEP170Q5SW79 1584 aa45.2■■■■■ 4.83
CCM2-211ENST00000478582 IGF1RP08069 1367 aa45.16■■■■■ 4.82
CCM2-211ENST00000478582 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa45.04■■■■■ 4.8
CCM2-211ENST00000478582 CUL7Q14999 1698 aa44.97■■■■■ 4.79
CCM2-211ENST00000478582 SHROOM2Q13796 1616 aa44.94■■■■■ 4.79
CCM2-211ENST00000478582 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa44.89■■■■■ 4.78
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.9 ms