RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476535.1

LCLAT1-208, Transcript of lysocardiolipin acyltransferase 1, human

TSL 4

Gene LCLAT1, Length 537 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LCLAT1-208	ENST00000476535	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		43.81	■■■■■ 4.6
LCLAT1-208	ENST00000476535	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.23	■■■■□ 3.87
LCLAT1-208	ENST00000476535	ABCC9	O60706	1549 aa		38.75	■■■■□ 3.79
LCLAT1-208	ENST00000476535	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.13	■■■■□ 3.53
LCLAT1-208	ENST00000476535	NACAD	O15069	1562 aa		36.98	■■■■□ 3.51
LCLAT1-208	ENST00000476535	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		36.66	■■■■□ 3.46
LCLAT1-208	ENST00000476535	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		36.64	■■■■□ 3.46
LCLAT1-208	ENST00000476535	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	36.4	■■■■□ 3.42
LCLAT1-208	ENST00000476535	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		36.31	■■■■□ 3.4
LCLAT1-208	ENST00000476535	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		36.29	■■■■□ 3.4
LCLAT1-208	ENST00000476535	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	36.08	■■■■□ 3.37
LCLAT1-208	ENST00000476535	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.02	■■■■□ 3.36
LCLAT1-208	ENST00000476535	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		36	■■■■□ 3.35
LCLAT1-208	ENST00000476535	SCRIB	Q14160	1630 aa		35.67	■■■■□ 3.3
LCLAT1-208	ENST00000476535	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		35.67	■■■■□ 3.3
LCLAT1-208	ENST00000476535	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.1	■■■■□ 3.21
LCLAT1-208	ENST00000476535	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		35.08	■■■■□ 3.21
LCLAT1-208	ENST00000476535	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		34.9	■■■■□ 3.18
LCLAT1-208	ENST00000476535	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.11	■■■■□ 3.05
LCLAT1-208	ENST00000476535	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.11	■■■■□ 3.05
LCLAT1-208	ENST00000476535	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.04	■■■■□ 3.04
LCLAT1-208	ENST00000476535	SMARCA2	P51531	1590 aa		34	■■■■□ 3.03
LCLAT1-208	ENST00000476535	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34	■■■■□ 3.03
LCLAT1-208	ENST00000476535	HMGXB3	Q12766	1538 aa		33.93	■■■■□ 3.02
LCLAT1-208	ENST00000476535	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		33.83	■■■■□ 3.01
LCLAT1-208	ENST00000476535	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		33.73	■■■□□ 2.99
LCLAT1-208	ENST00000476535	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	33.72	■■■□□ 2.99
LCLAT1-208	ENST00000476535	ERCC6	Q03468	1493 aa		33.45	■■■□□ 2.95
LCLAT1-208	ENST00000476535	NES	P48681	1621 aa		33.39	■■■□□ 2.94
LCLAT1-208	ENST00000476535	CUX2	O14529	1486 aa		33.35	■■■□□ 2.93
LCLAT1-208	ENST00000476535	WIZ	O95785	1651 aa		33.34	■■■□□ 2.93
LCLAT1-208	ENST00000476535	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		33.3	■■■□□ 2.92
LCLAT1-208	ENST00000476535	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	33.16	■■■□□ 2.9
LCLAT1-208	ENST00000476535	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.07	■■■□□ 2.88
LCLAT1-208	ENST00000476535	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.07	■■■□□ 2.88
LCLAT1-208	ENST00000476535	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.06	■■■□□ 2.88
LCLAT1-208	ENST00000476535	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.03	■■■□□ 2.88
LCLAT1-208	ENST00000476535	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	32.99	■■■□□ 2.87
LCLAT1-208	ENST00000476535	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		32.86	■■■□□ 2.85
LCLAT1-208	ENST00000476535	CFTR	P13569	1480 aa		32.79	■■■□□ 2.84
LCLAT1-208	ENST00000476535	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		32.76	■■■□□ 2.84
LCLAT1-208	ENST00000476535	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		32.7	■■■□□ 2.83
LCLAT1-208	ENST00000476535	WDR62	O43379	1518 aa		32.7	■■■□□ 2.83
LCLAT1-208	ENST00000476535	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		32.69	■■■□□ 2.82
LCLAT1-208	ENST00000476535	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		32.57	■■■□□ 2.8
LCLAT1-208	ENST00000476535	PRDM2	Q13029	1718 aa		32.56	■■■□□ 2.8
LCLAT1-208	ENST00000476535	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
LCLAT1-208	ENST00000476535	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.12	■■■□□ 2.73
LCLAT1-208	ENST00000476535	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.11	■■■□□ 2.73
LCLAT1-208	ENST00000476535	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.06	■■■□□ 2.72
LCLAT1-208	ENST00000476535	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.04	■■■□□ 2.72
LCLAT1-208	ENST00000476535	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	31.91	■■■□□ 2.7
LCLAT1-208	ENST00000476535	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	31.84	■■■□□ 2.69
LCLAT1-208	ENST00000476535	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	31.82	■■■□□ 2.69
LCLAT1-208	ENST00000476535	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	31.81	■■■□□ 2.68
LCLAT1-208	ENST00000476535	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		31.81	■■■□□ 2.68
LCLAT1-208	ENST00000476535	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	31.8	■■■□□ 2.68
LCLAT1-208	ENST00000476535	CUX1	P39880	1505 aa		31.69	■■■□□ 2.66
LCLAT1-208	ENST00000476535	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	31.65	■■■□□ 2.66
LCLAT1-208	ENST00000476535	SOGA1	O94964	1423 aa		31.65	■■■□□ 2.66
LCLAT1-208	ENST00000476535	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		31.65	■■■□□ 2.66
LCLAT1-208	ENST00000476535	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		31.64	■■■□□ 2.66
LCLAT1-208	ENST00000476535	WDR97	A6NE52	1622 aa		31.6	■■■□□ 2.65
LCLAT1-208	ENST00000476535	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	31.51	■■■□□ 2.63
LCLAT1-208	ENST00000476535	CHD1	O14646	1710 aa		31.5	■■■□□ 2.63
LCLAT1-208	ENST00000476535	TRIM41	Q8WV44	630 aa		31.47	■■■□□ 2.63
LCLAT1-208	ENST00000476535	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		31.39	■■■□□ 2.62
LCLAT1-208	ENST00000476535	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		31.39	■■■□□ 2.62
LCLAT1-208	ENST00000476535	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		31.39	■■■□□ 2.62
LCLAT1-208	ENST00000476535	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		31.37	■■■□□ 2.61
LCLAT1-208	ENST00000476535	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.36	■■■□□ 2.61
LCLAT1-208	ENST00000476535	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.35	■■■□□ 2.61
LCLAT1-208	ENST00000476535	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.35	■■■□□ 2.61
LCLAT1-208	ENST00000476535	ARHGEF11	O15085	1522 aa		31.34	■■■□□ 2.61
LCLAT1-208	ENST00000476535	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		31.31	■■■□□ 2.6
LCLAT1-208	ENST00000476535	FBLN2	P98095	1184 aa		31.31	■■■□□ 2.6
LCLAT1-208	ENST00000476535	TOP2B	Q02880	1626 aa		31.3	■■■□□ 2.6
LCLAT1-208	ENST00000476535	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.29	■■■□□ 2.6
LCLAT1-208	ENST00000476535	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.29	■■■□□ 2.6
LCLAT1-208	ENST00000476535	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	31.28	■■■□□ 2.6
LCLAT1-208	ENST00000476535	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.27	■■■□□ 2.6
LCLAT1-208	ENST00000476535	SYNJ1	O43426	1573 aa		31.24	■■■□□ 2.59
LCLAT1-208	ENST00000476535	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.22	■■■□□ 2.59
LCLAT1-208	ENST00000476535	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.19	■■■□□ 2.58
LCLAT1-208	ENST00000476535	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.16	■■■□□ 2.58
LCLAT1-208	ENST00000476535	ARAP1	Q96P48	1450 aa		31.04	■■■□□ 2.56
LCLAT1-208	ENST00000476535	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31	■■■□□ 2.55
LCLAT1-208	ENST00000476535	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		30.99	■■■□□ 2.55
LCLAT1-208	ENST00000476535	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		30.98	■■■□□ 2.55
LCLAT1-208	ENST00000476535	GRIN2A	Q12879	1464 aa		30.95	■■■□□ 2.55
LCLAT1-208	ENST00000476535	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		30.92	■■■□□ 2.54
LCLAT1-208	ENST00000476535	NUP160	Q12769	1436 aa		30.86	■■■□□ 2.53
LCLAT1-208	ENST00000476535	CEP170	Q5SW79	1584 aa		30.83	■■■□□ 2.53
LCLAT1-208	ENST00000476535	SHROOM2	Q13796	1616 aa		30.7	■■■□□ 2.51
LCLAT1-208	ENST00000476535	KIF27	Q86VH2	1401 aa		30.67	■■■□□ 2.5
LCLAT1-208	ENST00000476535	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		30.64	■■■□□ 2.5
LCLAT1-208	ENST00000476535	IGF1R	P08069	1367 aa		30.6	■■■□□ 2.49
LCLAT1-208	ENST00000476535	CUL7	Q14999	1698 aa		30.6	■■■□□ 2.49
LCLAT1-208	ENST00000476535	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		30.56	■■■□□ 2.48
LCLAT1-208	ENST00000476535	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	30.51	■■■□□ 2.47

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