RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000421124.6

DDR1-233, Transcript of discoidin domain receptor tyrosine kinase 1, human

TSL 5

Gene DDR1, Length 800 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDR1-233	ENST00000421124	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		44.87	■■■■■ 4.77
DDR1-233	ENST00000421124	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39.88	■■■■□ 3.97
DDR1-233	ENST00000421124	ABCC9	O60706	1549 aa		38.76	■■■■□ 3.8
DDR1-233	ENST00000421124	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	37.42	■■■■□ 3.58
DDR1-233	ENST00000421124	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		37.42	■■■■□ 3.58
DDR1-233	ENST00000421124	NACAD	O15069	1562 aa		37.41	■■■■□ 3.58
DDR1-233	ENST00000421124	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		37.36	■■■■□ 3.57
DDR1-233	ENST00000421124	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		37.23	■■■■□ 3.55
DDR1-233	ENST00000421124	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		37.15	■■■■□ 3.54
DDR1-233	ENST00000421124	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		36.64	■■■■□ 3.46
DDR1-233	ENST00000421124	SCRIB	Q14160	1630 aa		36.37	■■■■□ 3.41
DDR1-233	ENST00000421124	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		36.26	■■■■□ 3.39
DDR1-233	ENST00000421124	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	36.21	■■■■□ 3.39
DDR1-233	ENST00000421124	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		35.9	■■■■□ 3.34
DDR1-233	ENST00000421124	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		35.34	■■■■□ 3.25
DDR1-233	ENST00000421124	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	35.29	■■■■□ 3.24
DDR1-233	ENST00000421124	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		35.1	■■■■□ 3.21
DDR1-233	ENST00000421124	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		34.91	■■■■□ 3.18
DDR1-233	ENST00000421124	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.81	■■■■□ 3.16
DDR1-233	ENST00000421124	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.79	■■■■□ 3.16
DDR1-233	ENST00000421124	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.58	■■■■□ 3.13
DDR1-233	ENST00000421124	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.53	■■■■□ 3.12
DDR1-233	ENST00000421124	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		34.52	■■■■□ 3.12
DDR1-233	ENST00000421124	NCAPD3	P42695	1498 aa		34.47	■■■■□ 3.11
DDR1-233	ENST00000421124	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.45	■■■■□ 3.11
DDR1-233	ENST00000421124	HMGXB3	Q12766	1538 aa		34.36	■■■■□ 3.09
DDR1-233	ENST00000421124	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	34.27	■■■■□ 3.08
DDR1-233	ENST00000421124	WIZ	O95785	1651 aa		34.25	■■■■□ 3.07
DDR1-233	ENST00000421124	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	34.23	■■■■□ 3.07
DDR1-233	ENST00000421124	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	33.89	■■■■□ 3.02
DDR1-233	ENST00000421124	NES	P48681	1621 aa		33.6	■■■□□ 2.97
DDR1-233	ENST00000421124	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		33.59	■■■□□ 2.97
DDR1-233	ENST00000421124	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	33.49	■■■□□ 2.95
DDR1-233	ENST00000421124	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		33.47	■■■□□ 2.95
DDR1-233	ENST00000421124	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		33.45	■■■□□ 2.95
DDR1-233	ENST00000421124	ERCC6	Q03468	1493 aa		33.41	■■■□□ 2.94
DDR1-233	ENST00000421124	CFTR	P13569	1480 aa		33.33	■■■□□ 2.93
DDR1-233	ENST00000421124	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		33.31	■■■□□ 2.92
DDR1-233	ENST00000421124	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		33.29	■■■□□ 2.92
DDR1-233	ENST00000421124	PRDM2	Q13029	1718 aa		33.22	■■■□□ 2.91
DDR1-233	ENST00000421124	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		33.12	■■■□□ 2.89
DDR1-233	ENST00000421124	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.09	■■■□□ 2.89
DDR1-233	ENST00000421124	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		33.06	■■■□□ 2.88
DDR1-233	ENST00000421124	CUX2	O14529	1486 aa		32.99	■■■□□ 2.87
DDR1-233	ENST00000421124	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		32.98	■■■□□ 2.87
DDR1-233	ENST00000421124	WDR62	O43379	1518 aa		32.87	■■■□□ 2.85
DDR1-233	ENST00000421124	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	32.77	■■■□□ 2.84
DDR1-233	ENST00000421124	ABCC8	Q09428	1581 aa		32.62	■■■□□ 2.81
DDR1-233	ENST00000421124	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		32.62	■■■□□ 2.81
DDR1-233	ENST00000421124	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.62	■■■□□ 2.81
DDR1-233	ENST00000421124	TOPBP1	Q92547	1522 aa		32.61	■■■□□ 2.81
DDR1-233	ENST00000421124	CUX1	P39880	1505 aa		32.44	■■■□□ 2.78
DDR1-233	ENST00000421124	IFT140	Q96RY7	1462 aa		32.35	■■■□□ 2.77
DDR1-233	ENST00000421124	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	32.34	■■■□□ 2.77
DDR1-233	ENST00000421124	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.29	■■■□□ 2.76
DDR1-233	ENST00000421124	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	32.28	■■■□□ 2.76
DDR1-233	ENST00000421124	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	32.27	■■■□□ 2.76
DDR1-233	ENST00000421124	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		32.26	■■■□□ 2.75
DDR1-233	ENST00000421124	TOP2B	Q02880	1626 aa		32.23	■■■□□ 2.75
DDR1-233	ENST00000421124	SYNJ1	O43426	1573 aa		32.23	■■■□□ 2.75
DDR1-233	ENST00000421124	SOGA1	O94964	1423 aa		32.19	■■■□□ 2.74
DDR1-233	ENST00000421124	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		32.18	■■■□□ 2.74
DDR1-233	ENST00000421124	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	32.17	■■■□□ 2.74
DDR1-233	ENST00000421124	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	32.11	■■■□□ 2.73
DDR1-233	ENST00000421124	WDR97	A6NE52	1622 aa		32.08	■■■□□ 2.73
DDR1-233	ENST00000421124	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	32.01	■■■□□ 2.71	3e-7	■■■■■ 31.1
DDR1-233	ENST00000421124	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.99	■■■□□ 2.71
DDR1-233	ENST00000421124	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	31.97	■■■□□ 2.71
DDR1-233	ENST00000421124	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.88	■■■□□ 2.69
DDR1-233	ENST00000421124	PBRM1	Q86U86	1689 aa		31.85	■■■□□ 2.69
DDR1-233	ENST00000421124	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.84	■■■□□ 2.69
DDR1-233	ENST00000421124	GRIN2B	Q13224	1484 aa		31.82	■■■□□ 2.68
DDR1-233	ENST00000421124	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		31.75	■■■□□ 2.67
DDR1-233	ENST00000421124	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	31.72	■■■□□ 2.67
DDR1-233	ENST00000421124	CHD1	O14646	1710 aa		31.71	■■■□□ 2.67
DDR1-233	ENST00000421124	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		31.63	■■■□□ 2.65
DDR1-233	ENST00000421124	TRIM41	Q8WV44	630 aa		31.62	■■■□□ 2.65
DDR1-233	ENST00000421124	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		31.61	■■■□□ 2.65
DDR1-233	ENST00000421124	KIF27	Q86VH2	1401 aa		31.59	■■■□□ 2.65
DDR1-233	ENST00000421124	SYNJ2	O15056	1496 aa		31.59	■■■□□ 2.65
DDR1-233	ENST00000421124	FBLN2	P98095	1184 aa		31.58	■■■□□ 2.65
DDR1-233	ENST00000421124	ADAMTS12	P58397	1594 aa		31.56	■■■□□ 2.64
DDR1-233	ENST00000421124	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	31.53	■■■□□ 2.64
DDR1-233	ENST00000421124	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		31.48	■■■□□ 2.63
DDR1-233	ENST00000421124	IGF1R	P08069	1367 aa		31.42	■■■□□ 2.62
DDR1-233	ENST00000421124	CUL7	Q14999	1698 aa		31.41	■■■□□ 2.62
DDR1-233	ENST00000421124	GRIN2A	Q12879	1464 aa		31.41	■■■□□ 2.62
DDR1-233	ENST00000421124	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		31.36	■■■□□ 2.61
DDR1-233	ENST00000421124	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		31.36	■■■□□ 2.61
DDR1-233	ENST00000421124	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		31.31	■■■□□ 2.6
DDR1-233	ENST00000421124	CEP170	Q5SW79	1584 aa		31.26	■■■□□ 2.6
DDR1-233	ENST00000421124	NUP160	Q12769	1436 aa		31.25	■■■□□ 2.59
DDR1-233	ENST00000421124	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		31.25	■■■□□ 2.59
DDR1-233	ENST00000421124	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		31.16	■■■□□ 2.58
DDR1-233	ENST00000421124	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		31.16	■■■□□ 2.58
DDR1-233	ENST00000421124	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		31.16	■■■□□ 2.58
DDR1-233	ENST00000421124	ARHGEF11	O15085	1522 aa		31.14	■■■□□ 2.58
DDR1-233	ENST00000421124	EEA1	Q15075	1411 aa		31.13	■■■□□ 2.57
DDR1-233	ENST00000421124	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		31.11	■■■□□ 2.57
DDR1-233	ENST00000421124	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.04	■■■□□ 2.56

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