RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409441.5

LIMS1-204, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,627 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-204ENST00000409441 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.4■■■□□ 2.62
LIMS1-204ENST00000409441 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.62■■■□□ 2.01
LIMS1-204ENST00000409441 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP27.03■■□□□ 1.92
LIMS1-204ENST00000409441 ABCC9O60706 1549 aa26.75■■□□□ 1.87
LIMS1-204ENST00000409441 DCAF8L2P0C7V8 631 aa26.25■■□□□ 1.79
LIMS1-204ENST00000409441 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP26.21■■□□□ 1.79
LIMS1-204ENST00000409441 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa25.96■■□□□ 1.75
LIMS1-204ENST00000409441 NACADO15069 1562 aa25.93■■□□□ 1.74
LIMS1-204ENST00000409441 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.91■■□□□ 1.74
LIMS1-204ENST00000409441 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.85■■□□□ 1.73
LIMS1-204ENST00000409441 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.41■■□□□ 1.66
LIMS1-204ENST00000409441 SCRIBQ14160 1630 aa25.31■■□□□ 1.64
LIMS1-204ENST00000409441 UNC13AQ9UPW8 1703 aa25.2■■□□□ 1.63
LIMS1-204ENST00000409441 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa25.17■■□□□ 1.62
LIMS1-204ENST00000409441 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP25.16■■□□□ 1.62
LIMS1-204ENST00000409441 BICRAQ9NZM4 1560 aa25.06■■□□□ 1.6
LIMS1-204ENST00000409441 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.46■■□□□ 1.51
LIMS1-204ENST00000409441 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP24.36■■□□□ 1.49
LIMS1-204ENST00000409441 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.28■■□□□ 1.48
LIMS1-204ENST00000409441 DNAJC5BQ9UF47 199 aa24.25■■□□□ 1.47
LIMS1-204ENST00000409441 SMARCA4P51532 1647 aa24.23■■□□□ 1.47
LIMS1-204ENST00000409441 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.23■■□□□ 1.47
LIMS1-204ENST00000409441 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.16■■□□□ 1.46
LIMS1-204ENST00000409441 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP24.13■■□□□ 1.45
LIMS1-204ENST00000409441 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa24.05■■□□□ 1.44
LIMS1-204ENST00000409441 SMARCA2P51531 1590 aa24■■□□□ 1.43
LIMS1-204ENST00000409441 NCAPD3P42695 1498 aa23.98■■□□□ 1.43
LIMS1-204ENST00000409441 PEG3Q9GZU2 1588 aa23.97■■□□□ 1.43
LIMS1-204ENST00000409441 WIZO95785 1651 aa23.96■■□□□ 1.43
LIMS1-204ENST00000409441 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP23.95■■□□□ 1.43
LIMS1-204ENST00000409441 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP23.86■■□□□ 1.41
LIMS1-204ENST00000409441 HMGXB3Q12766 1538 aa23.82■■□□□ 1.4
LIMS1-204ENST00000409441 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP23.71■■□□□ 1.39
LIMS1-204ENST00000409441 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.5■■□□□ 1.35
LIMS1-204ENST00000409441 CADPSQ9ULU8 1353 aa23.33■■□□□ 1.32
LIMS1-204ENST00000409441 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP23.29■■□□□ 1.32
LIMS1-204ENST00000409441 NESP48681 1621 aa23.28■■□□□ 1.32
LIMS1-204ENST00000409441 CFTRP13569 1480 aa23.25■■□□□ 1.31
LIMS1-204ENST00000409441 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa23.21■■□□□ 1.31
LIMS1-204ENST00000409441 PDS5BQ9NTI5 1447 aa23.11■■□□□ 1.29
LIMS1-204ENST00000409441 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.03■■□□□ 1.28
LIMS1-204ENST00000409441 ERCC6Q03468 1493 aa23.01■■□□□ 1.27
LIMS1-204ENST00000409441 PRDM2Q13029 1718 aa22.95■■□□□ 1.26
LIMS1-204ENST00000409441 CEP164Q9UPV0 1460 aa22.93■■□□□ 1.26
LIMS1-204ENST00000409441 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.92■■□□□ 1.26
LIMS1-204ENST00000409441 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP22.83■■□□□ 1.25
LIMS1-204ENST00000409441 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.81■■□□□ 1.24
LIMS1-204ENST00000409441 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.76■■□□□ 1.23
LIMS1-204ENST00000409441 ABCC8Q09428 1581 aa22.74■■□□□ 1.23
LIMS1-204ENST00000409441 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP22.73■■□□□ 1.23
LIMS1-204ENST00000409441 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.73■■□□□ 1.23
LIMS1-204ENST00000409441 WDR62O43379 1518 aa22.69■■□□□ 1.22
LIMS1-204ENST00000409441 TOPBP1Q92547 1522 aa22.69■■□□□ 1.22
LIMS1-204ENST00000409441 CUX1P39880 1505 aa22.68■■□□□ 1.22
LIMS1-204ENST00000409441 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.67■■□□□ 1.22
LIMS1-204ENST00000409441 SYNJ1O43426 1573 aa22.6■■□□□ 1.21
LIMS1-204ENST00000409441 TRIM41Q8WV44 630 aa22.59■■□□□ 1.21
LIMS1-204ENST00000409441 TOP2BQ02880 1626 aa22.57■■□□□ 1.2
LIMS1-204ENST00000409441 CUX2O14529 1486 aa22.56■■□□□ 1.2
LIMS1-204ENST00000409441 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.54■■□□□ 1.2
LIMS1-204ENST00000409441 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.53■■□□□ 1.2
LIMS1-204ENST00000409441 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.53■■□□□ 1.2
LIMS1-204ENST00000409441 SOGA1O94964 1423 aa22.51■■□□□ 1.19
LIMS1-204ENST00000409441 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.47■■□□□ 1.19
LIMS1-204ENST00000409441 IFT140Q96RY7 1462 aa22.45■■□□□ 1.18
LIMS1-204ENST00000409441 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP22.38■■□□□ 1.17
LIMS1-204ENST00000409441 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.34■■□□□ 1.17
LIMS1-204ENST00000409441 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.34■■□□□ 1.17
LIMS1-204ENST00000409441 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP22.33■■□□□ 1.17
LIMS1-204ENST00000409441 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP22.29■■□□□ 1.16
LIMS1-204ENST00000409441 WDR97A6NE52 1622 aa22.24■■□□□ 1.15
LIMS1-204ENST00000409441 KIF27Q86VH2 1401 aa22.23■■□□□ 1.15
LIMS1-204ENST00000409441 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.22■■□□□ 1.15
LIMS1-204ENST00000409441 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP22.18■■□□□ 1.14
LIMS1-204ENST00000409441 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa22.18■■□□□ 1.14
LIMS1-204ENST00000409441 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.16■■□□□ 1.14
LIMS1-204ENST00000409441 GRIN2BQ13224 1484 aa22.14■■□□□ 1.14
LIMS1-204ENST00000409441 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP22.13■■□□□ 1.13
LIMS1-204ENST00000409441 IGF1RP08069 1367 aa22.12■■□□□ 1.13
LIMS1-204ENST00000409441 CSRNP3Q8WYN3 585 aa22.07■■□□□ 1.12
LIMS1-204ENST00000409441 EEA1Q15075 1411 aa22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-204ENST00000409441 ERICH3Q5RHP9 1530 aa22.06■■□□□ 1.12
LIMS1-204ENST00000409441 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22.04■■□□□ 1.12
LIMS1-204ENST00000409441 PBRM1Q86U86 1689 aa22.03■■□□□ 1.12
LIMS1-204ENST00000409441 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP22.02■■□□□ 1.11
LIMS1-204ENST00000409441 FBLN2P98095 1184 aa22.01■■□□□ 1.11
LIMS1-204ENST00000409441 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa21.99■■□□□ 1.11
LIMS1-204ENST00000409441 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP21.99■■□□□ 1.11
LIMS1-204ENST00000409441 FHAD1B1AJZ9 1412 aa21.97■■□□□ 1.11
LIMS1-204ENST00000409441 SYNJ2O15056 1496 aa21.94■■□□□ 1.1
LIMS1-204ENST00000409441 ADAMTS12P58397 1594 aa21.91■■□□□ 1.1
LIMS1-204ENST00000409441 CUL7Q14999 1698 aa21.9■■□□□ 1.1
LIMS1-204ENST00000409441 PRXQ9BXM0 1461 aa21.89■■□□□ 1.1
LIMS1-204ENST00000409441 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa21.87■■□□□ 1.09
LIMS1-204ENST00000409441 GRIN2AQ12879 1464 aa21.85■■□□□ 1.09
LIMS1-204ENST00000409441 OSCARQ8IYS5 282 aa21.84■■□□□ 1.09
LIMS1-204ENST00000409441 EHMT2Q96KQ7 1210 aa21.84■■□□□ 1.09
LIMS1-204ENST00000409441 CHD1O14646 1710 aa21.81■■□□□ 1.08
LIMS1-204ENST00000409441 KIF21BO75037 1637 aa21.75■■□□□ 1.07
LIMS1-204ENST00000409441 NUP160Q12769 1436 aa21.73■■□□□ 1.07
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