RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	HSE1	P38753	452 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	ALT1	P52893	592 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	SNU71	P53207	620 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	YGR130C	P53278	816 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	RKM2	Q03942	479 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	EST2	Q06163	884 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	MRL1	Q06815	381 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	DED1	P06634	604 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	RPS4A	P0CX35	261 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	RPS4B	P0CX36	261 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	WHI3	P34761	661 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	CIT3	P43635	486 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	TRP3	P00937	484 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	GCR1	P07261	785 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	PET112	P33893	541 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	YKR073C	P36153	106 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	GNP1	P48813	663 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	SIW14	P53965	281 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	ALO1	P54783	526 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	ROD1	Q02805	837 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	EAR1	Q03212	550 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	RSA3	Q05942	220 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	MED7	Q08278	222 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	YOR059C	Q08448	450 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
CSE4	YKL049C	RET1	P22276	1149 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	ENT3	P47160	408 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	TPP1	Q03796	238 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	YLR257W	Q06146	321 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	PUS7	Q08647	676 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	HRK1	Q08732	759 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	CYC7	P00045	113 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	OMA1	P36163	345 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	TOS1	P38288	455 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	NMD3	P38861	518 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	HXT13	P39924	564 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	VPS53	P47061	822 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	HXT17	P53631	564 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	RCM1	P53972	490 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	HXT15	P54854	567 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	SVF1	Q05515	481 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	RTT10	Q08924	1013 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	NSI1	Q12457	570 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	GLT1	Q12680	2145 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	NAP1	P25293	417 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	RAD27	P26793	382 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	AFG2	P32794	780 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	MAC1	P35192	417 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	QNS1	P38795	714 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	PTC5	Q12511	572 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	MKK2	P32491	506 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	MNR2	P35724	969 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	ALG3	P38179	458 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	OYE3	P41816	400 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	RAT1	Q02792	1006 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	YVC1	Q12324	675 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	GCD1	P09032	578 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	CDC34	P14682	295 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	LIP5	P32875	414 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	YJL045W	P47052	634 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	INP52	P50942	1183 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	JIP5	Q06214	492 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	TMA46	Q12000	345 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	CLN2	P20438	545 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	SYP1	P25623	870 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	KIP1	P28742	1111 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	PUB1	P32588	453 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.53	□□□□□ -1.68	not detected
CSE4	YKL049C	DUT1	P33317	147 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	PAM1	P37304	830 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	YHL012W	P38709	493 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	MAD1	P40957	749 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	SDH1	Q00711	640 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	BRE4	Q07660	1125 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CSE4	YKL049C	RER2	P35196	286 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	MET10	P39692	1035 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	CNN1	P43618	361 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	MAG2	Q06436	670 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	TRE1	Q08919	783 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	DBP5	P20449	482 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	PRO1	P32264	428 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	RGD1	P38339	666 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	PEX7	P39108	375 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	GPB2	P39717	880 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	CTH1	P47976	325 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	EEB1	Q02891	456 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	VPS16	Q03308	798 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	YPL260W	Q08977	551 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	SPO21	Q12411	609 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	TRP2	P00899	507 aa	Known RBP	4.5	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	YSC84	P32793	468 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	SSY1	Q03770	852 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	AOS1	Q06624	347 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	PIN2	Q12057	282 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	COQ4	O13525	335 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	SAM35	P14693	329 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	ADP1	P25371	1049 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	MLS1	P30952	554 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	LYP1	P32487	611 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	MDL2	P33311	773 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	SEA4	P38164	1038 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CSE4	YKL049C	PTC7	P38797	343 aa		4.49	□□□□□ -1.69

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 39.3 ms