RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460297.1

NME4-209, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 4, human

TSL 5

Gene NME4, Length 1,652 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME4-209	ENST00000460297	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	32.95	■■■□□ 2.86
NME4-209	ENST00000460297	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		32.94	■■■□□ 2.86
NME4-209	ENST00000460297	NME9	Q86XW9	330 aa		32.91	■■■□□ 2.86
NME4-209	ENST00000460297	SLAIN2	Q9P270	581 aa		32.91	■■■□□ 2.86
NME4-209	ENST00000460297	CCDC184	Q52MB2	194 aa		32.91	■■■□□ 2.86
NME4-209	ENST00000460297	FOXO3	O43524	673 aa		32.9	■■■□□ 2.86
NME4-209	ENST00000460297	MORC1	Q86VD1	984 aa		32.9	■■■□□ 2.86
NME4-209	ENST00000460297	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		32.87	■■■□□ 2.85
NME4-209	ENST00000460297	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		32.87	■■■□□ 2.85
NME4-209	ENST00000460297	PPP2R1A	P30153	589 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME4-209	ENST00000460297	PSME1	Q06323	249 aa		32.86	■■■□□ 2.85
NME4-209	ENST00000460297	BRINP3	Q76B58	766 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NME4-209	ENST00000460297	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	32.85	■■■□□ 2.85
NME4-209	ENST00000460297	PIK3C2A	O00443	1686 aa		32.85	■■■□□ 2.85
NME4-209	ENST00000460297	NLRP13	Q86W25	1043 aa		32.84	■■■□□ 2.85
NME4-209	ENST00000460297	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	32.82	■■■□□ 2.85
NME4-209	ENST00000460297	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	32.82	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	32.82	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	MRS2	Q9HD23	443 aa		32.81	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	32.8	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		32.79	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		32.79	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	32.79	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		32.79	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	COG3	Q96JB2	828 aa		32.78	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	32.77	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		32.77	■■■□□ 2.84
NME4-209	ENST00000460297	USP31	Q70CQ4	1352 aa		32.76	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	USP54	Q70EL1	1684 aa		32.75	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	PXDN	Q92626	1479 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	ABTB2	Q8N961	1025 aa		32.74	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	32.73	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	ALS2	Q96Q42	1657 aa		32.71	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	32.71	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		32.71	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		32.7	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	FBLN1	P23142	703 aa		32.7	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	NLRP6	P59044	892 aa		32.7	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		32.7	■■■□□ 2.83
NME4-209	ENST00000460297	MTHFS	P49914	203 aa		32.68	■■■□□ 2.82
NME4-209	ENST00000460297	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		32.68	■■■□□ 2.82
NME4-209	ENST00000460297	SBNO1	A3KN83	1393 aa		32.67	■■■□□ 2.82
NME4-209	ENST00000460297	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		32.67	■■■□□ 2.82
NME4-209	ENST00000460297	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	32.65	■■■□□ 2.82
NME4-209	ENST00000460297	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	32.63	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	POLK	Q9UBT6	870 aa		32.62	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	TOM1	O60784	492 aa		32.62	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	CERK	Q8TCT0	537 aa		32.62	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		32.62	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		32.61	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		32.6	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		32.59	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	32.59	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	32.59	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		32.59	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	SOX12	O15370	315 aa		32.58	■■■□□ 2.81
NME4-209	ENST00000460297	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	32.57	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	SLIT3	O75094	1523 aa		32.56	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		32.56	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	USP19	O94966	1318 aa		32.55	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	SHPRH	Q149N8	1683 aa		32.54	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	NFAT5	O94916	1531 aa		32.54	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		32.54	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	COL3A1	P02461	1466 aa	Predicted RBP	32.54	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	32.54	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	PEAK1	Q9H792	1746 aa		32.53	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	32.53	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	CFAP53	Q96M91	514 aa		32.53	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	ARHGEF10	O15013	1369 aa		32.52	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	PIP4K2B	P78356	416 aa		32.52	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	32.52	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	32.51	■■■□□ 2.8
NME4-209	ENST00000460297	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		32.51	■■■□□ 2.79
NME4-209	ENST00000460297	INSR	P06213	1382 aa		32.5	■■■□□ 2.79
NME4-209	ENST00000460297	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		32.5	■■■□□ 2.79
NME4-209	ENST00000460297	LTN1	O94822	1766 aa		32.49	■■■□□ 2.79
NME4-209	ENST00000460297	PLEKHG5	O94827	1062 aa		32.49	■■■□□ 2.79
NME4-209	ENST00000460297	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	32.48	■■■□□ 2.79
NME4-209	ENST00000460297	GC	P02774	474 aa		32.48	■■■□□ 2.79
NME4-209	ENST00000460297	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		32.48	■■■□□ 2.79
NME4-209	ENST00000460297	PHLPP1	O60346	1717 aa		32.46	■■■□□ 2.79
NME4-209	ENST00000460297	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	32.43	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		32.43	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	32.43	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	FLT4	P35916	1363 aa		32.4	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	32.4	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		32.4	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	ABCA3	Q99758	1704 aa		32.4	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	AMPH	P49418	695 aa		32.39	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		32.39	■■■□□ 2.78
NME4-209	ENST00000460297	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		32.38	■■■□□ 2.77
NME4-209	ENST00000460297	HOXC9	P31274	260 aa		32.36	■■■□□ 2.77
NME4-209	ENST00000460297	IL13	P35225	146 aa		32.36	■■■□□ 2.77
NME4-209	ENST00000460297	RTL1	A6NKG5	1358 aa		32.36	■■■□□ 2.77
NME4-209	ENST00000460297	NUDC	Q9Y266	331 aa		32.35	■■■□□ 2.77
NME4-209	ENST00000460297	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	32.34	■■■□□ 2.77
NME4-209	ENST00000460297	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	32.34	■■■□□ 2.77
NME4-209	ENST00000460297	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	32.33	■■■□□ 2.77

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