RNA–Protein interactions for RNA: YDR457W

TOM1, Transcript of E3 ubiquitin ligase of the hect-domain class, yeast

Gene TOM1, Length 9,807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TOM1	YDR457W	LSO1	Q3E827	93 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	YMR085W	P0CF18	432 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	RPS5	P26783	225 aa	Known RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	SAK1	P38990	1142 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	RLP7	P40693	322 aa	Known RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	RRB1	Q04225	511 aa	Known RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	MHP1	P43638	1398 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	HXK1	P04806	485 aa	Known RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	YEF3	P16521	1044 aa	Known RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	YMR196W	Q04336	1088 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	TRE2	Q08693	809 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	SSO1	P32867	290 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	PSY2	P40164	858 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	RPA34	P47006	233 aa	Predicted RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	NIP1	P32497	812 aa	Known RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	RRP6	Q12149	733 aa	Known RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	RPB2	P08518	1224 aa	Known RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	KGD2	P19262	463 aa	Predicted RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	MAK5	P38112	773 aa	Predicted RBP	3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	YJL070C	P40361	888 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	IRR1	P40541	1150 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	BNI4	P53858	892 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	LAG2	Q92325	660 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	RTT107	P38850	1070 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	KAP114	P53067	1004 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	HPC2	Q01448	625 aa		3.03	□□□□□ -1.92
TOM1	YDR457W	RAD1	P06777	1100 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SSF1	P38789	453 aa	Predicted RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TIF4631	P39935	952 aa	Known RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SAP1	P39955	897 aa	Known RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	UTP22	P53254	1237 aa	Predicted RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PTH2	P34222	208 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NAF1	P53919	492 aa	Known RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CTF4	Q01454	927 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NOP14	Q99207	810 aa	Known RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PDR1	P12383	1068 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	FRS2	P15625	503 aa	Known RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MET10	P39692	1035 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VTC2	P43585	828 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PSR2	Q07949	397 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	LOS1	P33418	1100 aa	Predicted RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VPS35	P34110	944 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YGL140C	P53120	1219 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	REV7	P38927	245 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ASI1	P54074	624 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MEI5	P32489	222 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SWI3	P32591	825 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NUF2	P33895	451 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MNR2	P35724	969 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SSO2	P39926	295 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ALK1	P43633	760 aa	Known RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PCL10	P53124	433 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SRC1	Q03707	834 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	KTR4	P38131	464 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SSP120	P39931	234 aa	Known RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MAD1	P40957	749 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CNN1	P43618	361 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	APL4	Q12028	832 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	IOC2	Q12072	812 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RVB2	Q12464	471 aa	Known RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SEM1	O94742	89 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MRPL25	P23369	157 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ATG19	P35193	415 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YTA12	P40341	825 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	GYP7	P48365	746 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MLC1	P53141	149 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RKM4	Q12504	494 aa		3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	IKI3	Q06706	1349 aa	Known RBP	3.02	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RRP43	P25359	394 aa	Predicted RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YCR016W	P25617	290 aa	Known RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CDC15	P27636	974 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RAD5	P32849	1169 aa	Predicted RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YKT6	P36015	200 aa	Known RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	BET4	Q00618	327 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	IRC3	Q06683	689 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TAF1	P46677	1066 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SEY1	Q99287	776 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SUI3	P09064	285 aa	Known RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CDC60	P26637	1090 aa	Known RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NNF1	P47149	201 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	BCP1	Q06338	283 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YLR125W	Q12138	136 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PAT1	P25644	796 aa	Known RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	AVT3	P36062	692 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CCT4	P39078	528 aa	Known RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MAM1	P40065	302 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	BUB1	P41695	1021 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.01	□□□□□ -1.93	not detected
TOM1	YDR457W	VTC4	P47075	721 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	BUD14	P27637	709 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MIF2	P35201	549 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	GTR1	Q00582	310 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SPC24	Q04477	213 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	LAM6	Q08001	693 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ATP4	P05626	244 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SIR1	P21691	654 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PEP7	P32609	515 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RGD1	P38339	666 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RTS1	P38903	757 aa		3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	GFD1	Q04839	188 aa	Known RBP	3.01	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	POL3	P15436	1097 aa		3.01	□□□□□ -1.93

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